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年终结算是指各级财政之间，在年终清理的基础上，按照预算管理体制及有关规定结清上下级财政总预算之间的预算调拨(上解、补助)收支和往来款项。按规定由上级财政与下级财政之间单独结算的事项，一并计算出全年应补助款数额和匝上解款数额，与已补助和已上解数额进行比较，结合往来款项，计算出全年最后应补助或应解数额，填制“年终财政决算结算单”，作为年终财政结算的凭证，进行会计帐务处理。从某种意义上讲，年终结算，也是整个决算编制前的年终清理工作的一项特殊的清理结算工作。
1.定额结算。
为简化结算事务，对数额变化不大的结算事项，由财政部给地方财政确定一个基数，每年进行结算，到1996年底已有32项结算事项从逐项单独结算改为定额结算。
2.税收返还收人结算。
税收返还是“分税制”财政体制下中央财政对地方转移支付的一种形式，是我国“分税制”改革过程中既为保持地方既得利益，又逐步提高中央财政收入比重，增强中央政府的宏观调控能力而实行的一项改革措施。根据国务院规定，中央财政对地方财政税收返还数额，以1993年为基数核定，按照1993年地方实际收人以及实行分税制中央与地方收入划分的情况，核定1993年中央从地方净上划的收人数额(100％消费税+75％增值税一中央下划收入)全额退还地方，保证现有地方既得财力，并以此作为以后中央对地方税收返还的基数。1994年以后，税收返还额在1993年基础上逐年递增，以本地区增值税和消费税增长率的1：0.3为系数给予增量返还，即收入两税每增长1％，中央财政对地方税收返还增长0.3％，如若本年两税收入达不到上年两税基数，则相应扣减税收退还数额。
3.其他结算。
包括地方财政检查中央企事业单位违纪资金，补缴入库收入分成结算；地方审计机关审计中央企事业单位违纪资金，补助入库收入分成结算；中央减免农业税、补助地方的结算。14个经济技术开发区中央增量退还的结算以及企事业单位下划等结算项目。
在结算工作中，上级财政部门应根据年终财政体制结算项目填制“年终财政决算结算单”，作为下级财政结算的依据。各级财政总预算会计应根据经上级财政部门审批的“年终财政决算结算单”中核定的税收返还收入、原体制补助或上解、专项拨款补助、专项结算补助或上解等数额，通过“与上级往来”和“与下级往来”账户办理会计转账业务，以结清上下级财政全年的预算资金账。