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替代审计程序是指原来(计划阶段)确定的程序无法执行，注册会计师为了实现同一审计目标，必须执行另外一项程序，比如因为客观原因(天气变化)，注册会计师无法执行监盘程序，就应当执行替代程序，包括检查有关存货的收发凭单等原始凭证，虽然这一程序在效果上不如直接监盘好，也应当执行；
或者原来已经执行的程序无法实现既定的审计目标，注册会计师同样应当执行替代审计程序，比如通过执行变量抽样测试发现，推断的总体误差过大，注册会计师不再信赖抽样结果，因此为了实现同一审计目标，注册会计师可能执行更为详细的实质性测试程序。
实施替代审计程序的目的，是要根据替代检查的结果，判断该笔债权的真实性与可收回性，从而证实其账面余额是否存在、记录是否完整、所有权是否属于本企业，以及该项目在会计报表上的披露是否恰当。
以应收账款的替代审计程序为例，检查和核对销售发票、出库单、运输单据以及经济合同等原始凭证和资料，对于判断该笔债权的真实性是必不可少的程序；而要判断债权的可收回性则比较困难，我们可以从了解客户信誉、账龄分析、业务往来的过程、以往的收回情况以及经济合同的有关条款等方面着手检查。
实施替代审计程序的审计工作底稿不能过于简单。注册会计师可以通过抄录应收账款明细账户的期初余额、期末余额以及抄录本期借方发生额、本期贷方发生额的总数了解和观察该笔债权的全貌，然后通过抽查凭证，检查和核对有关资料，并按照重要性原则选择复印有关原始凭证和资料，留存在工作底稿中。抽查的重点应当放在尚未收回的应收账款上面。
在审计实务中，一些注册会计师往往由于理解或认识上的问题对函证和替代及其之间的联系和区别产生如下误区：
1、认为替代审计程序仅是在对往来帐项的审计中运用
日常审计实务中，由于仅在对往来帐项的审计中运用替代审计程序比较频繁，其他审计项目中运用替代很少，从而使一些注册会计师误认为替代审计程序仅是对往来帐项审计的替代，即将替代审计程序侠义地理解为仅是对函证程序的替代，从而不知道在其他审计程序无法实现审计目标时也可以通过替代审计程序来实现审计目标，不知道对函证的替代审计程序仅是替代中的一个方面。
2、询证函由被审计单位发送和回收
根据审计准则规定，注册会计师应当直接控制询证函的发送和回收。但一些注册会计师往往将询证函的发送和回收交由被审计单位的会计人员办理，这就可能使回函的可靠性受到严重影响。究其原因，一方面可能是一些注册会计师为了图方便或为了图省事，另一方面也可能是一些注册会计师还没有搞清楚询证函究竟应该如何发送和回收。
3、认为对往来帐项的一般性抽证就是替代审计程序
一些注册会计师对如何实施往来款项的替代审计程序不了解或不熟练，实施的替代审计程序不完整、不规范，在审计时，往往不能针对具体的往来款项实施专门的抽证测试，而是对每一类往来款项随便抽证，如审计应收账款时，仅是在各个应收账款明细账户中随便抽查几笔会计分录，或者即使是在同一账户中抽证，但仍是没有章法，没有目标，抽证量极少，属于不具有针对性和系统性的“一般性抽证”，从而不能证明每一具体应收账款户的完整性、真实性和正确性。
另外，由于在许多情形下(特别是对中小企业的审计)至全部审计工作即将结束可能仍未收到回函，事实上，相当多的询证函根本不会收到回函，这就对函证程序的正常和有效实施形成了障碍和影响。所以，在未能发函、已发函但未收到回函或回函不满意的情况下，一些注册会计师常常采取上述“一般性抽证”的方法来实施“替代”函证程序，表面看实施了替代审计程序，实际上仅是“一般性的抽证”，有的甚至就是简单的抄录会计凭证，根本没有履行规范的抽证测试程序，这些都是违反执业规范，没有职业道德，自欺欺人的做法。
4、为了节省函证时间一律采用消极式的询证函
一些注册会计师(甚至相当部分的事务所)针对回函率低的特点，一律采用消极式的询证函，只要被函证单位没有回函，就确认被审计单位有关会计往来帐的数据。他们认为，这样不但节省了函证时间，而且还“回避”了收不到回函的尴尬。事实上，由于信函(发函和回函)有时不一定能够准确投寄，或被函证单位根本就没有认真核对，或即使在账面数据不相符的情况下被函证对方也可能不回函，所以，没有回函不一定表示与对方的账簿记录核对一致。因此，这种不管具体情况，一律采用消极式的函证方式实际上是一些注册会计师不负责任、不规范的做法。
5、对函证的替代就是复印往来明细账户加简单抄录几笔凭证
替代审计中还有一个较常见的误区，就是一些注册会计师喜欢复印有关往来账户的明细账页，凡是选定作为检查样本的往来账户，将其帐页全部复印，再根据帐页上记录的凭证号码和经济内容随便抄录几笔会计凭证，然后在固定格式工作底稿中“查见栏”或“核对栏”的空格上打勾，表示已经履行了“查见”或“核对”程序，最后在审计结论中写上“余额可以确认”，认为这就是对往来帐项实施的替代审计程序。从日常监管检查所掌握的情况得知，相当多的审计人员实际上根本就没有真正履行“查见”或“核对”程序，仅是抄录了一些会计分录。
6、对债权账面的余额认定不考虑可收回性
一些注册会计师认为，债权能不能正常收回是被审计单位的责任，审计只是负责确认账面数据的正确性，所以，许多注册会计师在审计被审计单位的债权帐项时，根本不考虑被审计债权的可收回性，往往仅凭回函证明或替代审计的结果就作出余额可以确认的审计结论，对一些有明确线索证明已经形成潜亏的债权不仅不调整会计报表，而且也不在会计报表附注中披露。
7、对债务不需要进行函证
一些注册会计师认为，债务类账户余额不需要函证，一些被审计单位也反对对其债务进行函证，实际上这些都是错误的认识。笔者认为，对债务要不要函证的问题应该区别对待，即一般情况下对债务确实不需要函证，但是，如果被审计单位控制风险较高，债务金额较大或被审计单位处于财务困难阶段，则应该对应付账款和预收账款中的重大项目进行函证。
8、认为余额大的往来帐项才是重要的
许多注册会计师在选择和判断往来帐项的重大项目时往往有这样的误解，即认为余额大的才是重要的，余额小或为零的就不是重大项目，这实际上是错误的认识。因为往往一些账户的年末余额虽然很小甚至为零，但平时的发生额可能非常大，这些账户同样也是被审计单位的主要往来账户，肯定就是重要的。所以，注册会计师在今后的审计中要注意正确选择和判断往来账户的重大项目，对年末余额虽为零或很小，但发生额非常大的重要往来帐户必须进行函证。
该问题实际上暴露了一些注册会计师在对往来帐项的审计中存在的重债权轻债务的问题。在日常审计实务中，一些注册会计师不对债务账户进行函证，也不实施替代审计程序，或表面上虽有替代审计程序，实际上仅是抄录一些会计分录，根本没有认真履行抽证测试的审计程序，这是严重“偷工减料”的行为。