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海关监管仓库是指在海关批准范围内，接受海关查验的进出口、过境、转运、通关货物，以及保税货物和其他尚未办结海关手续的进出境货物。其实也是保税储存的一种类型，与外国的保税区域的功能有类似之处，主要存放货物以及行李物品进境而所有人未来提取，或者无证到货、单证不齐、手续不完备以及违反海关章程，海关不予放行，需要暂存海关监管仓库听候海关处理的货物。
这种仓库有的由海关自行管理，但随着进出口业务的增大，海关作为行政管理机关，自营诸多不便，现在基本上交由专营的仓储企业经营管理，海关行使行政监管职能。存放在海关监管仓库的货物有两个期限，如储存超过14天，海关要征收迟纳金；超过三个月仍不提取的，便视为放弃货物，按照《中华人民共和国海关法》的规定变卖，款项交归国库。
海关根据监管要求对各监管仓库进行定期或不定期的检查，检查范围包括：
（一）仓库管理制度执行情况；
（二）有关单证、帐册；
（三）货物出入库清况；
（四）超期未报货物清理情况；
（五）其他情况。
（一）海关监管仓库应与国内货库隔离；进口、出口监管仓库必须分开。严禁国际、国内货物及进口、出口货物混装混放。
（二）为保证各种特殊物品的存放条件，海关监管仓库中应设立冷库、危险品库和贵重物品库。
（三）海关监管仓库应具有拆、装、卸货物的各种设备和工具。
（四）应具备完善的消防和安全设施。
（五）能为海关提供必要的办公场所、查验场所和扣留物品仓库；提供必要的办公及通讯设备、查验工具。
（六）海关监管仓库须指定专职保管员负责，保管员情况应交海关备案。
监管仓库应具有一整套严谨的、符合海关要求的管理制度和仓库帐册，并实行计算机管理，具备随时与海关计算机联网的条件。联网后仓库同时凭海关加盖放行章的运单和计算机传输的放行指令办理提货手续。
仓库管理部门应严格执行海关对进出境货物监管的法律法规，具备良好的经营条件、严格的内部管理制度，保证进出境货物入库、出库均在海关监管下进行。
仓库管理部门对存入仓库内的货物负有保管责任，凡存入进出口监管仓库的货物物品，未经海关许可，任何单位和个人不得开拆、提取交付、发运、改装、抵押、转让或者更改标记。
自运输工具进境之日起，超过三个月未向海关报关提取的货物，监管仓库管理员应列出清单一式两份，于每月十日前连同货物运单副本一同交海关处理。
对于进口监管仓库中的货物，监管仓库应严格凭加盖海关放行章的正本运单或《进（出）口货物放行单》放行。
对需要移入其它监管库保管的监管货物，监管仓库须凭加盖海关验讫章的正本运单办理出库手续。
出口普通货物因故不出境，货主要求从监管仓库中提出，仓库保管员必须凭加盖验讫章的《退关出库放行通知单》放行。
出口鲜活品因故不能出境需从库中提出，应及时通知海关。在海关工作时间内凭海关加盖验讫章的《退关出库放行通知单》放行；在海关非工作时间提取货物需经海关主管科长许可后补《退关出库放行通知单》。
为保证海关对出口货物的查验，所有出口货物须严凭海关加盖放行章的正本运单装箱、上板、封网。
所有出口货物必须实际进入出口监管仓库后方可报关，海关凭监管仓库加盖印章（交海关备案）的《国际货物托运书》接受报关，《国际货物托运书》上应填明出口货物品名、件数、重量，并不得涂改。