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部门内部审计机构是指县级以上各级政府的各部门，根据审计业务需要而建立的在部门负责人领导下的专职审计机构，它负责对本部门及所属单位的财务收支和经济效益进行审计，审计业务受同级政府审计机关指导，向本部门负责人和同级政府审计机关报告工作。
部门内部审计机构的设置有两种形式，一种是完全由本单位设置机构和人员；另一种是在一些主管部门中，由国家审计机关派驻，受国家审计机关与本部门的双重领导。但是，不论部门内部审计机构的设置采取哪种形式，—般都有以下特点：它的审计业务要受与本部门同级的国家审计机关的领导，向本部门及其同级的国家审汁机关报告工作；它对下属单位行使与国家审计机关相同的监督职权，它根据本行业生产、技术、经营的特点，有条件组织行业性的审计活动，它对本行业的所属单位(或重点企业)的内部审计工作进行组织、指导和检查。