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会计电子档案是指以磁性介质形式储存的会计核算的专业材料，是记录和反映经济业务的重要历史资料和证据。它包括电子凭证、电子账簿、电子报表、其他电子会计核算资料等。
1.会计电子档案对环境的依赖性强。会计电子档案的使用依赖于计算机的硬件和软件系统，会计电子档案的储存对周围环境要求苛刻。磁性介质对环境的要求较高，不仅要防水、防火，还要防尘、防磁，而且对温度还有一定要求，从而增加了数据的脆弱性。如果不在数据安全方面加强管理，则数据丢失和毁损的可能性较之手工会计系统大大提高。
2.会计电子档案缺乏直观可视性。传统的会计档案具有直观可视性，而存储在磁性介质上的会计电子档案必须在特定的计算机硬件和软件环境中才能可视。数字化的特征使会计电子档案缺乏视觉的直接感染力，导致会计电子档案与会计信息使用者之间缺乏人性化的和谐关系。
3.会计电子档案具有技术性。技术文档主要是指与会计电子档案的设计和使用密切相关的技术性文档，解释会计电子档案的设计和运行情况。技术文档主要分为开发性技术文档和使用性技术文档。开发性技术文档主要描述会计电子档案系统开发过程中的各种分析、设计情况。使用性技术文档主要用来指导用户对会计电子档案系统进行操作、利用。
4.会计电子档案控制的复杂性。一般来说，信息化程度越高，采用的程序化控制要求也越多。目前我国常用的程序化控制有计算机软件控制、输入数据的机内检验等。会计电子档案系统控制技术的复杂性表现在系统人工控制与各类程序化控制相结合。
5.会计电子档案管理缺乏有效的安全与保密措施。从电子数据的数据结构来看，电子数据具有数据高度集中的特点，因而非常容易泄密。传统会计实行纸质档案管理，在网络时代，新型磁性介质档案管理将取代纸质档案管理成为新的管理方式。电子数据是以数字编码的形式存储在各种磁性介质上的，而磁性介质不但体积小而且存储容量大，因此电子数据资料非常容易泄密，并且泄密的危害性大、范围广、涉及的时间长。
1.会计电子档案的整理一般采用“三统一”的原则。即分类标准统一、档案形成统一、管理要求统一，并分门别类按各卷顺序编制电子档案顺序号。电子档案顺序号应包含尽可能多的信息特征，具有规范性、通用性和合理性。此外，电子档案顺序号的容量应具有超前性，能满足未来会计电子档案业务发展的需要。
2.严密的监察。会计电子档案保管的标准操作规程应要求对操作活动进行严密的监察和检查。其包括定期地对控制台记录、作业记录和实施记录加以审查和比较。
3.应急规则。应制定适宜的计划和规程来应对程序、文件和设备遭受火灾、水灾、断电、通讯中断、盗窃等突然事故和紧急情况。典型的应急措施包括文件备份、程序备份、备份与原件分开存放等方面的要求。
4.数据文件标准控制。文件的处置规则是用来防止数据文件被误用、损毁等情况的，包括文件名、保留日期、文件重建、存放地点等方面的规则。所有的文件均应由保管员在档案室加以保管，并严格限制别人接触文件。
1.建立严格的内部控制制度。
内部控制制度是指一个企业或单位为了保护资产的安全性、会计资料的准确性和可靠性、提高经营效率以及贯彻执行其规定的管理方针而在组织内部采取的一系列制度、方法和手续。与传统内部控制相比不同的是，会计档案信息化要求内部控制的范围相应扩大，其中包括一些手工会计系统中没有的控制内容，如对系统开发过程的控制、数据编码的控制以及对调用和修改程序的控制等。会计档案信息化要求内部控制的手段更加多样化，程序化控制是其主要的控制手段。不难看出，保证资料准确、可靠是内部控制的主要目的，内部控制制度可有效地保证会计电子档案的安全和可靠。
2.建产严格的认证制度，引入加密技术。
在手工会计系统中，数据的处理和存储均分散于各个部门和人员，而会计电子档案系统的突出特点是数据的处理和存储的集中化，由此给数据安全带来一定的威胁。如未经授权的人员可以利用计算机轻而易举地浏览大部分文件和数据，从而使得机密数据被泄露。而严格的认证制度可以防止未经授权的人员进入会计电子档案系统。认证技术包括不同权限的口令认证、指纹认证、全息认证等。加密技术的引入可有效保证数据的安全性。密码学就是在破译和反破译的过程中发展起来的。加密算法就是用基于数学计算方法与一串数字(密钥)对普通的文本(信息)进行编码，产生不可理解的密文的一系列步骤。发送方在信息发送到公共网络或互联网之前将消息进行加密，接收方收到消息后对其解码(亦称为解密)，所用的程序称为解密程序，这是加密的逆过程。
3.建立授权操作制度，实行岗位专人专职制度，避免越权操作。
根据责、权、利、效相结合的原则，对不同的岗位赋予不同的权限，可设立系统主管、管理员、操作员等岗位。不同的岗位有不同的职责，在会计电子档案管理中肩负不同的责任，同时，同级岗位之间电有一定的牵制和监督作用。岗位的职责应明确，既不能出现管理的盲点，也不能出现职责的交叉和重复。采取不相容职责相分离的措施，严格岗位责任制。设置归档登记簿、档案目录登记簿、档案借阅登记簿，严防会计电子档案毁损、丢失和泄密。
4.降低会计电子档案毁损和丢失的风险。
数据大量集中地存储于磁带、磁盘、光盘、微缩胶片等磁性介质中，一旦发生火灾、水灾、盗窃这类突发事件，就可能使全部数据丢失和毁损。会计电子档案室应满足防磁、防火、防潮、防尘、防虫、避光、恒温、防变形、防磨损、防强震等要求，保证存储介质的物理性能不改变，以提高电子数据的稳定性。会计电子档案室应安装监控和报警防盗设备，配备专门的安全保卫人员。会计电子档案室应安装温度感应设备，一旦有火灾发生，可及时报警。会计电子档案室应安排在地理位置较高的楼层，应选择在干燥防水的地方，并远离易燃品堆放地，周围应配备相应的防火器材，防止水灾、火灾的发生。会计电子档案室应采用透明塑料膜作防尘罩、防尘布，遮盖所有档案架。会计电子档案室应远离磁场，防止电子数据被磁化，导致会计电子档案的丢失和毁损。会计电子档案室应经常用消毒药剂喷洒，保持清洁卫生，以防虫蛀。会计电子档案室应保持通风透光，并有适当的空间、通道和查阅的地方，以利于查阅。采用电子计算机进行会计核算的单位，应当将打印出的纸质会计档案和会计电子档案一起保存。
5.实现会计电子档案多备份管理的规范化和制度化。
会计电子档案的备份和恢复是保证会计数据安全、准确、真实的重要措施。会计电子档案管理人员应养成数据备份的习惯，同时注明备份时间和操作员的编号；会计电子档案管理人员应根据会计数据业务量的多少定期对这些档案进行检查和拷贝，以防止因磁性介质的毁损而使信息丢失。对会计电子档案应定时进行双备份或多备份，备份数据和原件数据不能存放在同一地点，应设立两个会计电子档案保管室，并且分别设在不同的存放地点。实现会计电子档案多备份管理的规范化和制度化，设立信息备份员，专门负责会计电子档塞的备份工作。同时，由专人进行检查和监督，以保证会计电子档案的绝对安全。所有备份的会计档案数据最好用质地优良的光盘刻录，以保证数据的安全。年终要将当年形成的所有会计电子档案信息整理归类，并标明日期、内容目录、备份人姓名等内容，用于存档的光盘还需系统管理员和财务负责人签名。对系统日志文件要特别重视。系统日志文件是指系统以文本的形式将每天的财务系统操作人员和操作时间记录下来所形成的文件。它一方面可以用来考核各会计人员的工作业绩，另一方面一旦出现系统故障，能够及时查明故障原因，追查操作人员的责任。
6.将会计电子档案的格式随技术的发展不断升级，使不同时期的会计电子档案具有兼容性。
会计电子档案存放的格式应具有通用性、易识别性，随着文档技术的不断升级，作为会计电子档案应保证不同时期数据的兼容性和数据处理的方便性。由于当前软件技术的局限性，由低版本操作系统生成的会计信息在新系统中不能正常运行，如不能及时将备份数据归档和保留形成会计文件数据的背景信息，势必导致旧系统中形成的文件在新系统中不能被解读，将造成大量数据资源的浪费和信息管理活动的盲区，带采巨大的损失。
7.定期对会计电子档案进行检测，及时做好数据维护工作。
要采用等距抽样或随机抽样的方式定期对会计电子档案进行检测。检测的主要内容为：
①进行外观检查，确定存储介质表面是否有损坏或变形，外表涂层是否清洁以及有无霉斑出现等。
②进行逻辑检测，采用专用检测软件对会计电子档案进行读写校验。对于在检测中发现有差错的存储介质，要及时进行修正或更新。
③要健全检测、维护的审批、登记管理工作，进行检测、维护要经过审批，审批、检测、维护等资料要归档保留，严禁随意进行数据恢复和拷贝。
8.提高会计电子档案保管人员的素质。
保管人员的素质在会计电子档案保管中起核心和关键作用，具体表现为保管人员的素质要满足会计电子档案保管工作的要求。保管人员应掌握会计学、档案学、管理学和信息系统的基本理论、基本方法和基本技能，还应了解计算机通讯技术、网络技术、软件工程、软件设计技术等。在会计电子档案系统中，不仅对保管人员的专业知识、基本技能有了新的要求，而且在道德标准、工作态度上也有了更高的要求。因此，为了提高保管人员的素质，必须在保管人员招聘、选拔、提升等环节建立起严格长效的控制制度。对现有的会计档案保管人员可与会计信息系统开发、维护和使用人员进行岗位交叉培训，在当前高等教育专业设置过于狭窄、毕业生知识单一的情况下，这无疑是快速培养复合型会计电子档案保管人才的有效途径。在聘用环节，要进行必要的考试以确定其知识、技能状况；要进行有效的履历审查以确定其在道德品质上是否存在不良记录和诚信水平。在保管人员的使用中，要进行严格和定期的工作成果考核，要建立相应的激励和约束管理机制，要明确岗位晋升的条件并为保管人员提供继续教育的机会。
1.会计档案载体：电算化会计虽已实施，但因为实施时间不长，财会人员和单位领导对会计电算档案的组成内容不甚了解，缺乏管理会计档案的经验，很多单位只是将打印出的纸质档案存档，而没有将存储在计算机中的会计信息备份在磁性介质上归档保存，未选择质量优良的磁盘介质进行会计档案数据备份，未实行备用盘与存储盘分离存放，导致电子数据因此损坏或丢失。没有建立专门的电算化会计档案保护制度；从而影响会计档案的完整性。
2.缺乏必要的计算机维护、网络安全人才：电算化下的档案管理涉及到软件、系统安全、维护等一系列专业的问题，但目前一般单位都仅仅对以前的会计人员进行一定的培训，然后就去操作系统，在一定层面上而言，会计人员仅学会了操作，而管理与维护对他们而言就非常陌生，由此导致的结果与损失也非同小可。
3.对会计电算化本身理解的偏差多数企业的会计人员，仅仅将电算化看成自动运算做帐的工具，而忽视了它本身所应包含的管理会计分析、预测、决策等功能，从而心理上缺乏对会计电算化档案管理的重视。档案管理工作尚未引起有关领导的重视，对归档工作重视不够，档案部门缺乏必要的措施及相应的业务指导，妨碍了电子文件、数据的归档。
4.会计档案管理制度不完善：由于电算化会计档案更易在不知觉的情况下被修改，因此在没有及时修订单位的会计档案管理制度，没有制定相应的会计电算档案保管人员职责情况下，会计档案的人为破坏和自然损坏现象在所难免。同时由于没有完善的、针对电子文件的制度规范，电算化会计档案的归档工作处于无序状态。归档时仍旧沿袭手工管理时的老做法，只归档纸质文件，而且是将原来用手工记录的账簿、报表，改成了用计算机打印出来的账簿、报表。