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内部公司制主要在日本的一些企业实行。所谓的内部公司并无法人地位，只是一些行政单位，但公司把它们当作子公司来要求和考核。内部公司被视为独立的投资中心。
内部公司制实际上是事业部制和子公司制的一种变形：“内部公司”仅具有事业部制的委托法人地位，但却具有子公司的权限和经济责任。所以，内部公司制介于事业部制和子公司制之间，是事业部制和子公司制的一种变形。
东芝从1999财年开始过渡到了内部公司制，同时提高了对各公司进行业绩评价时现金运转完成情况所占的比重。以此改善了整个公司的现金净运转，并压缩了联合有息负债规模。
内部公司制正好与全资子公司制相反：全资子公司的法律地位，是独立的法人，但却只有事业部制的权限。全资子公司的考核方式是利润中心责任制，所以全资子公司制实际上是一种事业部制。
表： 内部公司制和全资子公司制的区别表