国家卫生健康委员会设下列内设机构： 1、办公厅。负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开等工作。 2、人事司。拟订卫生健康人才发展政策，承担机关和直属单位的人事管理、机构编制和队伍建设等工作，负责卫生健康专业技术人员资格管理。 3、规划发展与信息化司。
承担健康中国战略协调推进工作，组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，指导卫生健康服务体系及信息化建设，组织开展爱国卫生运动和卫生健康统计工作。承担《烟草控制框架公约》牵头履约工作。 4、财务司。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作。
5、法规司。组织起草法律法规草案、规章和标准，承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作。 6、体制改革司。承担深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。
7、疾病预防控制局。拟订重大疾病防治规划、国家免疫规划、严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系，承担传染病疫情信息发布工作。 8、医政医管局。拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准并监督实施，承担推进护理、康复事业发展工作。
拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。 9、基层卫生健康司。拟订基层卫生健康政策、标准和规范并组织实施，指导基层卫生健康服务体系建设和乡村医生相关管理工作。 10、卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。
指导卫生应急体系和能力建设。发布突发公共卫生事件应急处置信息。 11、科技教育司。拟订卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施。承担实验室生物安全监督工作。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作，协同指导医学院校教育。 12、综合监督局。
承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善综合监督体系，指导规范执法行为。 13、药物政策与基本药物制度司。完善国家基本药物制度，组织拟订国家药物政策和基本药物目录。
开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。提出药品价格政策和国家基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。 14、食品安全标准与监测评估司。组织拟订食品安全国家标准，开展食品安全风险监测、评估和交流，承担新食品原料、食品添加剂新品种、食品相关产品新品种的安全性审查。
15、老龄健康司。组织拟订并协调落实应对老龄化的政策措施。组织拟订医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。承担全国老龄工作委员会的具体工作。 16、妇幼健康司。拟订妇幼卫生健康政策、标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
17、职业健康司。拟订职业卫生、放射卫生相关政策、标准并组织实施。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。 18、人口监测与家庭发展司。承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策并组织实施，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度。
19、宣传司。组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布工作。 20、国际合作司（港澳台办公室）。组织指导卫生健康工作领域的国际交流与合作、对外宣传、援外工作，开展与港澳台地区的交流与合作，承担机关和直属单位外事管理工作。
21、保健局。负责中央保健对象的医疗保健工作、中央部门有关干部医疗管理工作，以及党和国家重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
