中药里，能清热解毒的药很多，但各有讲究。中药有一个奇特现象，要针对不同的病位用不同的药，药物之间同功不同用普遍存在。比如石膏与黄芩同为清热要药，但清热的方向不同，石膏清的是阳明经热，而黄芩则是清心肺大小肠之热，清肝胆之火。
肝胆之热，大多表现为少阳经热，属于气分之热范围。热有气分之热，有营分之热。清肝胆之热，则要使用针对少阳之热的中药，而黄芩是久经实践的最佳药物。
李时珍记录了一个医案，说有一个人平时经常喝酒，一天突然少腹绞痛，痛不可忍，而且小便如淋。用了很多药都不行，他就根据《明医别录》讲的，黄芩治少腹绞痛，用黄芩再加上木通，甘草三味药开出一方，结果就治好了这个病。
显然，李时珍看到腹痛想起了“黄芩治少腹绞痛“，然后再分析这个药可不可用，对不对症再开方。其后，他特别指出：”然必因热气所迫致少腹绞痛者始可用，非可概以之治腹痛也”。也就是说，不是所有的腹痛都用黄芩，而是热迫造成的才可以用。案中患者的小便如淋反映出了热症，李时珍并进一步指出”又须知太阴腹痛无热证，必少阳腹痛始有热证“，因此其断定患者是热症之腹痛，进而大胆使用黄芩 。不过，方中的木通行气止痛，甘草甘缓止痛的作用不可小视，如果光一味黄芩的效果会大打折扣，在应急止痛方面，甘草是功不可没的。从这个例子也可以看出，经常喝酒的人如果有肝胆热的话，建议家里备点黄芩。
李时珍对黄芩的清热作用十分推崇，因为他自己年轻时的病就是用一味黄芩治好的，所以他对黄芩特别有感情。他这样记载：余年二十时，因感冒咳嗽既久，且犯戒，遂病骨蒸发热，肤如火燎，每日吐痰碗许，暑月烦渴，寝食俱废，六脉浮洪，遍服柴胡、麦冬、荆沥诸药，月余益剧，皆以为必死矣。先君偶思李东垣治肺热如火燎，烦躁引饮而昼盛者气分热也，宜一味黄芩汤，以泻肺经气分之火。遂按方用片芩一两，水二盅煎一盅顿服，次日身热尽退，而痰嗽皆愈，药中肯，如鼓应桴，医中之妙有如此哉。”观濒湖二段云云，其善清气分之热，可为黄芩独具之良能矣。
《神农本草经》这样记载黄芩：味苦，平，无毒。治诸热，黄疸，肠澼，泄利，逐水，下血闭。恶疮，疽蚀，火疡。一名腐肠。
该记载说明，古代人们经过实践已经发现，黄芩可以清各种热，故曰“治诸热”，由于它能清的热太多了 ，说不完，都懒得说了，以“治诸热”一语概之。不过，本草经还是着重指出了在黄疸，肠澼，泄利，逐水，下血闭，恶疮，疽蚀，火疡等问题上的应用。后世医家根据这一药用总结，用在肝胆之热引起的黄疸以及在肠澼(如西医所讲的阿米巴痢疾，中医叫热协利）等疾病上，起到非常好的效果，出现治少阳胆或三焦有热的小柴胡汤及太阳阳明合病的热协利所用葛根黄芩黄连汤为代表的经典方剂。
黄芩的清热作用显然还依赖于其他药物的带动，否则靠它一味是很难到达所要去的病层病灶，李时珍独一味黄芩治好自己的肺热是一个个案，有二大因素促成，一是当时他很年轻，阳气很足，二是它的热症强烈，气分之热激荡。这二个原因隐含了一种很强的阳动力在作怪，所以他无需引导辅助之药，黄芩即可达到清热效果。但事实上很多情况比较复杂，有时候光靠一味药的力量很难到达要清热的病层，如少阳胆热的小柴胡汤，“黄芩能去热,胸胁苦满的现象,靠柴胡把黄芩带进去（倪海夏语），起到清胆热的作用。
抛开人们的实践经验去认识，至于黄芩为什么能清胆热，唐容川的解释倒是值得我们思考与回味：黄芩味苦，中多空虚，有孔道，人身惟三焦；是行水气之孔道主相火，故主清相火， 火逆呕苦、黄芩为正药。
