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主题树方式亦称主题树组织方式，是将信息资源按照某种事先确定的概念体系结构，分门别类地逐层加以组织，用户通过浏览的方式逐层加以选择，层层遍历，直至找到所需要的信息线索(即相关站点链接)，并通过信息线索直接找到相应的网络信息资源。
这种组织方式的优点在于：①简单易用，屏蔽了网络信息资源系统(包括网络连接技术和信息资源获取技术)对于用户的复杂性，提供了一种基于树型浏览方式、简单易用的网络信息检索和利用界面。②信息检索按照一定的范畴分类体系，逐次查看，按图索骥，因而对于用户而言，目的性强，查准率高。③采用树型目录结构组织信息资源，具有良好的可扩充性和严密的系统性。
其缺陷在于：①必须事先建立一套完整的范畴体系。但是这套体系结构很难包括所有的网络信息资源，用户为了准确迅速地获取信息，必须对相应的范畴体系有一个较全面的了解，这也人为地增加了用户的智力负担。②要保证主题树的结构清晰性和资源可用性，主题范畴体系的结构不能过于复杂，每一类目下的信息索引条目也不宜过多，这就降低了其所能容纳的网络信息资源的数量。因而，这种组织方式不宜于建立综合性的大型网络信息资源系统，但是适于建立专业性的或示范性的网络信息资源体系。一些比较著名的网络检索工具如Gopher、Yahoo!、Infoseek等，都是用这种方式组织信息资源的。
鉴于主题树组织方式的优缺点，该方式适合组建专业性或示范性的网络信息资源体系，如专题导航等。并不适合用来建立大型的、综合性的网络信息系统。