一般认为日本战国史起于1467年「应仁之乱」。应仁是日本天皇的年号，相当于中国康熙乾隆之类的玩意儿。这个「应仁之乱」，就是日本两股武士集团之间发生了矛盾，其中一边的老大是细川家，另一边是山名家，双方纠集了各自的阵营在京都（当时日本的首都）附近火併，后世以年号命名，称为「应仁之乱」。如果当年日本天皇的年号是康熙，估计就叫「康熙之乱」——日本是中国的好徒弟，所以年号这东西也是参考了中国制度的。
话说，两大武士集团火併，天皇不出来管管？天皇不是不想，是不能。因为日本在公元9、10世纪以前是天皇当政（7世纪著名的大化改新就是皇室主持的）。9、10世纪的时候，一支皇族的支流、后来被贬为非皇族的藤原氏操纵了朝政，开始了「摄关政治」——「摄」即摄政，「关」即关白，都是官名，听起来很牛，相当于宰相，而且这个职位只限藤原家的人当。藤原家崛起后天皇就很不满，双方闹矛盾，这时日本地方经济发展了，地方上的豪强开始不听中央使唤，各自发展武装，而这些武装中最厉害的当属也是原为皇室、后来生多了皇室养不起而下放民间的两大家族，源平二姓。为什么这两家会发展得最强呢？诸位想想，这些人本来出身高贵，所以接受过较好的教育，能明白道理；同时家庭条件相对较好，所以除了文治还能修习武艺（天天种田的话哪有时间学这些）；而且他们来自皇室，在地方上说话也说得起，有什麽纠纷自然有人花钱请他们办事。久而久之，两大武士集团便崛起了。
源平两家的崛起，本身便是日本经济发展的结果。因为新的经济发展需要更有效的社会管理，而不论是天皇制还是摄关制都已经落后时代潮流。举个例子，以前日本的土地制度叫班田制（这还是大化改新后的，前的咱就不说了），东西很複杂，精神就是国家分配土地，农民耕种，禁止买卖，农民须向政府纳税，给政府服徭役、当兵，死后土地重归国有。说白了跟北魏孝文帝改革的那个均田制如出一辙，而诸位都知道，均田制和与其配套的府兵制、租庸调製最后都over了，为何？班田制和它们一样，只考虑了一时一世的社会发展，殊不知经济越发达，竞争就越激烈，竞争越激烈，岂能容你土地不动，死后还还给国有？而且封建社会的优胜劣汰必然带有土地兼并，A兼并了B的土地，完了死了又交给国家，疯了？
所以这些人不会干，所以他们需要新的制度。而制度本身并没有什麽用，有用的是实力的保障。藤原家牛的时候很多人就把土地所有权寄存在藤原家名下，为的就是躲避政府征税，寻求保护。藤原家靠不住了，大家就改投源平二家名下。就在天皇和藤原家吵得不可开交时，大家都觉得动嘴不如动手，于是引入了军事力量，而军事力量一介入，天皇和藤原家反而都被要挟了。先是平家占得先机，打败了源家，随后源家反攻，击败平家，最终于1185年在鎌仓（今东京附近）建立了武士集团的鎌仓幕府，首领为征夷大将军。幕府建在这，本身就有日本农业经济重心东移的意思。而幕府建立后也没有废掉天皇，只是政事归幕府，礼仪归皇室，这也是日本天皇存留至今的起源。
1185年后，鎌仓幕府在1333年不适应历史潮流而被推翻，继而天皇想重夺政权，于是组织人跟武士集团打了好多年游击。源家武士足利尊氏虽然在1338年建立了室町幕府，但直到1392年才打败天皇集团，取得全国统一。之后室町幕府也不适应历史发展，所以地方又有实力人物出现，细川家和山名家就是代表。双方产生矛盾，结果天皇管不住，室町幕府的大将军也管不住，只能任其打，一直打到1477年「应仁之乱」才结束。这是日本战国史的开始阶段。
过渡阶段是1477年至1507年，由于中央权力崩溃，所以地方开始各自为政。而「应仁之乱」的重要一方细川家地大气粗，掌握了京城附近的权力。其家长细川政元基本打垮了首都附近的反对势力，成为了日本最大的地主。然而细川政元的辉煌只是暂时的，因为他根本没有能力和实力扭转全国走向大火併的局面，所以最多只能完成京都附近的局部统一。而更糟的是，细川家本身内部便不稳定，1507年细川政元被部下刺杀，这个全国第一的家族也从此走向分裂，一蹶不振。
1507年至1551年是日本战国的形成时期，这时天下局势呈现「局部地区几强争霸」的局面，即一块地区内几大势力争夺地方局部领导权，而相互间却很少发生衝突（攘外必先安内）。自西向东，九州岛上，东边的大友家、西边的龙造寺家以及南边的岛津家为本地区最先进势力，相互斗；本州岛西部那个尖尖长条上（日本人称为「中国」地区），先是西边的大内家称雄，然后后起的尼子家崛起，再然后更后起的南边的毛利家雄起；四国岛上，原本细川家在这实力最大，细川政元死后，细川家逐渐被家臣三好家控制，三好家又在四国岛和京都附近称雄，结果四国岛上后起的长宗我部家开始争夺本岛的统治权；京都附近三好家最强，但各种势力错综複杂，其中以六角家、朝仓家、斋藤家、浅井家等最强，另外还有诸如筒井家等偏弱点的势力；日本全国正中间异动被称为关东，关东地区的腹部，也就是今天东京附近几百公里范围内又被成为关东，这个关东以正北、日本海沿岸被称为北陆，以东北直到北海道岛被称为陆奥，以西……以西被称为啥真不清楚，关东地区有三霸，东京附近的北条家，西边的今川家，西北边内陆的武田家；北陆地区有一个强国是长尾家，后来改称上杉家；陆奥东部有伊达家，西北有最上家，北边有斯波家。
在这期间，日本商人、僧人也纷纷组织政治势力，特别是佛教的一支一向宗，在民间发展迅速。与此同时，开辟新航路的欧洲人也踏上日本，开始传播基督教，并将先进的火药武器带给了各路军队，日本也由此成为了当时东方各国中热兵器最普及的国家（虽然是窝裡斗）。
前面说的这些家族、势力之间争战不休，都为了争夺本地区的所有土地与资源。本时间段内最成功的家族有九州岛的大友家（基本取得了九州最强地位）、中国地区的毛利家（基本取得了中国地区的主导权）以及关东的北条、武田、上杉三家。北条家占据了东京及其附近的肥沃土地，武田家铸造了一支强大的骑兵/步兵综合部队，上杉家也丝毫不弱于武田家，尤其是武田家家长武田信玄和上杉家家长上杉谦信，前者铸造了今天仍被称颂不已的武田超级军队，一个本人则被誉为「军神」，可谓一时瑜亮，双方之间的交战已经达到了很高的战术层次，伏击、阵型、战法等，已高出日本其他军阀许多层次，这二人也在日本民间达到了几乎被神化的地步。
而真正的「王兴之地」，却在小关东与近畿之间的尾张国，今日本爱知县内。此处经济发达，有大量的稻米生产；商业畅通，位居关东关西商业要道。不足之处在于战略纵深小，地方巴掌不到，所以很容易被旁边的大国压迫。这裡有个小军阀叫织田家，原本并不出众，直到1551年，新家长织田信长上任，于1560年以数千人之兵力在桶狭间一举斩杀了从东面路过此处的大军阀今川义元（当时有三万多人兵力），震动日本。此后织田信长开始实行先稳定尾张大本营，然后夺取地盘数倍于尾张的美浓国做新大本营，最后进入京都，挟天皇和幕府将军以令诸侯，开始著手统一天下的大任。
这时各地方诸侯的反应是令人遗憾的。毛利家本来距离京都最近，而且在1557年后便取得了中国地区的统治权。但毛利家家长毛利元就却没有选择进京，反而去跟九州岛打架，错失了良机。武田、上杉、北条三家在关东打成了一锅粥，谁都寸步不让，结果让织田信长得以平步青云地进京。其它诸侯，距离实在太远，鞭长莫及。
织田信长在京都，知人善任，提拔了许多出身贫寒的落魄武士甚至农民子弟做自己属下，最后赢得了民心，打败了近畿的各大势力。这时武田信玄已稳定后方，于是著手与织田家决战，不料在打败织田家同盟德川家后突然死去；后来上杉谦信也决议与织田家决战，结果在击败织田家前锋后也突然病死。历史的垂青使织田信长一步步走向成功，他灭掉了武田信玄的儿子、打败了上杉谦信的养子、击退了毛利元就的孙子，尤其是消灭了信徒众多的一向宗势力，最终信长取得了二十二国之土地（日本共六十六国，但织田信长的土地是最肥沃的），天下，就在眼前了。
而这次，命运却最终舍弃了织田信长。1582年6月2日，在毫无戒备的情况下，织田信长及其长子被部将明智光秀袭击于本能寺及其附近，双双殒命，史称「本能寺之变」。此事发生之原因，至今无人知晓。
然而，不到10天后，信长爱将羽柴秀吉以超人速度返回到京都，与明智光秀开战。措手不及的光秀被打败，死于逃亡途中。随后，羽柴秀吉趁乱打败了所有反对派，夺取了织田家权力，并得到朝廷的认可，天皇甚至赐姓其「丰臣」——日本历史上只有五个姓是天皇赐的，即藤原、源、平、橘，都是皇室后裔，而秀吉出身与农民，不但受此殊荣，还获得了关白、太政大臣的职位，成为了全日本的最高主宰者。
此时全日本的局部统一也接近完成，岛津家在九州、长宗我部家在四国、毛利家在中国、德川家北条家在关东、伊达家最上家斯波家在陆奥，基本上都是局部统一了本地区。丰臣秀吉现在要做的，就是完成全国统一。从1582年到1590年，丰臣秀吉征伐四处，消灭了不肯臣服的北条家（当时最大的地方军阀），打垮了硬骨头岛津家、长宗我部家（夺取了他们许多土地），教训了不怎麽听话的伊达家（削掉了一些领地），联合了顺从的德川家、毛利家、上杉家，建立了一个以丰臣家为中心的日本新政权。
倘若丰臣秀吉能就此歇兵，则势必还有发展。但一来战国时杀气太重，大家还有继续征战的欲望，二来丰臣秀吉本人也野心大涨，最后竟想侵略偌大的中国。于是在1592年，太閤一声令下，十六万日本军队进攻朝鲜。朝鲜迅速溃败，求救明朝。明神宗万历皇帝拍板，中国军队进入朝鲜与日本作战。双方交手6年，最终日军敌不过，而丰臣秀吉也在忧愤中死去，日军也悉数撤回了本土。
秀吉死后，全国最大军阀德川家康策动丰臣家内乱，然后支持武将派于1600年在关原打败文臣派（史称「关原之战」），随后夺取了全国统治权，并採取一系列措施彻底削弱了毛利家、上杉家等地方势力。1603年，德川家康在江户（今东京附近）建立了江户幕府，并在生前确立了父死子继的制度。1614年至15年，已70高龄的德川家康决心彻底铲除丰臣家，遂发动大坂冬之战、夏之战，最终杀尽了丰臣家子女，彻底确立了以德川家江户幕府为中心的日本政治体系，从此日本战乱停止。因此年年号元和，是以被称为「元和偃武」。
次年，1616年，德川家康逝世，日本战国的故事，大致到此结束。
