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不动产瑕疵登记责任是指不动产登记机构因其自身或工作人员的过错，发生瑕疵登记行为，导致权利人利益受损而应当承担的民事赔偿责任。
其基本涵义包括以下几个方面：
第一，不动产瑕疵登记责任主体是不动产登记机构。虽然不动产瑕疵登记责任是由登记机构工作人员的过错引起的，但是其行使的是登记机构赋予的职务职权，因此工作人员的过错就相当于不动产登记机构自身的过错，其责任应由不动产登记机构来承担，当然不动产登记机构承担责任后可以向有过错的工作人员追偿，但是不动产瑕疵登记责任的主体仍是不动产登记机构。
第二，不动产瑕疵登记责任是一种过错责任。不动产登记机构或其工作人员必须存在过错，如果没有过错就不会产生不动产瑕疵登记责任。必须发生了瑕疵登记行为，而且因为这种瑕疵登记导致了权利人利益受损，如果没有发生瑕疵登记行为或者没有权利人利益的现实损失，则不动产瑕疵登记责任也不存在。
第三，不动产瑕疵登记责任属民事责任。不能因为承担责任的主体是具有行政性质的机构就将此种责任定性为国家赔偿责任，因为登记行为在本质上属于私法性质行为，所以此种责任在本质上是一种民事赔偿责任。
一般而言，不动产瑕疵登记责任可分为以下两种：
一是登记申请人与第三人等普通民事主体之间的责任。这种责任无疑属于普通的民事侵权责任，适用《侵权责任法》等相关法律来加以规范，故本文对此种情形不作探讨；
二是登记申请人等主体与不动产登记机构之间的责任。
一、民事责任说
民事赔偿学说认为，登记机构承担的责任是一种民事责任，而非行政责任。登记行为是一种执行公务行为，因而因登记错误而给当事人造成损害的，登记机构应当向当事人承担民事赔偿责任。这也符合我国《民法通则》第一百二十一条的规定：“国家机构或者国家机构工作人员在执行职务中，侵犯公民、法人的合法权益造成损害的，应当承担民事责任。"此外，虽然登记机构行使职权进行登记是一种公法上的行为，但违法行使职权损害当事人的合法利益显然不是公法行为的目的。因此，瑕疵登记的赔偿责任在本质上应属于平等主体之间的民事赔偿责任。虽然行政机构为不动产登记的一方主体，但是不动产物权登记属于民事权利变动行为，本质上是一种私法行为，基于这种私法行为产生的赔偿责任，理应定位为民事责任。
此外，该学说同时认为国家赔偿责任在本质上仍是一种民事赔偿责任，只不过因侵权主体的特殊性而在法律中单独予以规定而已。且将不动产机构的瑕疵登记责任定位为一般的民事侵权责任，较之国家赔偿责任在诉讼程序、赔偿范围方面更有利于保障当事人的合法权益。所以，宜将不动产登记机构瑕疵登记责任定性为民事赔偿责任。
二、国家赔偿责任说
国家赔偿责任说认为，由于我国办理不动产登记事务的机构属于行政机构或经行政机构授权的事业单位，其以国家公信力为当事人提供不动产交易的安全保障。也就是说，把登记机构确定为国家机构，登记机构因登记错误应承担的责任就应该是国家赔偿责任。此外，梁慧星教授主持起草的《中国民法典草案学者建议稿——物权编》第250条明确规定：“因登记机构的过错，致不动产登记发生错误，且因该错误登记致当事人或者利害关系人遭受损害的，登记机构应依照国家赔偿法的相应规定承担赔偿责任。”还有学者从不动产登记的功能上进行了论证。认为不动产登记的作用是为了确保正确的不动产权利，建构正当的不动产交易秩序，此种功能明显属于公共利益的范畴。而且不动产登记也间接的为国家进行宏观调控、征收赋税等行政管理活动提供保障，这些都证明不动产登记行为是公法性质的行为，不动产登记机构瑕疵登记赔偿责任当然也应界定为国家赔偿责任。
三、责任性质不明说
该种主张认为不动产登记机构的性质还存在争议，有待于进一步明确，目前不宜规定登记机构的国家赔偿责任。
1、侵害行为
不动产瑕疵登记责任中的侵害行为是指不动产登记机构违反法定登记义务导致当事人利益受损的行为。在科技日新月异的现代社会，尽管各种新型侵害行为层出不穷，但我们仍可以对出现频率较高的侵害行为进行列举性规定。笔者认为，至少可以对以下几种侵害行为进行列举性规定：
第一，登记错误。登记错误是引发登记机构赔偿责任的最主要侵害行为，其包括的类型也很多。其中最主要包括：一是错误地进行本权利登记；二是进行错误的他项权利登记；三是登记内容与不动产的实际内容不符；四是遗漏登记。
第二，违背登记程序的行为。包括对于权利人正当的登记申请不予受理；拒绝正当登记要求；违背登记程序中的时间，包括无正当理由拖延登记、违反公告期限；违反告知义务等。
第三，与他人恶意串通进行不实登记。
第四，无故拒绝有关当事人的正当查询登记请求。
第五，重复登记。
第六，拒绝正当的更正登记要求的。
第七，办理了异议登记后，登记权利人将其不动产转让给他人，登记机构仍然为其办理过户手续。
第八，遗失登记材料致人损害。
2、损害事实
无损害即无责任，损害事实的存在是构成侵权行为的必要条件。损害具有广义、狭义两种解释。广义上的损害是指侵害行为造成的不利益状态，包括了对各种权利和利益所造成的侵害后果，包括财产损失、精神损害等。狭义的损害则是专指财产上的损害。笔者认为，在不动产瑕疵登记责任中的损害应为狭义上的损害，即仅指财产损害。在民法上，财产损害包括积极的损害和消极的损害。积极损害是指现有财产的直接减少，消极损害是指本来应该获得的利益未能获得，如各种机会损失等。在不动产瑕疵登记赔偿责任中登记机构对其所造成的积极损害必须进行赔偿，这是毋庸置疑的。而对于消极损害应否赔偿，则还存在很大争议。笔者认为，在很多情况下难以确定消极损害中的机会利益损失与侵权行为之间的因果关系，而且，机会利益损失到底有多大也难以证明。因此，笔者认为除非不动产瑕疵登记受害人能够举出明确的证据证明该机会具有极大的确定性，不赔偿其机会损失对其十分不公平外，‘对于不动产瑕疵登记责任中的机会利益损失原则上不予以赔偿。
3、过错
过错的判断标准在理论上有主观标准说和客观标准说两种。主观标准说将行为人的主观认识能力作为其有无过错的判断标准，其核心在于判断行为人能否预见其行为的后果；客观标准说以社会要求的客观行为准则作为其有无过错的判断标准，其核心在于行为人的行为是否符合客观行为准则。不动产登记机构瑕疵登记的过错是一种公务过错，应以客观标准加以判断。即如果登记机构工作人员的行为符合法律和职务要求的行为准则或注意义务标准则无过错，违反该准则则判断其有过错。例如，登记机构工作人员未严格遵守程序性规定导致登记错误，即使是因为工作人员个人能力有限，如刚参加工作、缺乏经验等，也应认定登记机构存在过错。与此相反，如果登记机构工作人员尽到了法律规定的所有审查义务，仍然出现错误登记，也不应认定登记机构存在过错。
4、因果关系
侵权责任中的因果关系是指行为与损害事实之间的前因后果的关系。因果关系起着确定责任归属和控制责任范围的重要作用。因果关系可分为单一的因果关系，一因多果和多因一果的因果关系。不动产登记中亦存在单一的因果关系和多因一果的因果关系。具体而言，有以下两种情况：
其一，损害后果仅与不动产登记机构的行为相关；
其二，损害后果不仅与不动产登记机构的行为相关，还与申请人行为或者其他因素相关。
对上述因果关系的认定又可分为两步：第一步为事实因果关系的认定，第二步为法律上因果关系的认定。对于事实因果关系的认定，适用必要条件规则和实质要件规则。具体而言，是指在损害仅与不动产登记机构的行为相关时，如果不动产登记机构的行为是引起损害发生的必要充分条件，则认为不动产登记机构的行为与损害存在因果关系。而在损害与不动产登记机构及申请人或其它因素相关时，如果不动产登记机构的行为是损害发生的必要条件或者其行为足以引起损害的发生，则认为其行为与损害存在因果关系。
在法律因果关系的认定方面，存在必然因果关系说与相当因果关系说。必然因果关系说认为，只有行为与损害结果之间存在本质的、必然的联系时，才具有法律上的因果关系。相当因果关系说认为，如在通常情形下，依社会一般的观念判断有发生损害结果的可能性时，才能认为有因果关系。必然因果关系强调事实的真相，但在现今人的认识能力有限的情况下，诉讼时要还原百分之百的事实真相基本是不可能的，从举证角度来说也是难以实现的。因此，如坚持必然因果关系的标准，必然会导致赔偿责任的不当缩小，其结果是导致权利人的财产损害得不到赔偿。因此，笔者认为相当因果关系的认定标准符合客观要求，有利于弥补受害人的损失。当依社会的一般观念认为不动产登记机构的行为会引起损害结果的发生时，就认为因果关系成立，不动产登记机构应当承担相应的赔偿责任，这样也具有可操作性。