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国债回购交易是国债现货交易的衍生品种，是一种以国债为抵押品拆借资金的信用行为，在交易中买卖双方按照约定的利率（年利率）和期限，达成资金拆借协议，由此融资方（买方）以相应的国债库存作足额抵押，获取一段时间内的资金使用权； 另一方融券方（卖方）则在此时间内暂时放弃资金的使用权，从而获得相应期限的国债抵押权，并于到期日收回本金及相应利息。一笔回购交易涉及两个交易主体 （以券融资方和以资融券方）、二次交易契约行为（初始交易和回购期满时的回购交易），两次清算。
国债回购交易价格是采用资金的年收益率报价的，利率的高低直接反映市场资金的利率水平。考虑到回购交易的价格主要涉及初始交易和反向交易的价格差额，因此回购交易中只对到期回购价格实行电脑竞价，初始成交价格一律定为100元。
在交易所行情显示中，只即时显示交易的到期回购价格的竞价结果，而成交量、成交金额，分别显示的是当日成交手数和当日实际成交金额。
下列图表为上海证券交易所国债回购交易流程：
| 融券方（卖方） | 上海证券交易所 | 融资方（买方） | |
|---|---|---|---|
| 回购成交日 | 放弃资金使用权，将其让位于买方。 | 冻结买方国债，将资金使用权付于买方。 | 获得资金使用权，将其抵押在上海证交所。 |
| 回购期内 | 获国债抵押权。 | 冻结国债。 | 获资金使用权。 |
| 回购到期日 | 收回本金及相应的利息 | 解冻买方国债。 | 还本付息，收回国债。 |
国债回购交易的主体由融资方和融券方两个交易主体构成。
融资方是指放弃一定时间内的国债抵押券，获得相同时间内对应数量的资金使用权，期满后，以购回国债抵押权的方式归还借入的资金，并按照交易时的市场利率支付利息。在交易时做“买入”申报。融券方是指放弃一定时间内的资金使用权，获得相同时间内对应数量的国债抵押权，期满后，以卖出国债抵押权的方式收回借出的资金，并按照成交时的市场利率获取利息收入。在交易时做“卖出”申报。
根据现行业务规则，机构投资者（含券商）需要将其记帐式国债用于回购业务时，必须事先将证券帐户在拟回购登记的主席位上进行指定交易，再通过交易系统进 行回购登记申报。当日清算时，国债结算系统接受登记后自动将该帐户登记的国债折合成标准券记到其指定债券登记的主席位上。回购登记成功后，机构投资者便可 以在该主席位所联通的各席位上进行回购交易。
标准券即用于回购抵押的标准化国债券，由交易所根据证券经营机构证券帐户的国债存量，按照不同的券种、根据各自的折合比率计算。上海证券交易所定期于每季 度最后一个营业日公布下季度各现券品种折算标准券的比率，并于下季度第一个营业日起按新的折算比率计算各会员单位可用于国债回购业务的标准券数量。深圳证 券交易所则视国债市值的变化，定期予以调整公布。
1、国债回购交易收益性
经过近几年的多次降息，银行一年定期存款利率已降为1.98%（年利率）。而企事业单位将其闲置资金用于国债回购交易，收益率将大大高于同期银行存款利率水平。
国债交易费用说明：
佣金的征收起点费5元。具体各期的收费：
国债回购收益举例：
由于国债回购每次交易最少需要10万元资金，下面我们就以此来举例比较。
如投资者有10万元流动资金闲置，做182天回购，以3.2％的回购年利率计算，则收益为：(10万×3.2％／360)×182-10万×０.75‰＝1542.78元。
一年可做两次182天回购，即一年的总收益为3085.56元。
若把资金存入于银行，年收益只有：10万×1.98％×80％(利息税)＝1584.0元。
这样，10万元资金用于回购操作，回购收益要比一年定期存款利息高出1501.56元。
以券融资收益举例：
针对有些投资者持有国债、银行支票、大额存单等有价证券并且有短期资金需求，要通过以券融资来解决短期资金的需求。下面分别对各种以券融资业务的费用作以比较：
以券融资做10万元资金的回购，由于银行只有半年期的贷款业务，也选取182天回购与之对应，则融资成本为：(10万×3.2%/360)×182+10万×0.75‰＝1692.78元。
到银行用国债现券抵押，贷款10万元，期限半年，贷款成本为：10万×5.04%÷360×182＝2548元。
以有价证券到银行贴现（银行的贴现率为3.0％－4.0%），以还有六个月到期，票息为5.0％的商业票据到银行贴现10万元资金为例投资人支付的贴现息为： 10万×（1+5.0%×6÷12）=102500×4.0％×6÷12=2050元。
同样是以券融资10万元，以国债回购融资的成本比抵押贷款融资的成本低855.26元，比以票据贴现融资的成本低375.22元。
结论：经计算，同一笔资金，做国债回购的收益率在零风险的情况下相当于同期银行定期存款收益率的180%，相当于活期存款利率的350%，因此成为机构管理现金，提高收益的重要工具之一。
2、回购交易的安全性
上海证券交易所的国债回购作为规范化、标准化的交易品种，它的风险已借助逐步健全的市场法规体系和严格的市场运作程序而大大降低了。另外，与股票交易不同，国债回购在成交之后不再承担价格波动的风险。对于股票交易而言，今天买入的股票不能保证在一定期限之后必然获得收益，因为价格的波动将影响你的盈亏及其幅度，但对于国债回购交易来说，在国债回购以某个利率水平成交之后，利率水平的波动与你在回购到期日的收益无关，而且收益的大小早在回购成交时即已确定。正是在这种意义上，国债回购交易类似于抵押贷款，它不承担市场风险。
1、国债回购交易的开展有利于提高国债的流动性。当国债持有者需要资金，但又认为持有国债收益较高，不愿将其所有权作永久性转移时，可通过国债回购方式在不放弃国债所有权的情况下融入资金。
2、债券回购交易开展有利于国债一级市场的发展。回购业务的存在，增加了国债的流动性，降低了持有者的风险，增加了国债的吸引力。
3、国债回购交易的开展对于利率市场化有积极的作用。回购利率对于筹资者是筹资成本，对于出资者则是收益率，它是双方公开竞价的结果，反映了市场资金的供需状况。
4、国债回购交易的开展，为中央银行公开市场业务操作提供了工具。