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免税合并是指被并方的资产负债在并入合并方时，依照税法的有关规定，按照原资产负债的账面成本“转让”，不产生转让所得，不计算交纳所得税。因此，该些资产负债进入合并方时，应当按照原账面成本作为计税成本。
按照《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发2000119号）文件规定，企业合并的所得税处理中，合并企业支付给被合并企业的非股权支付额不超过股权账面价值20%的，经税务部门批准，可以作为免税合并处理，即被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。 而且被合并企业以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。
应税合并是指被并方的资产负债在并入合并方时，依照税法的有关规定，比照资产负债的转让，依法计算交纳所得税。既然被并的资产负债是已税的，因此，合并方并入的资产负债（包括商誉）的计税基础应当按照上述“转让收入”的价格——一般也就是“公允价值”确定。
而非同一控制下企业合并，是将被购买方可辨认净资产公允价值纳入合并报表的，购买方认可的被购买方资产和负债均是其公允价值，而免税合并下，计税基础为其原来的账面价值，所以存在暂时性差异。而应税合并下，计税基础为其公允价值，所以不存在暂时性差异。
同一控制下企业合并也可以同样进行分析，该情况下，购买方认可的被购买方资产和负债均是其账面价值，免税合并下，计税基础为其原来的账面价值，所以不存在暂时性差异。而应税合并下，计税基础为其公允价值，所以存在暂时性差异。
被合并方可以不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并方的全部纳税事项由合并方承担，以前年度未超过法定弥补期限的亏损，可由合并方用以后年度实现的与被合并方资产相关的所得弥补。合并方接受被合并方全部资产的计税成本，须以被合并方原账面净值为基础确定。
比如，A公司兼并没有关联方关系的B公司，双方所得税率均为25%，兼并日， B公司一项固定资产账面价值为1000万元，公允价值为3000万元，那么，企业合并时，B公司需要交纳所得税500（2000×25%）万元。A公司取得该项固定资产后，按照公允价值3000万元入账，计税基础也是3000万，不产生暂时性差异。
税法规定，企业合并时，股权支付金额不低于其交易支付总额的85%的情形下，被并方免交所得税，这就是所谓的免税合并。比如，A公司为兼并B公司，支付合并对价5100万元，其中，100万元为现金，其余对价5000万元是A公司股票1000万股的公允价值， A公司股票面值为每股1元，那么：股权支付额5000万元 /交易支付总额5100万元＝98% ＞85%，该合并为免税合并。
假如A公司兼并B公司属于免税合并，那么，兼并日， 对于B公司那项账面价值为1000万元、公允价值为3000万元的固定资产，B公司无需交纳所得税。A公司取得该项固定资产后，会计上按照公允价值3000万元入账，但计税基础是在B公司的原账面价值即1000万，由此产生应纳税暂时性差异2000万元，A公司应确认递延所得税负债500万元。
其所得税处理为：
A企业支付的合并对价，全部是自身的股票，因此，该项合并为免税合并，即B企业无需对资产处置损益缴纳所得税，同时，A企业取得B企业的资产和负债，按其在B企业的原账面价值，作为计税基础，但会计上按取得的资产负债的公允价值入账：
借：固定资产 6 750
应收账款 5 250
存货 4 350
商誉 2 400（差额）
贷：其他应付款 750
应付账款 3 000
递延所得税分析:
同时，由于A企业合并取得的资产负债账面价值与计税基础不相等，因此，要确认递延所得税负债和递延所得税资产。
存货暂时性差异＝4350－3100＝1250（应纳税）
其他应付款暂时性差异＝（750－0）×（－1）＝－750（可抵扣）
递延所得税负债＝应纳税（2875＋1250）×25%＝1 031.25
递延所得税资产＝可抵扣750×25%＝187.5
借：递延所得税资产187.5
商誉 843.75（倒挤差额）
贷：递延所得税负债1031.25