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专项稽核是指按照稽核程序，监督检查自身及其分支机构的业务经营活动、财务活动或经营管理的某一方面、某一层次、某一项目、某一问题的专项监督检查方式的统称。
①中央银行宏观调控机制运转中的障碍性问题，如当出现信贷规模或现金投放失控时，可对此进行专项稽核。
②当中央银行的货币信贷政策不能及时、正确贯彻执行，以及出现了损害全局利益的行为。
③被稽核单位在业务、财务、效益方面，运转中出现故障或越轨运转行为，如经营行(社、公司)超负荷经营不能保证存款支付时，严重影响该行业务活动的正常运转，以及违反金融政策和贷款规定，将流动资金贷款用于固定资产项目的越轨运转行为。
④经营行(社、公司)出现“连锁性”问题。如不能及时清算行际汇差、占压他行资金、积压票据、利用业务交叉名义不择手段乱拉存款、不讲原则乱放贷款等。
⑤特殊内容的稽核。如库房被盗、出纳大额短款、立案前的贪污、盗窃事件等，均可作内部专项稽核的内容。
⑥行长或总稽核交办的其他事项。
专项稽核方式具有适应性、针对性强和纠正、处理问题快的特点，具有稽核内容比较单一、占用时间比较少，稽核成本化较低的优点。现阶段主要采用这种稽核方式。其缺点或不足之处，主要是由于稽核内容的局限性，不能全面综合考评被稽核单位的工作质量和经营效果。
①及时揭露和制止被稽核单位违反金融宏观控制的行为，促进金融宏观调控目标的实现。
②及时揭露和制止被稽核单位违背国家货币信贷政策和损害全局利益的行为，保证货币信贷政策正确、有效实施，维护国家和整体的利益。
③及时揭露和纠正被稽核单位业务经营运转中的故障和越轨运转行为，消除隐患，促进被稽核单位健康经营。
④中央银行通过开展大面积的统一内容的专项稽核，既可完善宏观决策反馈信息，又能纠正金融机构中存在的倾向性、连锁性的问题，维护金融秩序，促进金融事业的健康发展。
⑤迅速、及时、准确地完成行长和总稽核交办的事项，成为行长领导、管理、决策的补充手段。
⑥是开展特定内容稽核的唯一方式，也是开展大面积的统一稽核内容的同步稽核和管理行对稽核项目规范管理的重要形式。
专项稽核方式主要适用于中国人民银行二级分行、县支行和专业银行中心支行，县支行对金融企业或对其自身业务职能部门在业务经营活动中存在的倾向性问题进行定期和不定期的监督检查；也适用于中央银行总行、一级分行开展同步稽核和实行稽核项目规范管理。