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个体工商户两证整合登记制度是指将个体工商户登记时依次申请，分别由工商行政管理部门（市场监督管理部门）核发营业执照、税务部门核发税务登记证，改为一次申请、由工商行政管理部门（市场监督管理部门）核发一个营业执照。
2015年10月1日，企业、农民专业合作社实行了营业执照、税务登记证和组织机构代码证的“三证合一”。“三证合一”的实行，进一步优化了企业的市场准入流程，减少了重复性审查，推动了相关部门工作整合和信息共享，降低了设立企业的制度性成本，激发了市场活力，有力地推动了大众创业、万众创新。
按照我国《民法通则》的规定，个体工商户属于自然人范畴，不是组织机构。在制度上，个体工商户只有工商部门颁发的营业执照和税务部门颁发的税务登记证这两证，而没有组织机构代码证（有些地方的组织机构代码证书颁发部门曾向少部分个体工商户颁发了组织机构代码证书），因此，在去年实施“三证合一”的改革中，没有包括个体工商户。在企业实行“三证合一”以后，个体工商户依然要到工商、税务两家分别办理登记手续的问题逐渐凸显，简化个体工商户登记的呼声开始出现。
工商总局、税务总局按照“保留必需、合并同类、优化简化”的原则，整合优化了满足两部门工作要求的登记文书规范和业务流程，确定了两部门信息共享技术方案，完成了个体工商户“两证整合”的相关制度制定工作。2016年8月底，工商总局、税务总局、国家发展改革委、国务院法制办四部门制定发布了《关于实施个体工商户营业执照和税务登记证“两证整合”的意见》
通过个体工商户“两证整合”，公民只需填写“一张表”，向“一个窗口”提交“一套材料”即可办理个体工商户工商及税务登记的登记制度。“两证整合”是“三证合一”登记制度改革向个体工商户的延伸，是商事制度改革的又一新举措。实现工商、税务部门的个体工商户数据信息实时共享。通过“两证整合”实现一照一码，信息共享，业务协同，进一步提高个体工商户创业经营的便利化程度。
全面推行“两证整合”登记制度改革，有利于建立程序更为便利、内容更为完善、流程更为优化、资源更为集约的市场准入新模式，简化个体工商户登记注册程序，便利公民从事个体经营，促进个体私营经济健康发展，有力推动大众创业、万众创新。加快推进这一改革，能够有效推动工商、税务等部门实现信息共享，提升公共服务和行政管理效能，对于推进简政放权、建设服务型政府，提高国家治理体系和治理能力现代化水平，具有十分重要的意义。