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商标管理机构是一个国家主管商标工作的政府机构，代表国家管理商标的工作。目前，世界各国的商标管理机构各不相同。美国由专利商标局管理商标；日本的商标管理机构为特许厅，归属于通商产业省；巴西的工业产权局负责商标注册管理工作；英国由专利、设计和商标总局局长掌管商标注册簿。
我国的商标管理实行集中注册、分级管理的体制，由国家工商行政管理局商标局主管全国的商标注册和管理工作，制定商标政策、商标法规，指导和协调地方各级工商行政管理机关进行商标管理；地方各级工商行政管理机关对本辖区内的商标事务进行管理。这样的管理体制既维护了商标法规的严肃和统一，使全国商标注册管理工作统一化、标准化，又使地方各级商标管理工作得以加强。
(一)国家工商行政管理总局商标局
商标局是全国性的商标注册和管理的主管机关，它负责全国所有的商标注册申请核准工作和其他重要的业务，其主要职责有：
(1)受理和审查商标注册申请，代表国家对符合要求的商标注册申请核准注册，授予专用权，颁发《商标注册证》。
(2)办理注册商标的转让、变更、续展注册和注销手续。
(3)办理商标撤销等有关商标确权方面的工作。
(4)办理商标使用许可的备案手续。
(5)商标局不直接进行商标管理和查处侵权，只是在商标管理中，对当事人违反注册商标使用管理规定又拒不改正的，经地方工商行政管理机关提请，可撤销其注册。
(6)办理有关商标管理的其他事务。如编辑出版《商标公告》、建立和保存全国的商标档案、设置《商标注册簿》、记载注册商标及有关注册事项、负责商标查询工作并出具有关查询文件等。
（二）商标评审委员会
商标评审委员会是国家工商行政管理总局设立的专门商标评审机构，它独立于商标局，由国家工商行政管理总局指定的主任委员和委员组成。
商标评审委员会没有直接的商标管理职责，只负责办理商标确权方面的事务，主要是根据当事人的请求，对商标局作出的有异议和争议的审查和处罚决定进行评议审理，又称复审，作出终局决定。其具体的职责包括：
(1)对商标局驳回注册申请进行复审。
(2)对不服商标局异议裁定的申请进行复审。
(3)对不服商标局驳回续展注册申请进行复审。
(4)对不服商标局驳回转让注册商标的申请进行复审。
(5)对商标权的争议作出裁定。
(6)对注册不当的商标撤销申请进行复查并作出裁定。
(7)对不服商标局撤销其注册商标决定的申请进行复审。
（三）地方各级工商行政管理部门
我国的商标管理体制实行“集中注册，分级管理”原则。地方各级工商行政管理机关依照法律规定，具体负责对各地区的经常性的商标管理。省、自治区、直辖市的工商行政管理局，和省以下的地区和市县工商行政管理局，一般设有商标广告处、科，负责本辖区的商标管理工作。
工商行政管理机关对商标的管理，主要由商标注册人所在地的县级工商行政管理局负责，省、地级工商行政管理局主要处理跨地、县的商标案件和较重大的商标案件，对辖区内商标管理工作进行统一部署，并依照商标法的有关政策和上级机关的指示进行检查指导，组织本地区的情况交流和经验的总结、传播。具体而言，地方各级工商行政管理机关的职责范围包括：
(1)监督使用商标的商品质量，对使用注册商标和未注册商标生产的商品粗制滥造、以次充好、欺骗消费者的行为，依法给予行政处罚。
(2)对辖区内的注册商标和未注册商标的使用行为进行日常管理。包括监督是否加注注册商标标记、检查注册商标的使用是否符合核定商品的范围、对撤销和注销商标的管理、对商标注册和注册证的管理等。
(3)对商标标识的印制进行管理。
(4)对国家规定必须使用注册商标的商品未使用注册商标的行为进行处理。
(5)宣传商标法规，指导工商企业正确使用商标。
《商标法》第54条规定，对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处。第53条规定，有本法第52条所列侵犯注册商标专用权行为之一引起纠纷，当事人不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以请求工商行政管理部门处理。工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。工商行政管理部门可以根据当事人的请求，就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。
关于工商局查处侵权的权限，《商标法》第55条规定，县级以上工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：
(1)询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况。
(2)查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料。
(3)对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查。
(4)检查与侵权活动有关的物品。对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或者扣押。
工商行政管理机关在行使上述职权时，有关当事人应服从管理，予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。当事人对工商行政管理部门在查处商标侵权行为中作出的决定不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。当事人对处理决定不服的，可以自收到处理通知之日起15日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。