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单位内部审计机构是指在大中型企业、事业单位主要负责人领导下的专职审计机构，它负责对本单位的财务收支及经济效益进行审计，审计业务受上一级部门审计机构指导，向本单位负责人和上一级部门审计机构报告工作。审计业务较少的单位，可设置专职的内部审计人员，而不设置内部审计机构。
单位内部审计机构的设置，要根据企业、事业单位的组织体制、规模大小和所承担的任务而定。一般来说，各级主管部门、大中型企业和财务收支金额较大的事业单位，均应设置内部审计机构；其余单位应配备专职或兼职审计人员，在本单位主要负责人领导下，负责本单位财务收支和经济效益审计。审计业务受上一级主管部门的审计机构指导，并向本单位及上一级主管部门的审计机构报告工作。目前以企业为例，其内部审计机构有以下三种形式：
(1)设立审计委员会。在大型企业或董事会建制的企业设置审计委员会，一般由总经理、董事长或其他委托人担任审计委员会主任委员，委员由企业中层以上的有关干部和专门技术人员参加，负责对企业重大经营决策和经济活动事项进行事前审定。审计委员会下设办事机构，处理日常审计事务。
(2)单独设立审计处、科、部、组。在企业经理领导下单独设立审计部门负责企业内部审计工作，审计部门对经理负责并定期报告工作。
(3)设立审计岗位。在企业中设立审计岗位，规定岗位职责，负责内部审计工作，独立行使审计监督职权，对企业领导负责并报告工作。