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公司制私募基金是股份投资公司的一种形式（如某某某投资公司），公司由具有共同投资目标的股东组成，并设有最高权力机关股东大会、执行机关董事会和监督机关监事会。通过对这三大机关进行相应的权力配置和制衡，使公司尽最大努力为股东的利益服务。同时，投资者通过购买公司的基金份额，即成为该公司的股东,并享有《公司法》所规定的参与管理权、决策权、收益分配权及剩余资产的分配权等。
公司制私募基金既有利于聚集社会广大的闲散资金，进行规模化投资运作，又有利于抵抗资本市场的投资风险，从而提高资本收益的回报率。例如美国巴菲特的伯克夏·哈撒韦公司就是典型的公司制私募基金。
但公司制私募基金的主要不足是双重纳税，即公司需要缴纳各种企业所得税,而投资者须就分红缴纳个人所得税。这在一定程度上既抑制了股东的投资积极性，同时又限制了股份投资公司的规模效应。
对大型私募基金来说，如果采用一个专用账户来运作，由于风险较高，难以获得投资人的认同。这样，它们往往不得不采用公司制形式，所以运营成本相对较高。目前，这类公司型私募基金实际上面临着双重纳税的问题：既要缴纳33%的企业所得税，同时在分红时还要缴纳个人所得税，另外还得面临着作为公司要应付的年检等一大堆麻烦事情。显然，这部分私募基金的运营成本要比公募基金高出许多。
目前克服缺点的可行方法是：
(1)将公司注册为高科技企业(可享受诸多优惠，但可能需要有关政府部门的认定)，并注册于税收比较优惠的地方；
(2)联合或收购一家可以享受税收优惠的企业(最好是非上市公司，避免过多的信息披露)；
(3)与外资基金管理公司合作，人世后，外资可以逐步进入基金领域，与其合作，不仅可以享受税收优惠，还可以师其之长。但这一方面要求发起人影响比较大，另一方面，审批过程可能较复杂。