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保留意见审计报告是指审计人员出具的对被审计单位会计报表的反映有所保留的审计意见的审计报告。这一般是由于某些事项的存在，使无保留意见的条件不完全具备，影响了被审计单位会计报表的合法、公允表达，因而审计人员对无保留意见加以修正，对影响事项发表保留意见，并表示对该意见负责。
由于保留意见不是对不合规事项或范围限制或不符合一贯性原则事项本身的保留，而是对这些事项可能给会计报表带来的后果的保留。因此，保留意见实质上是审计人员对被审计单位编制的会计报表的“三性”所打的折扣。
由于保留意见是审计人员认为被审计单位的经营活动和会计报表在整体上是公允的，但在个别方面存在重要错误或问题而给予的一种大部分肯定、局部否定的评价。因此，经过审计后，认为被审计单位会计报表的反映就其整体而言是公允的，但还存在着下述情况之一时，应出具表示保留意见的审计报告[1]：
1、个别重要财务会计事项的处理或个别重要会计报表项目的编制不符合《企业会计准则》和国家其他有关财务会计法规的规定,被审计单位拒绝调整。
2、因审计范围受到局部重要限制，无法按照独立审计准则的要求取得应有的审计证据。
3、个别会计处理方法不符合一贯性原则的要求。
审计人员在运用上述条件判断应出具的审计报告类型时，要注意考虑重要性对审计报告选择的影响。即审计人员在遇到可能对被审计单位会计报表产生较大影响的重要事项时，应在审计意见中予以保留；如果性质严重，应出具否定意见的审计报告。这些重要事项具体包括[1]：
1、存在未调整事项存在未调整事项是指被审计单位对于审计人员认为比较重要的审计调整事项拒绝调整。审计人员应将这些对审计意见有较大影响的内容在审计报告中明确提出，并说明其理由，同时指出这些未调整事项对被审计单位提供的会计报表可能产生的影响。
2、审计范围受到局部限制审计范围受到局部限制是指审计人员在审计过程中应实施的审计程序由于受到局部限制而无法实施，又无法实施必要的替代审计程序，而且因无法实施审计程序对被审计单位的会计报表可能产生影响。在这种情况下，我们称为审计受到“范围限制”。这种范围限制既可能是委托人或被审计单位所强加的，也可能是环境造成的。如被审计单位拒绝向审计人员提供有关的董事会和管理当局的会议记录，以及因委托时间太迟，以致于不能执行在当时情况下被认为是必要的审计程序，如未能进行年末存货盘点的观察程序等。
3、存在不符合一贯性原则的事项存在不符合一贯性原则的事项是指被审计单位的个别会计处理方法，虽符合《企业会计准则》和国家其他财务会计法规的规定，但前后期不一贯，且变更不合理,影响重大，又不披露。并且这种不一贯不是因为运用了新的会计准则或国家其他财务会计法规的规定，也没有能证明其更加合理和适当的证据。
审计人员出具保留意见的审计报告时，应于“意见段”之前另设“说明段”，以说明所持保留意见的理由，并在“意见段”中使用“除存在上述问题以外”、“除上述问题造成的影响以外”或“除上述情况待定以外”等术语。像“以……为条件”和“如前解释”这样的词语不够明确有力，因而要避免使用。
除使用保留意见的特定术语之外，其余应该使用无保留意见的审计报告的术语，表示其他事项已做了公允的反映。
1、因未调整事项而发表保留意见的审计报告
审计报告
A(股份)有限公司(全体股东)董事会：
我们接受委托，审计了贵公司20××年12月31日资产负债表及20××年度的利润表和现金流量表。这些会计报表由贵公司负责，我们的责任是对这些会计报表发表审计意见。我们的审计是根据《中国注册会计师独立审计准则》进行的。在审计过程中，我们结合贵公司的实际情况，实施了包括抽查会计记录等我们认为必要的审计程序。
经审计，我们发现贵公司20××年12月份预付的下年度财产保险费××元，全部作为当期费用处理。我们认为，按照《企业会计准则》的规定，预付的财产保险费应作为待摊费用处理，但贵公司未接受我们的意见。该事项使贵公司20××年12月31日资产负债表的流动资产减少××元，该年度利润表的净利润减少××元。
我们认为，除存在上述预付财产保险费的会计处理不符合规定外，上述会计报表符合《企业会计准则》和《××企业会计制度》的有关规定，在所有重大方面公允地反映了贵公司20××年12月31日的财务状况及20××年度经营成果和现金流量情况，会计处理方法的选用遵循了一贯性原则。
2、因审计范围受到限制而发表保留意见的审计报告
审计报告
A(股份)有限公司(全体股东)董事会：
我们接受委托，审计了贵公司20××年12月31日资产负债表及20××年度的利润表和现金流量表。这些会计报表由贵公司负责，我们的责任是对这些会计报表发表审计意见。我们的审计是根据《中国注册会计师独立审计准则》进行的。在审计过程中，我们结合贵公司的实际情况，实施了包括抽查会计记录等我们认为必要的审计程序。
在审计过程中，由于我们无法利用满意的审计程序证实期初存货数量和价值，期初存货的某些调整将影响该年度的净利润。我们认为，除存在上述期初存货价值无法证实可能造成的影响外，上述会计报表符合《企业会计准则》和《×× 企业会计制度》的有关规定，在所有重大方面公允地反映了贵公司20××年12 月31 日的财务状况及20×× 年度经营成果和现金流量情况，会计处理方法的选用遵循了一贯性原则。
3、因不符合一贯性原则的事项而发表保留意见的审计报告
审计报告
A(股份)有限公司(全体股东)董事会：
我们接受委托，审计了贵公司20××年12月31日资产负债表及20××年度的利润表和现金流量表。这些会计报表由贵公司负责，我们的责任是对这些会计报表发表审计意见。我们的审计是根据《中国注册会计师独立审计准则》进行的。在审计过程中，我们结合贵公司的实际情况，实施了包括抽查会计记录等我们认为必要的审计程序。
经审计，我们发现贵公司在该年度内原材料计价采用先进先出法，而上年度采用的是后进先出法。由于上述存货计价方法的变更,致使贵公司该年度净利润增加××万元。
我们认为，除上述存货计价方法变更造成的影响外，上述会计报表符合《企业会计准则》和《×× 企业会计制度》的有关规定，在所有重大方面公允地反映了贵公司20××年12月31日的财务状况及20××年度经营成果和现金流量情况，会计处理方法的选用遵循了一贯性原则。