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乡镇企业管理费是指乡镇企业管理部门向乡镇企业按其销售收入(经营收入、劳务收入等，以下同)总额的一定比例所收取的管理费。
提取的管理费要本着节约使用的原则，主要用于：补助乡镇企业管理部门；末列入行政编制人员的经费开支，补助乡镇企业人员培训、技术推广，新产品试制失败损失，必要的检测仪器购置和有关费用，展览及样品费用的不足等。年终结余的管理费，应按规定交纳所得税。
管理费应按乡镇企业的销售收入总额，以不超过1%的比例提取，在销售收入中列支。随着经济的发展和销售收入的增加，应逐年降低提取比例。管理费实行按季交纳，年终结算。提取的管理费，采取逐级分成的办法，上交到各级乡镇企业主管部门。提取的范围、比例和分成办法，由各省、自治区、直辖市乡镇企业管理部门和财政、物价管理部门制定。
国家计划委员会、财政部
关于农业系统涉及农民负担收费项目修改意见的通知
一九九四年四月五日 计价格［1994］400号
关于乡镇企业管理费。取消从地方集中上交农业部1%的乡镇企业管理费，并对原国家物价局、财政［1992］价费字452号文件附件十七（《乡镇企业管理费管理办法》）作相应修改。
1．删去第一条中《中华人民共和国乡村集体所有制企业条例》之后“和《乡镇企业财务制度》”的字样。
2．第三条改为：“乡镇企业按销售收入（包括经营收入、劳务收入）的总额，以不超过0.5%的比例提取、缴纳管理费，在销售收入中列支。个别经济不发达地区经省级财政、物价部门批准，可适当提高提取比例，但不能超过0.7%。具体提取比例，由各省、自治区、直辖市财政、物价、乡镇企业主管部门根据乡镇企业发展情况和企业承受能力以及管理部门人均管理费水平严格掌握，尽量减轻企业负担。随着乡镇企业销售收入的增长，要逐步降低提取比例。”
3．第五条第一款改为：“乡镇企业与其他所有制企业、事业等单位共同投资，联合经营的，且乡镇企业投资所占比例在51%以上（含51%）的，按乡镇企业投资比例提取管理费，上缴给乡镇企业行政主管部门；乡镇企业投资比例在49%以下的，不提取、缴纳乡镇企业管理费。上交管理费的计算公式为：应缴管理费=联营企业销售收入×乡镇企业占联营企业投资比例×提取管理费的比例。”
4．增加第十条，规定为：“经过乡镇企业行政主管部门内部审计，确属亏损的企业，经主管部门批准，可免缴乡镇企业管理费。”
5．原第十条顺延为第十一条，内容修改为：“乡镇企业管理费纳入财政预算管理，实行收支两条线，支出由财政部门根据其原有经费拨款数额、收费收入缴库情况及其开支状况等，核定预算予以核拨。”
6．原第十一条和第十二条依次顺延为第十二条和第十三条。