1912—1949年的中华民国，历史上简称民国，可分为南京临时政府、北洋军阀政府和南京国民政府三个时期。
五色旗
1912年,中华民国临时政府在南京成立，孙中山就任临时大总统。1月10日,临时参议院议决,以五色旗为国旗,取红、黄、蓝、白、黑五色，表示汉、满、蒙、回、藏五族共和之意。临时参议院还议决，以武昌起义时所用十八星旗（寓意当时的十八行省)为陆军旗，惠州起义至广州三.·二九之役所用青天白日旗为海军旗，5月再次讨论议定。1912年6月，袁世凯正式公布议决案，自此五色旗便成为中华民国的国旗。
武昌起义十八星旗
可是后来，当孙中山先生于1920年发起第二次护法运动，当选为非常大总统后,正式公布的国旗图案却是青天白日满地红旗。那么，为什么孙中山先生不再以五色旗为当时的国旗呢?
原来，孙中山先生一直就不赞同以五色旗为中华民国国旗。早在1905年冬，同盟会本部在东京讨论未来国家的国旗时，他就力主用为共和革命而牺牲之第一人陆皓东所设计的青天白日旗。1912年1月，他在参议院上呈的咨请总统颁行的国旗案"上明确批示，指出五色旗之历史、取义皆不确当，请暂勿颁定施行，以俟民选国会成立后讨论。所以,直到袁世凯就任大总统后，五色旗才得以正式成为中华民国国旗。
那么，孙中山先生认为五色旗之历史、取义皆不确当之意何在呢?他认为按清朝旧制，五色旗为其海军一、二品大员之旗，今已推翻清朝封建王朝，废黜代表其统治象征的黄龙旗，而却用它的官旗未免失体。以五种颜色表示五大民族，其分配代色取义不确当，如以黄色代表满族就很不妥。中华民国既倡言五族平等，岂容旗上五色上下排列,仍行等级之分。因此，五色旗理应取消。青天白日旗为兴中会会员陆皓东设计。旗作蓝色以示青天,旗中置一射出叉光的白日图案。1895年，兴中会为发动广州起义曾议决以此旗取代清政府的黄龙旗，因起义遭清政府破坏，旗帜未能使用。1900年，惠州起义首次使用。当时旗上所列叉光，多寡不一。后经孙中山解释，称又光代表干支之数，应排作十二，代十二时辰，自此成为定制。1914年孙中山组织中华革命党后将此旗作为党旗。以后，中国国民党以青天白日旗作为党旗沿用至今。
中国国民党党旗
1905年，中国同盟会成立，孙中山提议以青天白日旗为以后成立的中华民国国旗,并增加红色于上，改作红、蓝，白三色，以示自由、平等、博爱之意，但未被通过。但此后同盟会发动的多次起义,均用孙中山提议的青天白日满地红旗为标帜。
青天白日满地红旗
第二次护法运动期间，孙中山先生正式公布国旗图案为青天白日满地红旗。但这时,北洋军阀统治的地区仍悬挂五色旗。1927年,蒋介石发动四.一二反革命政变,建立南京国民政府，改悬青天白日满地红旗为国旗。1928年，张学良东北易帜,表示遵守三民主义，服从国民政府，改旗易帜"，降下五色旗，升起青天白日满地红旗，标志者南京政府在形式上完成了对全国的统一。
