两所都是理工科强势的985高校，排名等也都比较接近，综合考虑现在和未来的发展来看，东南大学更好（热门专业建设更好，紧跟潮流）。
两个学校特色不同，一个以土建闻名，一个以医学闻名。东南大学的土建不论是在学科评估还是双一流评估中都可以和清华比肩。但是曾经的北协和、南湘雅的中南大学，在此次的学科评估和双一流评选中除了护理，其他的表现不尽如人意，而另外的矿业、冶金等虽然表现好，但属于夕阳产业。
第一、我们先来看看两个大学的出身，都经历了2000年的合并潮
中南大学，由湖南医科大学（原湘雅医科大学）、长沙铁道学院（原中南土木建筑学院）与中南工业大学于2000年4月29日合并组建而成。
2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建了新的东南大学。
第二、学科建设方面，东大双一流入选专业多更占优势
1、双一流东大11个，中大4个
中南大学：数学、材料科学与工程、冶金工程、矿业工程。除了材料都不是什么热门专业。
东南大学：材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论。基本都是现在和将来的热门专业，更符合时代潮流的发展。
2、第四轮学科评估，不分伯仲，中大12个，东大11个，但东大A+胜出
第三、录取分数（以几个省份为例来说明下），东南胜
市场的选择决定了你的认可和一定的名气。从录取分数可以看出，东南大学更受大家的认可，无论是高分优质生源还是底限都比中南大学要略优。
第四、世界四大大学排名，东南胜
世界大学四大榜单，综合来看东南大学在前20之列，中南大学在前20未上榜
