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水利生态绩效审计是指由专门的审计机构或部门运用特定的方法对水利生态项目的经济性、效率性和效果性实施的监督、鉴证和评价。水利生态绩效审计强调的是水利项目是否取得了良好的生态效果；被审计单位是否经济有效地管理和利用资源；项目资金的使用是否达到预期结果或效益；被审计的水利项目是否注重社会公平发展、是否可持续。
水利生态绩效审计的目标包括：一是为决策者更科学地利用信息、更广泛地关注公平性和可持续性打下基础；二是促使被审计者更加高效地管理和使用各种资源；三是提高各个部门对生态效果的重视程度；四是确定更适当的责任。
1．专业性和技术性强。作为水利生态绩效审计的主要内容之一，生态效益的审计需要审计人员首先判定审计客体，即水利项目对生态系统产生何种影响，进而选择合适的审计指标。这个选择过程直接关系审计的成败，需要非常强的专业性。此外，审计数据的获取与验证，也要求较强的专业性和技术性。
2．综合性强。水利生态绩效审计既要审计项目资金的使用情况，又要审计项目的生态和社会效益，还要审计项目对社会利益的平衡与政策体制的可持续性，是一个综合各项内容的审计过程。同时审计手段也呈现多样化，除传统财务审计手段，还需融人调查统计、监测、公众参与等有效手段。这种综合性强的特点要求水利生态绩效审计必须兼顾各种要求和目标，全面审计评价。
3．连续性和周期性。对于水利生态绩效审计来说，生态效益和社会效益的发挥需要一段较长的期间，并且随着时间的不同，审计内容和结果可能也有所不同。如某项水利项目，建成一年后的生态效益与三年后的生态效益可能会相去甚远，因此开展水利生态绩效审计，应当选择合适的审计周期，连续进行，在审计上保持定期和连续，以便于观察项目的生态效益，判断资源的使用情况。
1．财务审计是水利生态绩效审计的基础。水利生态绩效审计应以财务审计为基础并延展开去，通过财务审计使被审计单位的财务资料达到正确、有序，从而使水利生态绩效审计中的经济性、效率性和效果性审计、可持续审计等均有可靠的保证。一方面对被审计单位情况做到较为了解，使得基础材料不会山问题；另一方面财务审计也是绩效审计的重要内容之一。
2．财务审计与水利生态绩效审计具有一定的相融性。绩效审计与财务审计具有一定的重合性，财务审计中有绩效审计的行为，绩效审计中有财务审计的内容。如在财务审计中，审查工程实施各环节成本的真实性、合法性时，发现成本超支，效益下降，进一步进行审查，就附带了绩效审计行为；反之，在绩效审计中，审计工程的经济性和效率I生时，必须审计成本和收益，财务审计也是重要内容。
3水利生态绩效审计的人员必须具备财务审计知识。对审计人员来说，水利生态绩效审计的业务要求高于财务审计。审计人员除必须具备财务审计知识外，还必须具备相关的知识，如为了审计某大型水利生态项目，审计人员除必须具备财务知识，能够审计项目的成本收益外，还必须熟悉国家的基建程序，并具备基本的生态知识等。
1．内容与目的不同。财产权与经营管理权分离后，产生了受托经济责任，这种责任包括受托管理责任和受托财务责任，水利生态绩效审计目的主要是审查受托管理责任，确定被审计组织是否进行有效的管理(经营)，着眼于管理的计划、控制和决策过程，强渊对未来的改进，审计的重点放在经济性、效率性、效果性方面；而传统的财务审计主要是审查受托财务责任，重点审查财务收支的合法性合规性以及核算的准确性。
2．依据和标准不同。财务审计的依据是会计法律法规、会计准则和制度等，而水利生态绩效审计在很大程度上不能仅仅依据这些规范，因项目不同需依据水利生态项目的技术参数、生态系统的结构和功能等。目前，绩效审计还没有一个公认的适合各种情况的审计标准，更不用说水利生态绩效审计，而水利生态绩效审计标准具有相对性和灵活性。
3．审计方法不同。南于审计内容、审计依据的不同，审计方法也会大不相同。同时，水利生态绩效审计不可能像传统财务审计，有完备的法律法规、制度标准支持，会计帐目统一规范、审计标准清晰明确。因此，审计中传统财务审计通常以审阅法、核对法、盘存法等为主，其它方法如评价法、询问法和分析法等为辅助技术方法。而水利生态绩效审计则有所不同，生态效益、环境效益和社会效益的不确定性和难验证性决定了分析法、评价法和调查法等综合手段和方法的重要性。