漫画后期有很多剧情是动画完全没有涉及到的部分，所以在这里不赘述。主要讲述动画后期原创的、跟漫画不同的部分。《噬魂师》动画总共51集，漫画单行本共计25卷。动画最后一个还原原作的大篇章是brew篇（动画第34-36集，漫画第八卷)，此后再加上几个日常回，一直到38集大体还是还原原作的，再往后因为漫画才进行到一半而动画已经要收尾了，所以从第39集开始有了大量原创。可以把第39集看作一个分界线，在此之前大体与原作相同，之后的部分则是与原作有着巨大的差别。也就是说动画按照原作走的主线部分，只讲了漫画一半篇幅都不到的内容，原作中涉及到魔女、死神、魔武器和人类工匠之间关系的关系的主线剧情、伏笔铺垫都没展现出来。主角们也还远远未达到可以正面对抗几大boss的程度。第38集之后，动画为了收尾而直接原创剧情，让主角们一口气解决了《噬魂师》这部作品里的三大boss：魔女美杜莎、蜘蛛魔女奥拉克尼、鬼神阿修罗。第39集因为美杜莎的威胁，不想再背叛伙伴、但又担心自己的的古洛纳离开死武专，动画里女主立刻就把古洛纳找回来了，但是漫画里此处就没有找到，古洛纳又回到美杜莎身边去了。动画原创的后期剧情中，给斯坦因博士加了很多戏，并提前杀死了魔女美杜莎，而且还强行让蜘蛛魔女奥拉克尼跟阿修罗组队，营造出一种奥拉克尼想要利用阿修罗却被反杀的局面。其实原作里奥拉克尼借着阿修罗复活释放的狂气复活，又在讨伐战里被女主杀死、被美杜莎夺取身体之后，就再也没有出现了。因为按照原作进程，主角还远远没有完成修炼成长，而动画为了收尾就强行让主角开挂正面刚大boss，所以尽管同样结局都是打阿修罗，但是动画和漫画里最终战给人的感觉截然不同，动画里的天雷原创“勇气之拳”显得非常刻意仓促。此外很多在原作里死去的角色在动画结尾仍然活着，比如守护小魔女的武士米霍尼、玛丽老师的前男友bj、蜘蛛魔女的守护者基里哥、死神武器贾斯汀等。最后补充一下，原作里男主角SOUL在镰刀形态的时候内部出现的形象一直都是穿着衣服的，但是动画里他自从在教堂被库洛那砍伤之后在镰刀形态时除了穿西装弹钢琴的时候之外镰刀里的形象就一直在裸奔了。
