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农业巨灾保险基金是由各级政府参与制定的，用于防范因农业巨灾风险引起的政府或者保险公司超额赔偿风险的一种专项基金。由此看来，农业巨灾保险基金是一种特殊的巨灾风险损失准备金，不同于一般的责任准备金和赔款准备金。
农业巨灾保险基金的运作方式，一般是由政府、保险公司及行业协会三方牵头组成，其存在的目的是为应付巨大自然灾害，主要用于应对保险公司的超额赔偿责任。该基金由政府组织、保险业参与，其资金来源多元化，具有供给和需求的双重正外部性，有时会表现出有限的非竞用性和局部的非排他性。
农业巨灾保险基金属于巨灾基金的一种，具有巨灾基金所拥有的一般性特征。同时，由于农业的特殊性与脆弱性，再加上农业巨灾风险具有区域性强、关联度高的特点，农业巨灾一旦发生就会造成巨大的经济损失，上述特点导致农业巨灾风险可保性弱，保险人承保能力低。这使得农业巨灾保险基金与商业保险基金相比，更应具备损失分担主体丰富性、较强的集中性、财政支持不可或缺性等特点。[1]
江苏省于2008年成立农业保险政府巨灾准备金(简称“政府巨灾准备金”)，该准备金是各地在开展水稻、小麦、棉花、油菜、玉米(以下简称“主要种植业参保品种”)保险试点过程中，为抵御因区域性重大自然灾害引起的政府超赔风险，由各级政府通过本级财政预算安排、统筹部分政府保费收入、省级财政补助等方式建立的风险准备金。当赔偿损失额达到触发点时可动用政府巨灾准备金。如果县级政府因巨灾当年政府保费收入发生超赔甚至导致巨灾准备金不足赔付损失的，按照省辖市巨灾准备金与超赔县政府共同分担的原则，可申请使用省辖市巨灾准备金。
浙江省政府决定自2011年1月1日起建立政策性农业保险巨灾风险准备金制度。在提高种植业保险品种费率基础上，对水稻、油菜、蔬菜(瓜果)大棚、林木火灾(包括公益林)、林木综合、露地西瓜、柑橘树等7个种植业险种，按照当年种植业保费25％的比例提取资金，建立政策性农业保险巨灾风险准备金。按照不增加农户负担的原则，种植业保险品种费率调整所增加保费基本上由各级财政承担。同时该省共保体新增中央和省定种植业险种，同步纳入政策性农业保险巨灾风险准备金制度。
相对于我国对农业巨灾保险基金的总体需求来说，基金在发展速度，积累规模等方面仍不尽人意，在基金的运作过程中仍然存在很多问题。
1.我国农业巨灾保险基金试点较少。虽然我国农业巨灾保险基金的试点规模逐年扩大，但与我国每年因农业巨灾造成的损失状况相比，现有的基金规模根本无法满足有效分散农业巨灾风险的需要。
2.农业巨灾保险基金立法不健全。虽然我国出台了《保险法》、《农业法》、《防洪法》、《防震减灾法》等法律规范相关保险活动，但是政府并未颁布《农业巨灾保险法》支持政策性农业保险的发展，农业保险法始终处于空白状态。
3.农业巨灾保险基金财政支持力度不足。我国设立农业巨灾保险基金，政府应作为基金的首要发起人，发挥最主要的作用。遗憾的是，到目前为止我国只有江苏省等少数省区由财政部门出资设立农业巨灾保险基金，很多灾害多发地区亟需设立农业巨灾保险基金，但由于缺乏政府的财政支持，使得基金一直处于设想阶段。
4.农业巨灾保险基金管理机构缺位。通过对我国农业巨灾保险基金的试点状况进行分析，我国农业巨灾保险基金管理机构严重缺位。
5.农业巨灾保险基金资金来源单一。通过对我国农业巨灾保险基金各省级试点的运作情况来看，我国各试点存在资金来源单一的问题。这在很大程度上制约了该风险准备金规模的扩大，限制了其防灾防损、分散农业巨灾、及时补偿巨灾损失的能力。
6.农业巨灾保险基金保值增值渠道狭窄。我国农业巨灾保险基金的投资渠道狭窄，可投资的品种过少，目前各试点仅限于银行定期存款和国债投资，收益低微，严重制约了农业巨灾保险基金保值增值的效果。
(一)继续扩大农业巨灾保险基金的试点范围。在不缩小试点范围的前提下，尊重地方政府和农民意愿，根据各地工作基础和实践经验，做到循序渐进与试点示范相结合，加大宣传力度，充分调动各方的积极性，稳步持续推进试点工作的开展。
(二)尽快出台农业巨灾保险基金法律法规。制定农业巨灾保险基金的相关法律制度，使农业巨灾保险基金有法可依，有章可循是其设立、发展的必要程序。
(三)制定农业巨灾保险基金财政支持政策。在农业巨灾保险基金不同的发展阶段，财政税收支持范围及力度应有所调整，即支持政策应随内外部环境的变化而有所侧重。(四)建立多层次立体化农业巨灾保险基金。由于我国地域辽阔，各地区经济发展水平不同，农业巨灾风险差异较大，每次发生农业巨灾风险造成的经济损失不同，甚至相差甚远。因此可以考虑建立多层次、立体化的农业巨灾保险基金。
(五)建立农业巨灾保险基金的核心机构。从我国国情出发，农业巨灾保险基金的最高权力机构可设为会员大会，会员大会对基金的所有重大事宜有绝对的决定权，同时由会员大会选举出该基金的核心机构即基金资产管理委员会和基金资产审核委员会。
(六)建立健全农业巨灾保险基金监管体系。建立健全农业巨灾保险基金的监管体系是农业巨灾保险基金健康发展的有效保障。建立独立的基金监管机构，专门负责对农业巨灾保险基金进行全面监管。建立健全严格的信息披露制度，建立农业巨灾保险基金投资监管指标体系。