同属哺乳动物，狗和人类拥有共同的祖先，科学家们甚至认为所有的陆地脊椎动物包括海洋哺乳动物都拥有同一始祖，所以人和狗的基因相似性高达96%，但相似不是相同。
人和狗作为不同的物种，自然存在着很多基因差异，人类的直立行走、手足分工都是由基因决定的生理结构，而这和狗的生理结构和行为模式当然是不同的。但是狗和人类的生理构成又是大致相似的，比如都具有心肝脾肺肾、骨骼的构造也十分相似，在胚胎早期的发育过程中，人和狗的胚胎甚至没有大的差别，不过这在其他物种中也是一样，两栖动物、鱼类的早期胚胎和人类也高度相似。
而生理结构的相似性、胚胎发育过程当然也受到基因的调控，所以人和狗也有很多的基因相似甚至相同。基于生理构造的分类，人类和狗以及其他所有的哺乳动物具有高度相似的生理组织，因此科学家们认为所有的哺乳动物乃至所有的陆地脊椎生物都该是拥有同一祖先。
（上图：鱼、蝾螈、乌龟、鸟、猪、狗、兔、人）早期只是猜测，现代却可以通过基因测序来研究物种的相似性，研究发现人类和黑猩猩的基因相似度高达98%，人与人之间的相似度在99%以上，和老鼠的相似度在97%，和狗的 相似度在95%左右，甚至和香蕉也有50%左右的相似度。但是相似不是相同，人和狗都有发声器官，而狗却无法学会语言，就是因为它们虽然有像人类那样的和语言相关的基因，但是和人类却存在着数个点位的差异，就是这点差异导致转录翻译来的蛋白质的结构差异，结构代表功能，使得狗的大脑相关区域发育不足，导致它们无法学会语言。
而基因其实只是核酸链中具有生理功能的片段，基因中有启动子、终止子等基因序列，这些都是较为稳固的核酸序列，比如启动子就是一种能够稳固遗传的保守核酸序列，在不同的生物体内可以完全相同，而基因的碱基数量就算基本相同，但哪怕是仅仅一个碱基点位的差异就会导致基因翻译的蛋白质的不同，使得生物的生长发育反之规律不同，而一条基因的碱基序列千千万万，仅仅一个点位几乎不影响基因的相似度。所以基因的相似性，不代表基因的相同，更不代表基因功能的相同。
人类和狗的基因相似度就是指相似的基因的相应区段碱基序列的相似度，更不用说由于多基因的协作，基因的表观遗传也会有所不同，人类和狗的基因甲基化就保持着不同的水平，这影响到生物的生命周期，狗的寿命最多不过二十年，相对更短的寿命使它们更早地性成熟进入繁殖周期，大约两岁左右的狗就可以配对了，而人类发育到18岁生殖系统才基本成熟，一般认为在25-28岁时生育是最佳的时段。甲基化等修饰作用，也会使基因沉寂，无法表达功能，整个生物体内的不同组织器官的细胞尽管基因一致，但是基因选择性表达（基因修饰），又导致细胞的种类、外观、功能的差异。
也是因为这些因素，人类和其他物种的基因相似度也没有准确的数字，有的说人类和老鼠基因相似度85%，有的却说97%。所谓的相似性是指多少碱基序列的相似，但是碱基并不代表基因，基因只是DNA上的具备功能的核酸片段，大量碱基相似少数具备差异那就不能算是相同的基因，更不要说由于生物体基因数量的不同，基因之间的相互影响使得基因的表观遗传又有差异，总的算下来狗和人的基因作用的相似度能达到75%就不错了，基因的差异比简单的基因测序大得多。
