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所谓“合法、有效凭证”，是指填制内容、方式符合有关税收法规、财务会计制度规定的会计凭证(包括原始凭证和记账凭证)。
其中，合法的原始凭证包括套印税务机关发票监制章的发票以及经省级税务机关批准不套印发票监制章的专业发票和财政部门管理的行政性收费收据以及经财政部门、税务部门认可的其他凭证。
1、支付给我国境内的单位或个人，且上述单位或个人生产销售的产品或提供的劳务发生在一般生产经营领域中属于营业税或增值税等税收征税范围的，开具的发票为唯一合法有效凭证。如，对于经过法院拍卖而取得的房产，也应该由出卖人依法开具发票作为税收的合法凭证。
2、对不属于正常生产经营领域而支付给我国境内的行政事业单位的，且上述单位收取的属于国家或省级财税部门列入不征税名单的行政事业性收费(基金)，以其所开具的财政收据为合法有效凭证。如，路政管理部门收取的养路费开具的行政事业性收据则为合法凭证。
3、对支付给我国境外的单位或个人的购货款，以上述单位或个人的签收单据为合法有效凭证；对支付给我国境外的单位或个人的非购货款，以纳税人所在地主管税务机关开具的售付汇凭证为合法有效凭证。单位和个人从中国境外取得的与纳税有关的发票或者凭证，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以要求其提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为合法的记账核算凭证。
4、经国家税务总局或省地方税务局确认的其他合法有效凭证。如，根据企业发生的财产非常损失或评估损失时，应由相应的税务机关确认后出具的税收证明作为合法有效的凭证。
5、其他符合相关税收政策的会计凭证。如企业支付给工人发生的支出时，根据工人的工资发放表(收款人签字确认或银行支付证明)结合劳动合同进行确认。另外，对于实在无法取得正式发票的客观条件下，结合实际情况，以相关收据、收款证明作为企业入账凭证，如：支付给个人的青苗补偿费，结合相关证明材料，收款人的收款收据即可确认为合法凭证。
1、《中华人民共和国税收征收管理法》第十九条规定:“纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算。”
2、《中华人民共和国会计法》第十四条规定:“会计机构、会计人员必须按照国家统一的会计制度的规定对原始凭证进行审核，对不真实、不合法的原始凭证有权不予接受，并向单位负责人报告；对记载不准确、不完整的原始凭证予以退回，并要求按照国家统一的会计制度的规定更正、补充。”
3、《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定:“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。”第二十二条规定:“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。”
4、国家税务总局《企业所得税税前扣除办法》第三条规定:“纳税人申报的扣除要真实、合法”
5、《国家税务总局关于加强企业所得税管理若干问题的意见》(国税发[2005]50号)规定 “不能提供真实、合法、有效凭据的支出，一律不得税前扣除”。
1、对于非法凭证，不得作为财务报销凭证，也不能在税前扣除。
2、企业如果使用非法凭证，就要补税和加收滞纳金，将会增加企业的负担。企业如果违反发票管理法规，导致其他单位或者个人未缴、少缴或者骗取税款的，由税务机关没收非法所得，可以并处未缴、少缴或者骗取的税款一倍以下的罚款。
3、被认定为偷税的，就会被处偷税的百分之五十以上五倍以下的罚款。构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
一、增值税征管中的合法有效凭证
(一)增值税进项税额抵扣凭证的-般规定
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，准予从销项税额中抵扣的进项税额，除购进免税农业产品准予抵扣的进项税额外，仅限于下列增值税扣税凭证上注明的增值税税额：从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税税额；从海关取得的完税凭证上注明的增值税税额。
(二)增值税进项税额抵扣凭证的几项特殊规定
1.以收购凭证作为外购农业产品和废旧物资进项税额的计算依据。根据《增值税暂行条例实施细则》第十七条的规定，购进免税农业产品的买价，仅限于经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的价款。按照规定，以收购凭证上注明价款按13%计算进项税额方准予抵扣。但针对一些农业生产单位销售自产农产品可以开具普通发票的实际情况，为简化手续，根据《关于增值税若干征收问题的通知》(国税发[1994]122号)规定，对一般纳税人购进农业产品取得的普通发票，可以按普通发票上注明的价款计算进项税额。从事废旧物资经营的增值税一般纳税人收购的废旧物资不能取得增值税专用发票的，据经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的收购金额，依10%的扣除率计算进项税额予以扣除。
2.普通发票作为运输费用准予抵扣进项税额的计算依据。从1994年5月1日起，对增值税一般纳税人外购货物(固定资产除外)所支付的运输费用,根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额依7%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计入进项税额予以扣除。从2003年11月1日起，提供货物运输劳务的纳税人须开具货物运输业发票，作为记账凭证和增值税抵扣凭证。
(三)对电力销售、自来水销售及商业零售企业使用专用发票的规定
对供电部门销售电力、自来水公司销售自来水，除销售给普通消费者的以外，均需开具专用发票。对商业零售企业销售商品凡向购买方开具专用发票的，必须按照《国家税务总局关于增值税专用发票使用问题的通知》(国税明电[1994]35号)的规定.在购买方提供盖有一般纳税人戳记的税务登记证(副本)的前提下，销货方方可开具专用发票。
二、营业税征管中的合法有效凭证
(一)营业额减除项目凭证
对营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或合法有效凭证；支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。
(二)联运业务凭证
对自开票纳税人开展的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。
三、企业所得税征管中的合法有效凭证
(一)将企业提供的完整、准确的收入及成本、费用凭证作为核定征收的重要依据。不能正确计算应纳税所得额的.税务机关有权核定其应纳税所得额。
(二)将对关联企业凭证的现场审计作为关联企业业务往来调整的依据之一。在企业不能提供准确的价格、费用等凭证资料的情况下，可采取核定利润率及其他合理方法进行调整。
(三)将相关凭证作为计算成本的根据。纳税人在经营活动中发生的成本划分为直接成本和间接成本。其中，直接成本可根据有关会计凭证、记录直接计入有关成本计算对象或劳务的经营成本中。