旗舰店、专卖店有3点不同：
1、意义不同：
（1）旗舰店的意义：旗舰店是企业顺应商业发展需要和参与市场竞争的必然产物，是品牌竞争的有力手段，对企业本身有重大意义，对行业发展也能起到示范的作用。
（2）专卖店的意义：专卖店能有效贯彻和执行公司文化及活动方针，有效提高集团的执行力，突破现代企业所普遍面临的管理瓶颈；销售、服务一体化，可创造稳定的忠诚的公司顾客消费群体。
2、性质不同：
（1）旗舰店的性质：某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店。
（2）专卖店的性质：专门经营或授权经营某一主要品牌商品为主的零售业形态。
3、设立注意事项不同：
（1）旗舰店的设立注意事项：旗舰店选址要考虑商圈，即要注意商圈及周边的人口密度。实例显示要考虑核心商圈自周边一公里范围内居住的人口数量及购买水平并辐射到3~5公里范围内居住的人口数量及购买水平。旗舰店是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店，或拥有最快上市速度等特点为一体的专门店或专营店。
（2）专卖店的设立注意事项：专卖店一般选址于繁华商业区、商店街或百货店、购物中心内；营业面积根据经营商品的特点而定。
注：旗舰店一般是指一个品牌的在一定范围内最大、品类最齐全的店面；专卖店一般就是指专门代理一个品牌或者代理一个品类的店面，营业面积根据经营商品的特点而定。
