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微观经济效益审计是指对国民经济的某一地区、某一部门和某一单位经济活动的效益性进行审核、分析和评价。它包括评审经济活动及其效率、效果，市场开发、产品开发、技术开发的效率、效果，管理活动的效率、效果等等。
微观经济效益审计的主要特点是：审计的具体目标是评价某个单位经济活动的合理性和有效性，促使该单位提高经济效益；审计的对象是个别企事业单位的业务经营活动及其结果；审计标准的确立是从企业角度出发，只计算本企业的投入和产出；审计时较多地使用定量指标；一般以现时价格所计算的结果来评价企业的资金使用情况和盈利情况。
进行微观经济效益审计，要注意把握以上特点，在方法上除可采用某些传统的审核检查方法外，还要注重采用比较法、因素分析法和平衡分析法等经济活动分析的方法，以及一些数学分析方法和现代管理方法，如回归分析法、投入产出法、量本利分析法、预测分析法、价值分析法、成本效益分析法等。