一、将“鉴定结论”修改为“鉴定意见”
修订后的《刑事诉讼法》将“鉴定结论”修改为“鉴定意见”，与2005年人大常委会《决定》、2010年《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》等法律文件表述相一致，是对我国司法体制改革成果的立法确认。
“鉴定意见”还原了司法鉴定这一诉讼活动的本质特征，即司法鉴定是诉讼当事人获取证据的一种手段，鉴定产生的结论并非案件事实判断的最终裁决，而仅仅是司法鉴定人运用专业知识对专门性问题所作的分析和主观判断。“ ‘鉴定意见’称谓的确立，主要是针对刑事司法实践中存在鉴定权侵犯司法权，司法权盲目崇拜‘鉴定结论’，视‘鉴定结论’为‘科学的判断’的现象。
“鉴定意见”从证据类型角度讲属于言词证据的一种，本质上是一种专家证言，它不具有任何预定的效力，同样需要在法庭上经过质证，由法官根据质证情况审查判断，以确定能否作为定案的依据。“这种称谓的修改，有助于法官清醒的理解自己的职责，更好地履行对司法鉴定审查核实的职责，消除过份依赖司法鉴定的现象，同时也有助于消除当事人和群众对司法鉴定的误解，减少因不服司法判决而引起的对司法鉴定的投诉信访案件，维护司法鉴定的社会公信力。
二、增加“电子数据”证据种类
电子数据作为一种新的证据类型，是计算机技术和信息技术应用深入发展的必然产物。在多年的司法实践中，因“电子数据”记载的信息往往是“可以用于证明案件事实的材料”，在新《刑事诉讼法》修订以前，虽然国家在法律层面没有明确其法定证据种类的属性，但“电子数据”早已通过司法鉴定活动，转化为鉴定结论的形式作为证据之一种而加以运用。
三、增加特定情形下的鉴定人作证特定保护制度
新刑诉法第六十二条规定：“对于危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、毒品犯罪等案件，证人、鉴定人、被害人因在诉讼中作证，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，人民法院、人民检察院和公安机关应当采取以下一项或者多项保护措施：
（一）不公开真实姓名、住址和工作单位等个人信息；
（二）采取不暴露外貌、真实声音等出庭作证措施；
（三）禁止特定的人员接触证人、鉴定人、被害人及其近亲属；
（四）对人身和住宅采取专门性保护措施；
（五）其他必要的保护措施。
证人、鉴定人、被害人认为因为在诉讼中作证，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，可以向人民法院、人民检察院、公安机关请求予以保护。人民法院、人民检察院、公安机关依法?取保护措施，有关单位和个人应当配合。”。
