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企业的物流作业管理系统就是在作业成本法的管理基础上，根据不同的物流作业活动来控制成本，进行业务分析，从而改善作业流程，最终目标是实现物流成本的最低以及作业流程的最优。
物流业务管理系统由十一个子系统组成，分别是：仓储管理系统、配送管理系统、运输管理系统、贷代管理系统、报关管理系统、采购管理系统、结算管理系统、合同管理系统、客户关系管理系统、数据交换系统。
各系统功能简述如下：
按照即时配送（JIT）原则，满足生产企业零库存生产的原材料配送管理，满足商业企业小批量多品种的连锁配送管理，满足共同配送和多级配送管理。支持在多供应商和多购买商之间的精确、快捷、高效的配送模式。支持以箱为单位和以部件为单位的灵活配送方式。支持多达数万种配送单位的大容量并发配送模式；支持多种运输方式，跨境跨关区的跨区域配送模式。结合先进的条码技术，GPS/GIS技术，电子商务技术，实现智能化配送。
满足国内一级货运代理的要求，完成代理货物托运、接取送达、订舱配载、多式联运等多项业务需求，支持航空、铁路、公路和船务运输代理业务。配合物流的其他环节，实现物流的全程化管理，实现门对门，一票到底的物流服务。
可以对所有的包括不同地域、不同属性、不同规格、不同成本的仓库资源，实现集中管理。采用条码、射频等先进的物流技术设备，对出入仓货物实现联机登录、存量检索、容积计算、仓位分配、损毁登记、简单加工、盘点报告、租期报警和自动仓租计算等仓储信息管理。支持包租散租等各种租仓计划，支持平仓和立体仓库等不同的仓库格局，并可向客户提供远程的仓库状态查询、帐单查询、和图形化的仓储状态查询。
可以对所有运输工具，包括自有车辆和协作车辆的以及临时的车辆实行实时调度管理，提供对货物的分析，配载的计算，以及最佳运输路线的选择。支持全球定位（GPS）和地理图形系统（GIS），实现车辆的运行监控、车辆调度、成本控制和单车核算。并提供网上车辆以及货物的跟踪查询。
对企业所有的物流服务项目实现合同价格一条龙管理，包括多种模式的仓租费用、运输费用、装卸费用、配送费用、货代费用、报关费用、三检费用、行政费用、办公费用等费用的计算，根据规范的合同文本、货币标准、收费标准自动产生结算凭证，为客户以及物流企业（仓储、配送中心、运输等企业）的自动结算提供完整的结算方案。
通过对客户资料的收集、分类、存档、检索和管理，全面掌握不同客户群体、客户性质、客户需求、客户信用等客户信息，以提供最佳客户服务为宗旨，为客户提供方案、价格、市场、信息等各种服务内容，及时处理客户在合作中遇到的各类问题，妥善解决客户合作中发生的问题，培养长期的忠诚的客户群体，为企业供应链的形成和整合提供支持。
集报关、商检、卫检、动植物检疫等功能的自动信息管理于一体，满足客户跨境运作的需求。系统支持联机自动生成报关单、报检单，自动产生联机上报的标准格式，自动发送到相关的职能机构，并自动收取回执，使跨境物流信息成为无缝物流信息传递，使报关、报检业务迅速、及时、准确，为物流客户提供高效的跨境物流服务。
系统提供电子商务化的WEB-EDI数据交换服务，通过电子商务网站或者基于Internet的数据交换通道，提供标准的EDI单证交换，实现与供应链上下游合作伙伴之间的低成本的数据交换，为供应链企业数据交换、电子商务数据交换以及未来开展电子支付、电子交易创造条件。
合同是商务业务和费用结算的依据，系统通过对合同的规范化、模式化和流程化，合理地分配物流服务的实施细则和收费标准.