损害赔偿是医疗纠纷案件的核心问题。 由于三种不同案由提起的医疗诉讼，法院审理适用法律不同，因此赔偿项目、计算方法和赔偿数额存在差异。
《合同法》第107条规定“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任”，第122条规定“因当事人一方的违约行为，侵害对方人身、财产权益的，受损害方有权选择依照本法要求其承担违约责任或者依照其他法律要求其承担侵权责任”。虽然法律规定受害人有两种救济途径可以选择，但有时追究侵权人违约责任要比追究其侵权责任困难的多。
《医疗事故处理条例》第50条规定医疗事故赔偿项目包括医疗费、误工费、住院伙食补助费、陪护费、残疾生活补助费、残疾用具费、丧葬费、被扶养人生活费、交通费、住宿费和精神损害抚慰金共11项，并明确了计算标准。
最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》规定的赔偿项目有医疗费、误工费、住院伙食补助费、护理费、残疾生赔偿金、残疾辅助器具费、丧葬费、被扶养人生活费、交通费、住宿费、死亡赔偿金和精神损害抚慰金等12项。
在确定医疗纠纷民事案件的损害赔偿标准时，法官的自由裁量权比较大。目前比较通行的观点是：医疗事故赔偿纠纷应当参照《医疗事故处理条例》；如参照《条例》处理患者所受损失无法得到基本补偿的，可以适用《民法通则》及相关司法解释的规定适当提高赔偿数额。而对于一般医疗损害纠纷的赔偿标准，应当适用《民法通则》及相关司法解释的规定。
总而言之，医疗纠纷的法律问题很庞杂，有些问题已经演变成突出的社会矛盾，确有深入探讨之必要。笔者认为，医疗服务是人类社会生活的重要组成部分，社会发展和进步有赖于医疗服务的存在和发展，所以我们一方面应该建立医疗质量管理体系，预防医疗纠纷的发生，另一方要通过总结司法实践经验和完善统一相关法律法规，保证医疗纠纷的处理高效及时。
