其实是发现了，也下过击落命令，但因为缺乏经验，行动不够及时。
当年，美国的安保系统和反恐意识非常薄弱。
比如，911后，美国相关部门回过头来分析已有情报，发现，这场惨烈袭击本来是有可能避免的——海关曾发现有恐怖嫌疑人非法入境记录；中情局也察觉到了境外宗教极端开始渗入美国本土；还有线人向联邦调查局反映，一些中东背景的人在美国的航空俱乐部学开飞机，只学空中飞行课程，却不学起飞和降落。
情报被忽视或延误的结果，就是911惨剧。
在这种麻痹的大环境下，民航被发现偏离了航线，跟空管指挥失联的情况下，地勤人员第一反应竟然是“设备故障”，没有及时上报，就那么傻等着，一遍又一遍的尝试重新联系上航班。
比如首架被劫持的，之后撞击了世贸大厦北楼的美航11次航班，起飞后15分钟就被恐怖分子劫持，机上的应答器和通讯系统也被强行关闭。很快，地面人员就发现了其失联，开始不断地试图和机长重新建立起联系，尝试许久无果后，突然收到了11号航班上的华裔空乘邓月薇（下图）的声音。
邓月薇偷偷躲进了飞机洗手间，联系上了地面塔台，告知，飞机已经被劫持。
这时，美航地勤人员才想起来，得马上联系美国北美航空司令部。
实际上，在收到美航求助的同时，美国东北防空基地的对空雷达也已经发现了11航班的航线有问题，判断可能被劫持。于是，美国东北防空基地工作人员马上并提出了是否拦截或击落的请求，但被上司否决了。
一方面，美国的防空应急机制主要针对军事目标，民用客机很难被美军防空系统直接判定敌对，更何况航班原定航线本身就十分接近世界贸易中心；另一方面，当年，别说美国，全球的防空部队都没有想过恐怖分子会把载满燃油的飞机当人肉导弹使用，瞄准标志性建筑，搞几千人规模的同归于尽。
毕竟，之前发生过的劫机事件，都是要求某国政府答应恐怖分子要求，放人或者要钱，然后叛逃到他国。虽然也有像1988年的洛克比空难，直接来个坠机事件机毁人亡的，但也只是事先在飞机秘密安放炸弹，单纯追求的是报复性的空难效果。
谁也没经历过，劫机者不考虑叛逃、一句话都不多说，直接上来就用飞机撞大楼的。
所以，在此时美方的意识里，劫机者应该也会遵循：“找机场降落，提出条件，谈判，满足要求释放人质”，而且飞机的飞行方向是纽约到新泽西，属于典型的找机场降落，吸引国际报道，提出要求的套路，没有非得击落的必要。首要的是安抚乘客和机组人员不反抗，空军保持监视警戒，最终目的要保障机上乘客生命安全。
然而，接下来，结合空乘邓月薇断断续续的通话和民航飞行航线的变更，美军又迅速推翻了之前的判断——这次不同于以往，明显是要冲撞纽约中心建筑的节奏。于是，马上决定，派战机升空拦截，同时上报总统和相关高层，申请击落。
要命的是，纽约周边竟然没有空军基地，距离最近的空军还得从首都华盛顿调配。更糟糕的是，此时的美军警惕性很低，华盛顿基地内竟没有一架准备好可以随时起飞的战机。
此情此景下，召集好值班飞行员，飞机现加油、挂弹、起飞再飞到纽约，哪儿哪儿都来不及了。
结果空乘邓月薇的话还没说完，飞机就撞上了世贸大厦北楼。
接着，南楼的所有人员被告知，南楼“依然安全”，可正常运作但也建议撤离。结果，一些人忽略广播通告的后半句，竟然还淡定的继续着手头的工作。
16分钟后，另一架航线本身就十分接近世界贸易中心的175号航班，撞向了南楼的78至84层处.....
又过了22分钟，在已经确认美航77次航班和93次也被劫持后。正在佛罗里达州一所小学跟小朋友们读课文的布什总统，找了间教室发布了一段简短而紧张的讲话，然后躲进了空军一号，紧急商讨后，下令——击落一切不听空管指挥的飞机。
这点担当，作为一个大国总统，小布什还是有的，并非网上热传的那样，被“道德绑架”的美国高层怕担责任，互相推诿，毕竟，百十条和几千条人命相比，孰轻孰重，老百姓也是心知肚明的。
而这时，美国上空还有3000多架飞机在不同的航线上飞行。美国军方要在短时间内识别哪架飞机被劫持或可能被劫持，难度极大。
结果导致，这边，最早升空的两架F-15，居然无头苍蝇一般，找不到被劫客机的坐标。
而那边，77次航班已经撞上五角大楼西翼，并引起大火，造成百余人伤亡。
在距离第一家航班撞击世贸大厦59分钟后，9:45 AM，美国下令关闭其领空，所有在飞行的班机必须立即在距离最近的机场降落。途中飞往美国的航班即刻改飞加拿大。
此时，一架F-16战机终于发现第四架客机——93次航班。
根据击落命令，女飞行员彭尼也很为难。因为，起飞的时候太着急了，没有挂弹，“裸奔”上去的。于是，彭尼打算驾机撞毁93号航班，在空旷之地搞个自杀式的“同归于尽”，开始向上级紧急请示。
然而，还没等到上级的回话，93次航班，已经坠毁在了宾夕法尼亚州的一片草坪上，没有造成地面人员伤亡，而机上的三十多名乘客和12名机组人员，选择了跟4个劫匪进行了英勇的搏斗，最终迫使劫机者们将飞机朝地坠毁，而没有抵达原先的目标——美国国会大厦。这段英勇的事迹还被改编成了电影《93号航班》。
不过，关于911，总有一种“阴谋论”，认为这是美国共和党自编自演的一出苦肉计，让基地组织去“认领”，好用来对中东开战。
其实，这未免也太高于生活了，单看小布什和他的幕僚们深厚的“影帝”功底明显说不通，就算是演，难道处处指手画脚，唱反调的民主党政客们也跟着诚心诚意的他们一同在“演”？美国境内那些从来没消停过的媒体们，竟然都察觉不出什么明显的纰漏？还有过去这么多年，大家都守口如瓶，这么高的自制力，还真是人类罕见。
更奇怪的是，那边，拉登怎么那么配合呢？
此外，9.11事件中共有2998人遇难，光是因公殉职的救援人员就多达400余人。这么生死存亡的筹码，在号称重视个体生命的美国，谁敢当成儿戏。
还有关于五角大楼被袭的疑问，很多人认为，五角大楼拥有非常先进的防空系统，对空防御半径至少100公里以上，怎么也没有及时反应过来？
客观看，当年美国军方的防空体系，主要探测和反击的是入侵领空的行为，而美国民航的客机，本来就在自己领空内飞行，归一个文职部门——联邦航空空中交通管理体系处理，和国家防空体系之间是没有直接的共享机制。如果准备对民航客机进行拦截或击落，需要上报，走手续。
很显然，这种效率和共享机制，明显跟不上事态发展的速度。吸取教训后，911次年，美国成立了国土安全局，可以共享各部门相关的情报信息，还对全美的国土防御力量具有紧急指挥权。
这样，一旦美国上空民航客机再次遭遇劫持时，国土安全局将会成为做出决断，掌握生杀大权的重要角色。
