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水资源分区是指针对水资源规划提出的流域划分，水资源分区是一种类似行政区域的面状结构。
1、水文气象特征和自然地理条件相近，基本上能反映水资源的地区差别。
2、尽可能保持河流水系的完整性。
3、结合流域规划、水资源合理利用和供需平衡分析及总水资源量的估算要求，兼顾水资源开发利用方向，保持供排水系统的连贯性。
水资源分区的指标一般可以划分为3大类:
第二类是辅助指标,如影响农业灌溉、航运、城市生活用水的旱涝指数,径流年内分配,枯季最小流量或河流封冻天数等；
第三类是地下水含水岩体空隙性质的附加指标,如水文地质单元类型等。
在水资源分区的基本指标中,水资源数量可用多年平均径流深或多年平均河川径流量、地下水补给量或水资源总量来表示;水资源质量可用反映天然水质的矿化度、总硬度、总碱度或pH值表示,同时也可采用反映污染程度的径污比、单位面积农药使用量或污染级指数等指标;水资源能量可用水能资源理论蕴藏量等指标反映。
水资源分区的指标具有多样性,满足水资源分区要求的指标选取往往有一定的困难。在一般情况下,应重点考虑选用基本指标,优先满足各用水部门对水资源供需分析的普遍需要。在进行水资源综合分区时,可将基本指标、辅助指标和附加指标同时采用,也可采用三者中的任意两者,应依具体情况而定。
1、一级区保持大江大河的整体性。拟采用中国水资源评价分区的I级区，即将全国划分为松花江区（简称）、辽河区、海河区、黄河区、淮河区、长江区、东南区、珠江区、西南诸河区、西北诸河区10个区。
2、二级区以保持河系的完整性为原则，并参照了中国水资源利用分区的II级适当调整，共划分为80个。
3、三级区在征求各流域机构、各省（自治区、直辖市）和专家意见的基础上，共划分为214个。
4、计算分区单元的确定，可在三级区的基础上以行政区划（省、自治区、直辖市或地级市）来划分。
5、流域与各省、市也可根据当地的特点和工作需要细化到四级区或五级区。