疾控中心和医院承担着卫生领域不同的职能，疾控中心重点在于公共卫生领域：包括急性传染病防控、慢性非传染病监测、计划疫苗指导、突发重大公共卫生事件应急处理等；医院则重点在临床治疗和研究，相对而言公共卫生方面比较弱。如果疾控中心合并到医院，有利也有弊：
利：疾控中心合并到医院，那么首先就是有疾控中心承担的疾病监测任务划归医院，这样在工作过程中各环节会比较顺畅，在一定程度上会对医院公共卫生工作起到加强作用，对于医院临床治疗及疾病院内防控工作有重要意义。
弊：目前医院和疾控中心独立运行，在公共卫生方面疾控中心对医院有一个监督作用。我们都知道很多医院对公共卫生工作力度较弱，一方面影响临床诊疗工作，很多医生认为公共卫生就是他们的负担，会给他们增加工作量；另一方面公共卫生不能给医院创收，属于基础科室。如果疾控中心合并到医院，这个监督作用将会消失，同时公共卫生多年来工作机制与成果会因为医院侧重临床治疗工作而弱化，从大的层面来说不利于公共卫生的发展。
