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适用除外制度，又称例外制度，是指国家为了保护整个国民经济的健康发展，在反垄断法等有关法规中规定的对某些行业或企业的垄断行为不适用垄断禁止政策的法律制度。适用除外制度对反垄断法的禁止垄断制度的放宽，是反垄断法的重要组成部分，对保证国民经济的健康发展具有重要意义。
在某些特定情况下反垄断法不适用，这里的除外制度限于限制竞争的垄断行为或协议以及滥用市场支配地位的行为。除外制度的适用在反垄断法刚性的法律体系上创造了一个柔性的部分，作为法律面对多样的经济现实的缓冲带。可以说整部反垄断法的特征在于其政策性、操作的技巧性，除外制度的适用就是其中最为迷人的部分之一。
适用除外制度适用除外制度是保护本国特定行业和特定企业制度设计，反垄断法在抑制垄断的负面作用的同时，也要根据经济规律和社会的需要保障必要的垄断行为，发挥其积极作用。这也正是除外制度适用的必要性所在。
法律规范作为对千变万化的社会经济生活的反映更会经常出现例外适用的情况。适用除外制度作为反垄断法的例外规范可以比较灵活地应对垄断的动态发展变化。特别是对于作为发展中国家的中国而言，在国际经济交往中，与发达国家相比处于弱者的地位，更需要吸收国外发达国家除外制度的成功经验，最大限度的保护本国产业和企业的竞争地位。
适用除外制度作为反垄断法上的一项重要制度，是其不可或缺的组成部分。适用除外制度是保护本国特定行业和特定企业制度设计，除外适用制度在中国反垄断立法中的地位和功能应得到加强，发挥利用除外适用制度保护国内产业和相关企业的重要意义。
关于适用除外制度的功能和定位的认识问题
适用除外的功能在于排除反垄断法的适用，同时也就对相关行业和行为的保护。就反垄断法而言，随着经济全球化和市场全球化，美国越来越注重调查和制裁国际卡特尔，在1997年至1998年美国反垄断案件的一半被告是外国公司。美国之所以紧紧盯住国际卡特尔，采取内外有别的反垄断政策，其目的就是要维护美国的竞争优势。欧盟委员会认为，竞争政策在国际市场中具有双重作用，对内要保护欧盟内部大市场的公平竞争，对外则要保护欧盟企业进入外国市场。
因此，适用除外制度也就肩负起了在反垄断过程中，保护有利的垄断行为的政策性责任。“有利”的判断基础是本国的经济利益。在不违背国际法律基本义务前提下，除外适用制度为我国企业提供了难得的保护手段。这一点应该引起高度的重视。既然除外制度有此功能，就应定位于整部垄断法的高度予以考察，至少要包括垄断协议和滥用市场支配地位两部分（企业兼并也应予以申报的例外规定）。而从目前的反垄断法大纲来看，还没有对滥用市场支配地位的除外予以规定。
关于原则性规定
除外的原则性规定“其它有可能排除或者限制竞争，但有利于国民经济发展和社会公共利益的行为。"界定过于宽泛，实际操作中把握难度很大。界定太过原则，司法机关在实际裁量的时候没有可把握的具体标准。