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土地变更调查是指在全国土地调查基础上，根据城乡土地利用现状及权属变化情况，随时进行城镇和村庄地籍变更调查和土地利用调查。
1)土地利用管理不严，变更数据上报不实
土地开发利用不规范问题是个长期存在的问题。尽管有《土地管理法》做法律支撑，但由于执法力度不足，导致管理不严，变更数据上报不实。特别是一些地方从局部眼前利益出发，致使滥占滥用现象严重，主要表现在一些项目用地不报、先用后报，少征多用、多征少用，早征晚用、甚至征而不用，本可用劣地空地荒地却占用良田耕地等。土地变更调查反映年度土地利用现状的变化情况，调查成果还将作为年度土地卫片执法检查的基础数据。正因如此，地方政府受利益驱使而应对执法检查，可能存在故意规避的心理，不能如实上报变更数据，影响变更调查成果质量和可靠性。
2)部门衔接不到位，资料收集不齐全
土地变更调查对地方国土部门有明确的职责要求：规划部门负责土地利用计划、基本农田补划、调整等相关资料；耕保部门负责建设用地审批、土地整理复垦开发、基本农田依法批准占用及补划资料，核实确认建设用地的变更调查上图结果；执法监察部门负责汇总违法用地的数量、范围、位置及查处情况；地籍部门负责组织实施土地变更调查，完成相关资料的调查上图工作等。
在土地变更调查实施过程中，由于时间紧、任务重，规划、耕保、执法和地籍各部门之间衔接不到位，导致大部分工作由地籍部门来完成。而地籍部门可能存在对新机制下的变更调查方法认识不够、对地类变更合法性的认定不够专业等困难，最终在执法检查过程中，才发现耕地保有率过低、违法率偏高等问题。
地方国土部门还常常出现资料收集不齐全或资料丢失的情况。如已办理用地审批手续的资料无法找到，土地整理复垦开发项目资料不全，违法用地未及时进行查处，无具体的边界、范围等。
3)变更调查软件不完善，技术人员操作不熟练
土地变更调查软件、更新数据上报软件、质检软件的开发处于完善阶段。在每年变更调查工作中不断发现问题，进一步完善软件，这样会在一定程度上影响变更调查工作的效率。
在土地变更调查与“一张图”工程相结合的工作模式下，土地利用变更调查成果用于对地方国土部门全年工作的检查，规划、耕保、执法和地籍等部门的资料都要在土地变更数据库中体现。数据库更新工作技术性强，软件操作复杂，对技术人员要求高。县级地籍部门技术人员少，技术力量较为薄弱，对数据库管理软件的操作不够熟练，给土地利用变更调查带来较大的困难。
1)依法进行土地管理，加强执法力度，提高土地执法质量。加强土地执法部门在土地变更调查中的作用，土地执法部门更应全面了解和掌握辖区内的土地变化情况，全程参与变更调查的外业调查和数据确认工作，及时发现并查处违法行为，以实地变化为依据，确保最新土地利用信息的客观与真实。
2)地方国土部门之问的协调至关重要。要更加细化部门责任，加强部门之间联动和衔接。在具体实施过程中，规划、耕保、执法和地籍部门明晰分工，相互配合，各自承担部门职责，提高工作效率。县级国土部门在日常土地管理工作中要强调及时性、主动性，避免日积月累待到年底仓促整理，以致资料不全影响土地变更调查的顺利进行。
3)专业技术人员适时与软件技术交流平台保持联络，关注软件使用技术的交流、软件的更新与改进，主动向软件开发部门反映存在的问题，避免由于软件缺陷影响工作。在土地变更调查工作开始之前，进行数据库更新和信息管理系统操作使用的技术培训，尤其要加强对县级国土工作人员的技术指导，以提高作业人员的技术水平和工作效率，以期按时保质完成土地变更调查任务。