时间战争（“超时空争霸战”）结束后，巨无霸凯旋电子星。然而在巨无霸押送无敌龙返回电子星时，无敌龙逃脱，率先抵达电子星，并控制了电子星，击落了巨无霸的飞船。无敌龙企图消灭所有有机形态的元素，在电子星上散播病毒，抽取了所有变形金刚的火种，以纯净为无机化力量。猩猩将军率领巨无霸顽强抵抗，在圣贤的指引下，激发了电子星内部的有机能源，对抗无敌龙的疯狂科技......无敌龙获取有史以来所有变形金刚的火种并与矩阵融合后成为一种新的生命体——超能无敌龙，他与猩猩将军成为能够分享圣贤智慧的人，这是前所未有的情况.
