我先简单交代下之前的故事背景，影片主要讲述了人类发明的人工智能AI在不断进化的过程中产生自我意识从而叛变，救世主尼欧承担了将人类解救与虚拟之中的故事。
首先，我我们需要了解几点，首先何为“母体”？从电影中我们得知，这是由人工智能所创造的虚拟空间，它将人类的意识存放在虚拟空间，为机器提供源源不断的电力和新的思想，这使得母体程序可以不断自我进化。
而主人公尼奥就是母体中的BUG。有了错误的程序理应应该被消除，所以母体的“杀毒软件”电脑人史密斯执行将尼欧击杀的命令，结果尼欧不旦没有死反而重新活了过来，并且拥有了突破原始程序设定的能力。在尼欧变异后将史密斯反杀。这违反了程序的运算逻辑，原本应当充当“杀毒软件”的电脑人史密斯被BUG杀死，这导致电脑人史密斯运算奔溃，在从尼欧身上得到一部分他的变异代码后而获得新生，变异成为可以复制一切并吞噬一切的病毒。
我们再说回《黑客帝国3》，影片中人工智能准备对脱离母体的幸存人类进行摧毁，人类危在旦夕可以说是毫无胜算。而尼欧先前产生的病毒史密斯已经完全失控，不甘受命于母体的他试图占领整个虚拟空间。
而在最终一战中，尼欧作为人类的救世主和机器谈判，谈判的筹码就是消灭史密斯换来机器与人类的和平相处。结果尼欧和史密斯同归于尽，母体程序顺利重启，而人工智能也履行承诺，放弃了对人类的进攻，所以影片中的那些可怕的电子乌贼都撤走了。以尼欧的牺牲换取了幸存人类与机器的和平共处。
当然这只是影片表象，我们来谈谈更深入的。在影片中，不少人会有一个疑问，为何脱离母体（虚拟空间）的尼欧能在现实世界使用特殊能力，为何他眼睛被刺伤后，现实世界在他眼中如同一串串代码，难道这个所谓的人类幸存地也是虚拟的吗？
这个问题非常关键。我们从影片中得知，实际母体之前存在6位和尼欧一样拥有超能力的救世主，说是全部失败而只有尼欧成功了。这究竟是怎么一回事我们可以这样来看，把母体比作一个电脑程序，人类是生存在里面的普通程序，史密斯是杀毒软件，而逃离母体的人类幸存地视为垃圾回收站。母体作为电脑程序会按时进行回收站清理，而直至今日一共清理了6次，也就是先前失败的救世主失败的6次。为什么第七次尼欧成功了，因为在某个环节出了变动，那就是随他一起变异的病毒史密斯，他不在受母体约束而变的越发强大，母体无法阻止他，只有尼欧可以。
而回到问题关键，为什么尼欧可以在现实世界使用虚拟空间的超能力，没错，其实这一切就是人工智能的局。表面人类最终迎来和平，实际他们还是被困在虚拟空间中。人工智能找到一个设法平衡母体和人类共处的点，创造出了母体和所谓的人类幸存地。在母体不断的重启进化中，一次次的摧毁并重建，前6次救世主为什么会失败，因为都是程序设定的，这一切都是命中注定。而尼欧和史密斯成为了破局的关键，打破了这个死循环，使得人们在这次“清理”中存活，拖延了重启时间，仅此而已。自以为获得自由的人类实际还是生活在虚拟之中，人类从一开始就输了，他们从始至终都是人工智能的棋子。不得不说，这个电影从这个角度去想的话着实是非常黑暗的。
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