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内部控制重大缺陷是指内部控制设计或执行存在严重不足，使被审计单位管理层或员工无法在正常行使职能的过程中，及时发现和纠正错误或舞弊引起的财务报表重大错报。
内部控制五个要素中都可能存在控制缺陷。下列情况通常表明内部控制存在重大缺陷：
(1)审计人员在审计工作中发现了重大错报，而被审计单位的内部控制没有发现这些重大错报。
(2)控制环境薄弱。
(3)存在高层管理人员舞弊迹象(无论涉及金额大小)。
在了解和测试内部控制的过程中可能会发现偏差，偏差是否构成重大缺陷，取决于偏差的性质、频率和后果。在做出职业判断时，审计人员通常考虑以下因素：
(1)偏差的性质和原因是什么?
(2)偏差数量和控制执行频率的比例是多少?
(3)偏差涉及的账户、披露和认定的性质是怎样的?
(4)缺陷可能影响到哪些财务报表金额或交易事项?
(5)相关资产或负债是否容易遭受损失或产生舞弊?
(6)控制的目的是什么?
(7)该控制对数据可靠性的影响程度如何?
(8)控制的影响是否具有广泛性?(例如，该控制属于控制五个要素中的哪一项?影响力如何?)
(9)所测试的信息处理目标的重要程度有多大?
(10)控制是预防性的还是检查性的?
(11)控制设计或控制运行的文件记录是否足够?
(12)是否存在行业性的或法规要求的控制实施标准?
(13)是否存在针对同一风险或认定的补偿性的控制或程序?
(14)谁完成控制程序?
(15)偏差是否导致财务报表的重大错报?
(16)如果存在因错误或舞弊导致的重大错报，是否可能尚未得到更正?
如果识别出被审计单位未加控制或控制不当的重大错报风险，或认为被审计单位的风险评估过程存在重大缺陷，审计人员应当就此类内部控制缺陷与治理层沟通。