对于超施工合同工期扣违约金的扣除，合同可以约定一次性支付违约金或按违约天数按天支付，法律规定违约金是不得高于实际损失的30%，过分高或过分低都可以调整。
建设工程承包人应当在合同签约阶段、履约阶段、诉讼维权阶段，采取下列方法与措施防范和化解风险。
1、合同签约时避免出现关于逾期竣工违约金过高金额约定条款。
在合同中约定逾期竣工违约责任条款是正常的。但是为了依法保护承包人的合法权益，避免承包人承担巨额逾期竣工违约金的严重后果，应当尽量降低逾期竣工违约金的标准。本案中按工程总价的千分之一承担工期违约金，就属于较高的约定。
2、签约时对逾期竣工违约金写明封顶条款。
承包人可以从要求写明违约金最高总金额条款，从而化解自身风险。例如，写上“承包人承担的逾期竣工违约金总额以不超过本工程总造价的百分之五为限”。
3、合同履行中承包人一定要很抓工期管理，确保工程按约竣工。
承包人只有通过提高企业的管理水平和管理能力，确保工程按照合同约定工期，按时竣工，才能从根本上避免自己出现违约的可能。从而避免承担此项违约金的风险发生。
4、承包人要及时全面地收集固定与工期相关的所有证据。
只要工程实际竣工时间超过合同中的约定，从举证责任的分配上，承包人就要承担举证责任，举证证明工程逾期竣工的原因不是承包人自身的原因引发的，而是发包方的违约行为所引起的，或由于不可抗力或不可归责于双方的原因引起的，否则承包人要承担违约金。
5、在合同履行过程中，承包人要依法及时行使合同抗辩权。
在合同履行过程中，在出现了因为甲方原因和客观不可预见情况后，承包人要及时向发包人书面提出有关顺延工期的要求，行使合同抗辩权。例如，发包方未按时支付工程进度款，承包人要及时向发包人书面提出，由于发包人不按时支付工程进度款，不仅要求其在合理期间内支付，同时要求延长工期等。
6、在诉讼仲裁过程中，承包人要主张变更减少违约金标准。
《最高人民法院关于适用〈民法典〉合同编若干问题的解释(二)》
第二十七条 当事人通过反诉或者抗辩的方式，请求人民法院依照《民法典》的规定调整违约金的，人民法院应予支持。
第二十八条当事人依照《民法典》的规定，请求人民法院增加违约金的，增加后的违约金数额以不超过实际损失额为限。增加违约金以后，当事人又请求对方赔偿损失的，人民法院不予支持。
第二十九条当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。
当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为《民法典》规定的“过分高于造成的损失”。
施工合同涉及的是双方当事人的利益，我们在签订施工合同的时候，一定要注意合同条款的书写，尤其是违约金的约定，要了解并注意相关的法律规定，必要的时候可以拿起法律的武器保护自己的合法权益。
