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土地登记代理机构是指为委托人提供土地登记代理和咨询服务的中介组织，即指符合执业条件，并依法设立，从事土地登记代理活动的公司、合伙机构、个人独资机构。
(一)土地登记代理机构的设立
由于我国对土地登记代理机构的设立条件还没有明确的规定，因此可参照《中华人民共和国城市房地产管理法》第四章第五十七条有关房地产中介服务机构设立的条件规定来确定土地登记代理机构的设立条件：
(1)有自己的名称和组织机构。
(2)有固定的服务场所。
(3)有必要的财产和经费。
(4)有足够数量的专业人员。
(5)法律、行政法规规定的其他条件。
土地登记代理机构的设立还应符合中华人民共和国公司法、合伙机构法、个人独资机构法、中外合作经营机构法、中外合资经营机构法、外商独资经营机构法等法律法规及其实施细则和工商登记的规定。设立土地登记代理机构的执业人员的条件，应当由土地行政主管部门进行审查，经审查合格后，再办理工商登记。
设立跨省、自治区、直辖市从事土地登记代理活动的机构，应当符合所在地有关管理部门的规定。
(二)土地登记代理机构的分支机构的设立
国内土地登记代理机构可以根据业务需要，也可在国内其他区域或国外设立分支机构，从事土地登记代理业务。分支机构应有一定的经营资金和一定数量的从业人员，持有《中华人民共和国土地登记代理人职业资格证书》的人员数量达到规定的要求。分支机构不具有法人资格，土地登记代理机构对其分支机构解散后尚未清偿的债务承担责任。
外国土地登记代理机构可以在中华人民共和国境内设立分支机构，从事土地登记代理业务。分支机构应有一定的经营资金和一定数量的、中国政府承认的并允许其在国内执业的从业人员，持有《中华人民共和国土地登记代理人职业资格证书》的人员数量达到规定的要求。其分支机构不具有法人资格，外国土地登记代理机构对其在中国境内的分支机构的债务承担责任。
设立分支机构也应经过土地行政主管部门审查和工商登记，应符合国家法律、法规和工商登记管理规定的其他条件。
(三)土地登记代理机构和分支机构的注销
土地登记代理机构和分支机构的注销，标志着其主体资格的终止。注销后的土地登记代理机构不再有资格从事土地登记代理业务，注销时尚未完成的土地登记代理业务应与委托当事人协商处理，可以转由他人代为完成；可以终止合同赔偿损失；在符合法规的前提下，经当事人约定，也可以用其他方法。
土地登记代理机构和分支机构的备案证书被撤销后，应当在规定的期限内向所在地的工商行政管理部门办理注销登记。
土地登记代理机构和分支机构歇业或因其他原因终止代理活动的，应当在向工商行政管理部门办理注销登记后的规定期限内向原办理登记备案手续的土地行政主管部门办理注销手续。
(一)土地登记代理机构有以下权利
(1)享有工商行政管理部门核准的业务范围内的经营权利，依法开展各项经营活动，并按规定标准收取佣金。
(2)可向主管部门提出实施专业培训的要求和建议。
(3)按照国家有关规定制订各项规章制度，并以此约束在本机构中执业土地登记代理人的执业行为。
(4)由于委托人的原因，造成土地登记代理机构或土地登记代理人经济损失的，有权向委托人提出赔偿要求。
(5)法律、法规和规章规定的其他权利。
(二)土地登记代理机构有以下义务
(1)依照法律、法规和政策开展经营活动。
(2)认真履行土地登记代理合同，督促土地登记代理人认真开展代理业务。
(3)维护委托人的合法权益，按照约定为委托人保守商业秘密。
(4)承担因代理不当造成的委托人的损失赔偿。
(5)严格按照规定标准收费。
(6)接受主管部门的监督和检查。
(7)依法缴纳各项税收和行政管理费。
(8)法律、法规和规章规定的其他义务。
土地登记代理机构管理部门应对代理机构实施年度审查制度，年度审查主要审查机构的设置情况、人员资格、执业情况、经营业绩及执业纪律等。
(一)土地登记代理机构在年度审查中应提交
(1)《营业执照》副本；
(2)《土地登记代理人职业资格证书》；
(3)《土地登记代理机构人员构成表》；
(4)《土地登记代理机构经营情况表》；
(5)《土地登记代理业务情况表》；
(6)其他材料。
(二)凡有下列情况之一的土地登记代理机构，视为年度审查不合格
(1)未按时办理资质有关登记事项变更登记的；
(2)《土地登记代理人职业资格证书》持证人员数量不足的；
(3)有严重违法经营行为的；
(4)逾期未办理年审的。
对于有土地登记代理纠纷投诉现象，但尚未解决的，可以暂缓年审。待处理完投诉后，方可准予年审。年审不合格的土地登记代理机构责令其停止土地登记代理业务。
每年度的土地登记代理机构年审工作结束后，土地登记代理管理部门将发布公告，向社会公布年审结果。
土地行政主管部门对土地登记代理机构加强管理，实施监督。
(一)实行资质认证管理
根据《土地登记规则》第三十二条的规定，国家对土地登记代理机构实行资质认证制度。具备下列条件的机构可以申请土地登记代理机构资质认证：
(1)具有独立法人资格的土地登记代理机构或土地中介机构；
(2)注册资金50万元以上；
(3)有3名以上取得土地登记代理人资格证书的专职人员。
资质认证须向县级以上土地行政主管部门申请，并经初审后，由省级土地行政主管部门统一报国土资源部审查后，颁发土地登记代理机构资质证书。
土地登记代理机构必须坚持业务台账制度，及时准确地报送报表，签订合同规范，按国家规定合理收费，无违法违章行为。
(二)实行年检制度
土地行政主管部门对土地登记代理机构的业务情况和专业人员条件每年进行一次检查验证，并于每年年初公布检查合格的土地登记代理机构名单，检查验证不合格或无故不参加检查验证的，不得从事土地登记代理服务活动。
(三)实行动态管理
土地登记代理机构的从业人员发生变动，应及时向主管的土地行政主管部门办理变更手续；遗失证件的应到原发证部门申请补发。严禁伪造、涂改、转让《土地登记代理机构资质证》、《土地登记代理人资格证》。
(四)建立财务会计制度
土地登记代理机构应健全财务会计制度，建立会计账簿，编制财务报表。收取服务费应出具统一发票，经营所得应依法纳税。
(五)进行监督检查
土地行政主管部门应对土地登记代理机构的经营活动进行监督检查。土地登记代理机构应按土地行政主管部门的要求提交业务统计报表，如实报告经营情况。
土地登记代理机构是土地登记代理人执业的场所，是土地登记代理人执业活动的组织机构，两者间存在如下关系：
第一，土地登记代理人与土地登记代理机构之间有执业关系。一方面，土地登记代理人从事代理活动必须以土地登记代理机构的名义进行，不能以个人的名义进行；另一方面，土地登记代理机构必须是由土地登记代理人组成的。
第二，土地登记代理机构与土地登记代理人之间有法律责任关系。一方面，土地登记代理人在执业活动中由于故意或过失给委托人造成损失的，由土地登记代理机构统一承担责任，土地登记代理机构向委托人进行赔偿后，可以对承办该业务的土地登记代理人进行追偿；另一方面，由于委托人的故意或过失给土地登记代理机构或土地登记代理人造成损失的，应由土地登记代理机构向委托人提出赔偿请求，委托人向土地登记代理机构进行赔偿后，再由土地登记代理机构向土地登记代理人的损失进行补偿。
第三，土地登记代理机构与土地登记代理人之间有经济关系。由于土地登记代理业务是由土地登记代理机构统一承接的，土地登记代理合同是在委托人与土地登记代理机构之间签订的。因此，由土地登记代理机构统一向委托人收取佣金，并由土地登记代理机构出具发票。土地登记代理机构收取佣金后应按约定给予具体承接代理业务的土地登记代理人报酬，报酬的形式可以由机构与土地登记代理人协商确定。