(一)、经济补偿金和赔偿金支付的法律依据不同。
经济补偿金的支付依据为《劳动合同法》第四十六条规定。赔偿金的支付依据为《劳动合同法》第八十七条规定。也就是说，有《劳动合同法》第四十六条规定的情形之一的，用人单位可以与劳动者解除或终止劳动关系，但需要向劳动者支付经济补偿金。
(二)、经济补偿金和赔偿金的适用步骤不同。
适用经济补偿金时，用人单位可以直接向劳动者支付经济补偿金。适用赔偿金时，可能会面临或继续履行劳动合同或支付赔偿金两种法律后果。很多用人单位宁愿支付赔偿金，也不希望恢复劳动关系。
但是，根据《劳动合同法》第四十八条规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行;只有劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位才应当依照《劳动合同法》第八十七条规定支付赔偿金。
在司法实践中，用人单位应对其解除、终止劳动合同的理由提供充分的证据，不能提供充分证据的，应认定为解除、终止合同不当，属于违法解除、应当支付赔偿金。
劳动者可以直接请求用人单位依法向其支付经济赔偿金。在用人单位拒绝支付或者对赔偿金数额有异议时，劳动者可以向劳动行政部门检举、投诉，提起劳动争议仲裁;对仲裁不服的再向法院提起诉讼。以维护自身合法权益。
(三)、支付经济补偿金和赔偿金的合法性不同。
支付经济补偿金，是用人单位符合《劳动合同法》的相关规定，合法与劳动者解除劳动合同的，支付经济补偿金。其情形包括：劳动者因用人单位过错解除劳动合同;或者用人单位依法解除劳动合同;或者劳动合同依法终止。
支付经济赔偿金，是用人单位违反《劳动合同法》的规定，违法与劳动者解除劳动合同时，对用人单位违法解除劳动合同的违法行为的一种惩罚。
需要强调的是，除了《中华人民共和国劳动合同法》明确规定可以解除劳动合同的情形，用人单位无权与劳动者解除劳动合同，否则，即属于违法解除，就需要支付赔偿金。也就是说，在没有《劳动合同法》第三十六条、第三十七条、第三十八条、第三十九条、第四十条、第四十一条、第四十四条规定的任何一种情形的情况下，用人单位与劳动者解除或终止劳动关系的，即需要向劳动者支付赔偿金。
(四)、经济补偿金和经济赔偿金的标准不同。
经济补偿金和赔偿金的标准是有联系的。即：赔偿金标准是经济补偿金的两倍。
《劳动合同法》第四十七条规定经济补偿金的标准为：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。”
赔偿金的标准是根据《劳动合同法》第83条、87条，第87条违法解除劳动合同的赔偿金是经济补偿金的二倍的计算方法予以计算。
(五)、经济补偿金和赔偿金不能同时主张。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十五条也规定:“用人单位违反劳动合同法的规定解除或者终止劳动合同，依照劳动合同法第八十七条的规定支付了赔偿金的，不再支付经济补偿。赔偿金的计算年限自用工之日起计算。”
根据本条规定，如果发生劳动争议，劳动者不能向用人单位同时主张支付经济补偿金和赔偿金。
支付经济补偿金是用人单位合法解除劳动关系应承担的法定义务，具有补偿性质; 而支付赔偿金则是用人单位违法行使劳动合同解除权时应当承担的法定责任，带有惩罚意味，两者性质完全不同，若同时提出这两项请求显然不符合法律规定。
根据劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》规定：用人单位解除劳动合同后，未按规定给予劳动者经济补偿的，除全额发给经济补偿金外，还须按该经济补偿金数额的50%支付额外经济补偿金。
