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工业部门结构是指在社会再生产过程中，工业内部各部门之间以及部门内部各生产环节之间的技术经济联系与数量比例。工业部门结构是产业结构的重要组成部分，其状况反映一个国家工业发展的水平和方向。
工业部门结构的形成，是有客观规律性的，工业部门之间的联系和比例关系也是具有客观性的。马克思在分析资本主义再生产过程时，将社会总生产分成生产资料生产和消费资料生产两大部类，科学地揭示出两大部类在再生产过程中保持着一定的数量比例，社会生产顺利进行的必要条件是符合这一比例要求。这一规律在社会主义再生产中仍然发生作用。影响工业部门结构变动的主要因素有，生产力的发展水平，自然资源的状况，生产性和非生产性社会需求结构的变化及对外贸易状况等。
研究工业部门结构，对于完整的工业体系的建立，对于工业现代化的建设都有重要意义。国民经济投入产出平衡模型等数学方法以及电子计算机的应用，为计划和分析部门结构以及建立最优化部门结构模型提供了条件。
工业部门结构的主要指标是：重工业和轻工业间的比例关系，各主导工业部门(如钢铁、机械等)的产值在工业总产值中所占的比重，独立工业部门的数目及新工业部门的增加，工业务部门在发展中的相互联系和数量比例等。