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电子处方是指通过医院信息系统(Hospital Information System,HIS)实现的数字化和无纸化的处方。
1.提高接诊效率，简化就医流程
电子处方系统能让医生开具电子处方时，对全院药品库存，药品规格、数量、剂型等药物信息全面了解。同时计算机自动完成划价，患者实现放心就医，为患者提供更优质的医疗服务。患者复诊时，医生可以调阅以前的病历、处方，了解其病情和用药情况，避免相互用药产生的副作用，还可以减少不同医师为同一患者重复开药的现象；电子处方取消了划价环节，减少了患者排队次数和时间。后台摆药系统可利用电子处方系统提前准备药品而缩短了患者由收费处至药房行走的时间，避免了以往患者在药房排长队时间。同时一旦药物缺少，电子处方系统也能显示，避免患者往返于诊室的现象。
2.易于辨认处方，避免差错事故
多数医生手写处方往往字迹潦草，难以辨认，致使配药时间延长，甚至容易出错。而电子处方具有字迹清晰、格式规范、易于查询等优点，减少了患者因处方出现疑问或差错而往返修改处方的麻烦，并且有利于药师配药核对，提高了配药的速度。
3.统一处方格式，规范医疗行为
运用电子处方后，医生所开处方中药品的名称、剂量及执行时间等必须严格按照要求书写，避免了处方中药品及患者等信息的遗漏，从而规范了医生的医疗行为。
4.控制处方剂量，减少医患矛盾
以往的手工处方中，医生可以随意开具药品的剂量，使用电子处方后，由于配套的用药软件对药品的剂量进行了严格的控制，一旦超过设定的剂量，医生开具处方时就会提示，并且该处方不能保存，信息不能传到收费处。一方面能使医生合理用药，药物不会多用或者少用。另一方面，也符合国家药品用量规范，从而减少医患矛盾。
传统的处方完全由医师手工书写，其优点在于防伪性强、方便、成本低等。但手写处方包含的信息少，比如没有药品的生产厂家信息，药房发药时容易发错不同厂家的同一种药品；有些医师书写随意，造成字迹难以辨认、书写不规范，容易出现调剂错误，也增加了药房的工作难度，造成工作效率低下；此外由于医师的水平参差不齐，经常开错药品的规格、单位、用法、用量、给药途径等与患者安全用药息息相关的信息，容易造成药害事件。
电子处方的处方格式规范，处方字迹工整、清晰，包含的信息全面，而且通过医师工作站可以给医师提供大量的参考信息，如药品的药理作用、用法用量、配伍禁忌、不良反应、注意事项、药房库存量等也由计算机自动提示，避免了书写错误；同时医师工作站还可以提供患者以前的用药情况，方便医师查询，作为医师用药的重要参考。处方内容清晰、规范，在很大程度 避免了由于医师字迹潦草造成配药差错的发生。处方质量提高，减少医患了纠纷，以往手写处方药品名称不规范，经常出现医生写错拉丁文、写错药品规格的现象，按照处方惯例，医生必须修改并签名，因此患者不得不跑来跑去让医生修改，遇到药品短缺的隋况也要修改，患者不理解，经常会产生争执。但成本高，防伪性差，高年资的医师使用不方便等。
1.电子处方应该在《处方管理办法》的基础上再细化管理
把电子处方的管理和《处方管理办法》结合起来，使其能够合法化，同时增加更加具体的操作办法，细化电子处方的管理。(1)患者条形码不能混用；(2)医师编号，密码严格保密；(3)电子处方不能出现输入错误，尤其是年龄、诊断、用法、用量等各项易带来药师发放药品交代注意事项的错误；(4)分解几张处方为不合格诊疗1次，这样可以减少因分解处方，药师不便于统计药品数量，凭发票拿药，看不见处方前记带来的发药错误；(5)电子处方的使用在减少药师的工作量的同时，也增加了药师在审核处方和调配处方同时进行时的发药风险，要进一步强化药师执业资格执业能力，细化管理都应该纳入《处方管理办法》，严格执行。
2.电子处方格式统一化
电子处方的格式应该是国家或省级统一，保证电子处方在交费完后呈现在药房电脑的界面和纸质处方每一项都清楚，即使不打印出纸质处方，也能通过电脑完整的审查完处方各项。这样才真正做到了电子处方与打印纸质处方同步管理，有利于药师调配处方，减少因看不见医师输入的错误带来的发放药品差错。格式统一，并使其合法化。
3.倡导把电子处方当成一个人的用药史的医疗档案管理
现在是逐步推行电子病历、电子处方等电子医疗档案管理的阶段，将来有可能每个患者都会有一个身份证样的健康档案。因此，完善电子处方的管理是细化管理的一部分，应该倡导把电子处方当成一个人的用药史的医疗档案管理，这就需要相应地法制管理条例出台，进一步促进电子处方的合法性，进一步提高医疗服务质量。