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回购协议利率是衡量回购协议交易中借款人(证券出售者)向贷款人(证券购买者)所支付的报酬比例。
(1)债券的供给和需求。当证券公司持有大量的债券，它就会通过债券回购来融通资金，证券公司为了吸引投资者，会提高回购协议利率；相反当证券公司债券较少时，回购协议利率下降。
(2)金融条件。紧的货币政策引起对资金的需求增加，证券回购协议供给增加，利率上升；松的货币政策，证券回购协议减少，利率下降。
(3)同业拆借利率、贴现利率的水平和变动趋势影响回购协议的利率。回购协议和中央银行的基准利率直接联系，中央银行调整同业拆借利率和贴现率，由于套利会间接影响回购协议利率，如果回购协议利率在同业拆借利率和贴现率之上，资金将投向回购协议市场，这样回购协议利率将下降。
(4)在开放经济的条件下还受国外经济条件的影响，外国利率和汇率的变化会直接影响到本国市场的回购协议，如果本国的回购协议利率高于国外短期利率，国外短期资金会投向回购市场，这主要由外国利率和外汇掉期成本来决定。
(5)季节性因素的影响，由于某些月份资金需求量大，回购协议的供给增加，利率上升。
(6)套取利差，使回购协议的利率和其他短期利率互动，如果CD和CP利率上升，则CD和CP的回购市场利率上升，对债券的回购协议需求减少，则资金流向CD和CP的回购市场。
(7)新的金融工具的不断出现和与之竞争也直接影响回购协议的利率。
在期限相同时，回购协议利率与其他货币市场利率呈现以下关系：
国库券利率 < 回购协议利率 < 银行承兑汇票利率 < 可转让定期存单利率 < 同业拆借利率