在体制内，副职和专职有联系也有区别。
先解释概念。
副职，广义是指地方党委政府包括各部门各单位除了主要领导以外的班子成员，比如地方的副书记、其他常委班子成员；政府副市长、党组成员；局办的副局长、副主任、党组成员等，这些都是主要领导的工作助手，按惯例都可以视之为副职。侠义的副职是指党政机关担任实质性领导职务的班子成员，比如党委序列的书记与副书记，副书记就是副职；政府序列的县长和副县长，副县长即为副职；部门的主任和副主任，副主任为副职，局长和副局长，副局长为副职，而同为班子成员的党组成员、助理，一般不作为副职对待。
专职，主要指两类，一类是多个领导中被明确为专门负责某项工作的副职，比如地方党委，现在基本上是“一正两副”格局，两个副书记其中一个由政府主官兼任，基本上不负责党委口的工作，此类工作由另外一个副书记协助书记开展，这个副书记就是所谓的专职副书记；另外一类是部分专责机构和议事协调机构，主要负责人由上级领导兼任，为了便于开展工作，很多时候也会设置专职副职，全权代表主要负责人抓日常事务，性质有点类似于常务副职，比如红十字会的专职副会长、部分议事协调机构的专职副主任等等，都属于专职序列。
从上述概念可以看出，专职几乎都是副职，而不是正职，因此在包含关系上，副职肯定包括专职。这是副职与专职的基本联系。但是，相对于副职，专职又有几个明显区别于副职的特性：
第一，专职的分量一般大于普通副职。比如党委序列的专职副书记，虽然他和其他常委领导都是书记的助手，都在副职序列，但副书记的重要性明显要大于普通副职。这点从专职副书记的政治排名仅在书记和政府主官之后位列第三就可以看出。
第二，专职的权力往往大于普通副职。很多部门、议事协调机构或常设机构的主要负责人由上级领导兼任，按惯例都会设专职副职，这个专职副职代表主要负责人行使权力，管理单位的日常事务，某种程度其实等同于单位的正职，其拥有的权力和地位不是其他副职所能比拟的。
第三，专职的上升空间要大于普通副职。如前所述很多专职副职作为单位的日常事务管理人，实际上等同于单位的一把手，因此在级别上往往高配，下一步有工作需要可以直接调任同等岗位的正职，或者进一步使用到地方任职，成为一方大员。而即便不是高配级别的专职副职，比如党委副书记，因为权力和地位突出，往往也是顺位主要领导的不二人选。综合各方面来看，专职副职比普通副职晋升的机会和渠道都要大的多。
