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《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第12条规定：“发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：（一）提供的设计有缺陷；（二）提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准；（三）直接指定分包人分包专业工程。承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任。”
上述司法解释第一款规定的三种情形是由于发包人的过错导致建设工程质量缺陷，但是第二款又规定“承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任。”对此，应该从三个层面理解：
1、从技术层面理解
发包人存在上述司法解释第一款所列三种情形的，是可能造成损失的初始的阶段，发包人存在这三种情形之一并不必然造成建设工程质量缺陷，因为如果承包人及时发现并制止发包人的不恰当行为，就可能避免建设工程质量缺陷。“承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任。”中所谓的承包人的过错，一般就是指承包人没有发现并制止（或向发包人提出建议）。司法实践中，对于承包人的此种“不作为”的过错比例，根据个案的具体情况，有的法院认定是20%，有的法院认定是50%，也有其他的判决，但是发包人是主要的过错方，承包人是次要的过错方，因此从理论上承包人承担责任的比例不应超过50%。
2、从法律原则的角度
根据合同双方的过错分担损失是违约损害赔偿的基本原则之一，因此，基于该原则，承包人应当为其过错承担责任。
3、从立法价值层面理解
与建设工程相关的法律法规司法解释有一个共同的立法价值，就是保障工程质量。上述司法解释一方面列举了发包人承担过错责任的三种情形，以引导发包人不要做出上述三种行为。另一方面又通过分配给承包人一定的过错责任，引导承包人指出甚至制止发包人的过错行为。因此，从保障工程质量的角度，也应当分配给有过错的承包人一定的法律责任。
附案例一：普陀寺与金某某建设工程施工合同纠纷案
案情简介：2000年3月15日，罗某某及肖某与被告签订了《修缮锦州北普陀禅寺合同书》，拟建普陀寺大雄宝殿及僧僚。合同约定工程造价以决算为准，工期为2000年4月1日起到2000年11月19日竣工，取费按丙级标准等。合同签订后肖某退出该工程，由罗某某组织施工。工程开始后，因故只建筑大雄宝殿，但未按期竣工。2001年5月下旬，罗某某进行大雄宝殿二层施工，二层施工的水泥由普陀寺提供，至2001年末，大雄宝殿的主体框架基本完工。罗某某没有提供建筑施工方面的资质证书，取费标准按不具有资质对待。经中国建设银行辽宁省分行锦州工程造价咨询办事处对罗某某所施工工程进行决算，并经双方当事人到场参与并认可出具工程决算书，其中大雄宝殿一层造价为187030．80元，一层电料为1387．79元，二层造价为105853．53元,总计294272．12元，普陀寺已给付罗某某工程款170938元。
另查，2002年3月28日经普陀寺申请，委托锦州市建筑工程质量检测中心对罗某某施工的大雄宝殿二层柱进行抗压强度检测，结论为：“该批柱现有砼强度推定值为14．9Mpa，不满30Mpa要求”。设计人员王尧为普陀寺设计的大雄宝殿施工图纸中要求混凌土强度为C30标准，即二层柱的强度不符合设计要求。对于不符合强度的建筑如何处置尚需进一步鉴定，但双方当事人均予以拒绝。2002年4月，王尧个人出具“要求将大雄宝殿二层柱及上部梁板混凝土全部打掉”的技术证明，并加盖了“辽锦建筑工程设计院技术专用章”，经查，“辽锦建筑工程设计院”这一单位并不存在，其与“辽锦建筑工程设计所”并非同一单位，故对该技术证明不予采信。2004年7月24日，罗某某将普陀寺欠其工程款l23334．12元的债权转让给金某某。普陀寺在（2004）锦民一房终字第37号民事判决生效后，分别于2005年3月24日、2005年5月18日向锦州市公证处提出申请，对大雄宝殿现状进行证据保全，公证处分别作出了（2005）锦太证经字第61号、（2005）锦太证经字第107号公证书，后普陀寺将大雄宝殿第二层拆除，2005年底重新建好。2002年2月4日普陀寺曾起诉罗某某，要求解除合同、赔偿工程质量不合格损失。2002年10月22日，锦州市太和区人民法院作出（2002）太经初字第14号民事判决：“一、锦州北普陀禅寺与罗某某签订的《修缮锦州北普陀禅寺合同书》无效；二、鉴定费1200元，由原告承担600元，被告承担600元；3、驳回原、被告的其他诉讼请求。”该判决宣判后，双方均未上诉，也未申请再审。2002年l2月25日，罗某某起诉普陀寺，要求其给付工程款123364．12元及利息，普陀寺提出反诉请求，要求罗某某给付拆除质量不合格部分拆除费11864．48元，并赔偿因大雄宝殿迟延使用造成的损失l0万元。2003年6月18日，锦州市太和区人民法院作出（2003）锦太民二合初字第33号民事判决：“一、驳回原告罗某某的诉讼请求；二、驳回反诉原告锦州北普陀禅寺的反诉请求。”宣判后，罗某某与普陀寺均提出上诉。锦州市中级人民法院经审理作出（2003）锦民一终字第31号民事裁定，将该案发回重审。2004年4月6日，锦州市太和区人民法院作出（2004）锦太民二合重初字第46号民事判决：“一、被告锦州北普陀禅寺给付原告罗某某工程款17480．59元；二、驳回原、被告的其他诉讼请求。”宣判后，普陀寺提出上诉。2004年12月21日，锦州市中级人民法院作出（2004）锦民一房终字第0037号民事判决：“一、维持锦州市太和区人民法院（2004）锦太民二合初重字第46号民事判决第一项；二、变更锦州市太和区人民法院（2004）锦太民二合初重字第46号民事判决第二项为：驳回原、被告就锦州北普陀禅寺大雄宝殿一层的其他诉讼请求；三、驳回上诉人锦州北普陀禅寺的其他上诉请求。”判决生效后，罗某某提出再审申请。2006年2月16日，锦州市中级人民法院作出（2005）锦立民监字第63号民事裁定，对本案提起再审。2007年7月26日，锦州市中级人民法院作出（2006）锦审民终再字第12号民事判决：“一、维持本院（2004）锦民一房终字第0037号民事判决第一、三项、即：维持锦州市太和区人民法院（2004）锦太民二合初重字第46号民事判决第一项（被告锦州北普陀禅寺给付原告罗某某工程款17480．59元）及驳回上诉人锦州北普陀禅寺的其他上诉请求。二、撤销本院（2004）锦民一房终字第0037号民事判决第二项，即变更锦州市太和区人民法院（2004）锦太民二合初重字第46号民事判决第二项为：驳回原、被告就锦州北普陀禅寺大雄宝殿一层的其他诉讼请求。三、变更锦州市太和区人民法院（2004）锦太民二合初重字第46号民事判决第二项为：驳回反诉原告锦州北普陀禅寺的反诉请求。四、锦州北普陀禅寺于本判决生效后十日内返还罗某某大雄宝殿二层工程款95268.17元。逾期给付加倍支付迟延履行期间的利息。”。该判决生效后，普陀寺向辽宁省高级人民法院申请再审，辽宁省高级人民法院于2008年5月26日作出（2008）辽立二民监字第98号民事裁定，对本案进行提审。2009年4月7日，辽宁省高级人民法院作出（2008）辽审民提字第17号民事判决：“一、撤销锦州市中级人民法院（2006）锦审民终再字第12号民事判决；二、维持锦州市中级人民法院（2004）锦民一终字第37号民事判决。”
裁判原文节选
一审【案号：辽宁省锦州市太和区人民法院（2011）太民一初字第00192号】合同无效或被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿，有过错的一方应当赔偿对方因此所受的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。罗某某与被告锦州北普陀禅寺签订的《修缮锦州北普陀禅寺合同书》已被生效判决确认无效，对该无效合同双方均有过错，应各自承担相应的责任。对二层柱质量不符合设计要求双方也均有过错。普陀寺在选择施工队时未审查施工资质，在二层施工提供的水泥时未封存水泥样本，在出现问题后，在未进行鉴定之前将二层柱以上扒掉，造成无法鉴定的结果上存在过错，应承担罗某某施工损失的50％的赔偿责任，罗某某在无施工资质的情况下承建该工程，对被告提供的水泥未进行严格的审查检验，在出现质量问题后未及时申请进行鉴定，罗某某也具有过错，对自己所形成的损失应自负50％的责任。对普陀寺辩解的此案已经超过诉讼时效期间的主张，因辽宁省高级人民法院（2008）辽审民提字第17号民事判决书于2009年4月7日作出，金某某是于2011年3月14日向本院提起诉讼，故未超出二年的诉讼时效期间，对普陀寺的该辩解意见不予支持。对普陀寺主张因二层质量不合格，不应给付工程款的主张，因原告主张因合同无效造成损失的赔偿事宜，不属于工程款范畴，对被告的该辩解意见不予支持。对普陀寺辩称金某某不具备主体资格，因生效的辽宁省高级人民法院的判决已经确认了原告具有主体资格，故对其该辩解意见不予支持。2011年8月29日，辽宁省锦州市太和区人民法院作出（2011）太民一初字第00192号民事判决：一、被告锦州北普陀禅寺于判决生效后10内赔偿原告金某某损失105853．53元的50％即52926．77元；二、驳回原告金某某的其他诉讼请求。如未按判决指定的期间履行金钱给付义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费人民币3465元，由原告金某某负担1732．5元，由被告锦州北普陀禅寺负担1732．5元。
二审【案号：辽宁省锦州市中级人民法院（2011）锦民一终字第00533号】罗某某与上诉人锦州北普陀禅寺签订的《修缮锦州北普陀禅寺合同书》已被生效判决确认为无效，导致合同无效双方都有责任。作为建设方普陀禅寺对施工方的资质审查不细，应承担一定的责任。作为施工方，明知自己没有建筑资质还对外承建工程，亦承担相应的责任。关于工程的质量，虽然设计单位不存在，但设计图纸是建设方提供的，鉴定的结论是不符合设计强度要求，未达到建设方的要求，因此施工方应承担一定的责任。同时，因第二层的水泥系普陀禅寺提供，造成不符合设计强度的原因双方均不申请鉴定，也因普陀禅寺改变了建筑的原貌而无法查清。综合以上原因，作为建设方的普陀禅寺应承担主要责任，即80％，金某某作为施工方的债权受让人，应承担次要责任，即20％。关于上诉人金某某的诉讼主体资格已经由辽宁省高级人民法院（2008）辽审民提字第17号民事判决书确认，金某某作为债权受让人具有诉讼主体资格。2011年12月27日，辽宁省锦州市中级人民法院作出（2011）锦民一终字第00533号民事判决：一、撤销锦州市太和区人民法院（2011）太民一初字第00192号民事判决；二、锦州北普陀禅寺于本判决生效后十日内给付金某某工程105853．53元的80％，即84682．82元及利息（利息从2002年2月4日起至给付之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）。如未按判决指定的期间履行金钱给付义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件受理费人民币3465元，由锦州北普陀禅寺负担2772元，金某某负担693元；二审案件受理费3465元由锦州北普陀禅寺负担。
再审【案号：辽宁省高级人民法院（2012）辽审三民提字第39号】施工人罗某某没有建筑施工资质，以个人名义与普陀寺签订大雄宝殿施工合同，违反了相关法律规定，该施工合同为无效合同。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”本案案涉工程虽然未经验收，但已实际使用，故罗某某有权要求普陀寺支付工程价款。金某某作为罗某某的债权受让人，以自己的名义主张权利符合法律规定。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条规定：“因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持。”罗某某明知自己没有施工资质，仍与普陀寺签订施工合同，在施工过程中没有按照行业规范操作，致使工程质量没有达到设计标准，导致普陀寺大雄宝殿二层扒掉重建，给普陀寺造成了损失，故应减少其工程价款的数额。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十二条规定：“发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：（一）提供的设计有缺陷；（二）提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准；（三）直接指定分包人分包专业工程。”普陀寺明知罗某某没有施工资质仍与其签订施工合同，案涉工程使用的水泥为普陀寺所提供，故普陀寺对工程质量问题也应承担一定的过错责任。案涉工程混凝土强度的设计标准为C30，而案涉大雄宝殿二层批柱的混凝土强度经法院委托鉴定，其强度仅为C14.9。虽然该工程使用的水泥为北普陀禅寺所提供，但作为施工方在浇筑前应对水泥质量进行检测，对质量不合格的水泥有权拒绝使用或留存质量不合格的证据。由于施工方没有证据证明案涉工程混凝土强度不合格是由于水泥质量不合格所造成，故其对案涉工程质量问题应承担过错责任。综上，二审法院判决北普陀禅寺承担80%的责任缺乏法律依据。一审法院判决双方当事人各自承担50%的责任符合公平原则，应予维持。但普陀寺对剩余工程款应从施工方主张权利之日起给付利息。本案案涉工程施工人罗某某于2002年12月15日向一审法院起诉要求普陀寺给付工程款，其主张权利的时间应为2002年12月15日，二审法院判决普陀寺从2002年2月4日起计算给付拖欠工程款的利息不当，应予纠正。依照《中华人民共和国合同法》第二百八十六条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条，第十一条、第十二条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第（二）款之规定，判决如下：
一、撤销辽宁省锦州市中级人民法院（2011）锦民一终字第00533号民事判决和辽宁省锦州市太和区人民法院（2011）太民一初字第00192号民事判决；
二、锦州北普陀禅寺于本判决生效后十日内给付金某某工程款105853．53元的50％，即52926．77元及利息（利息从2002年12月15日起计算至欠款付清之日止，按中国人民银行规定的同期银行贷款利率计算）。
三、驳回金某某的其他诉讼请求。
如未按判决指定的期间履行金钱给付义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费人民币3465元，二审案件受理费人民币3465元，由原告金某某负担3465元，由被告锦州北普陀禅寺负担3465元。
本判决为终审判决。
案例二：王某某与东海公司建设工程施工合同纠纷一案
案情简介：2010年4月30日，东海公司就奇台县东海油脂有限公司厂区内平房砖钢结构、二层办公楼砖混结构、围墙、地坪等有关工程与无施工资质的王某某签订了《建设工程施工合同》，约定工期为自2010年5月10日至8月10日，工程系包工包料等。合同签订后，王某某按照合同约定向东海公司支付30万元质保金，并于2010年5月10日组织人员进行施工，后于2010年11月份退出施工现场；双方当事人对该工程项目至今未办理竣工验收手续；原告王某某退出施工现场后，东海公司仅实际使用了办公楼、宿舍食堂，对其他工程（磅房、油罐基础、库房内和厂区地坪）并未使用；东海公司已向王某某支付工程款233.6万元。
另查明，2012年1月11日，王某某诉东海公司建设工程施工合同纠纷一案中，王某某申请对其实际施工工程量及工程总造价进行鉴定，该院依法委托后，王某某又撤回了鉴定申请，并向该院申请撤回起诉，该院依法审查后，于2012年10月31日作出（2012）昌中民一初字第5号民事裁定书，裁定准许王某某撤回起诉。该院在审理该案过程中，东海公司向该院申请委托对王某某施工的工程是否存在质量问题及返修费用进行鉴定，经该院依法委托，新疆中远工程检测有限公司于2012年8月26日作出新疆中远工程检测有限公司建筑工程质量司法鉴定书，鉴定结论为：依据现场勘查和数据计算、综合分析，奇台县东海油脂有限公司办公楼、厂房及附属设施等工程存在的质量问题及处理意见如下：一、质量问题：1.办公楼（C级）：（1）基础存在截面尺寸不符合合同要求，需整体加固；（2）主体存在现浇楼有裂缝且混凝土强度低于规范最大要求C20、部分墙体有裂缝现象，需整体加固；（3）屋面存在内排水口防水处理不符合规范要求，需维修；（4）卫生间存在地面漏水，需整体返工；（5）塑钢窗有冷桥现象，需四周密封处理；（6）窗台板存在安装不符合要求，需按规范要求重新安装；2.宿舍食堂（B级）：（1）基础存在截面尺寸及材质不符合合同要求，需局部加固；（2）主体存在食堂库房（14号房）屋面结构不符合规范要求、部分墙体有裂缝现象，需局部加固；（3）屋面存在彩钢屋面与墙体连接处不严密、1—9号房檐口无滴水线，需维修；（4）室外窗台与墙体连接处开裂，需拆除重新施工；3.磅房（A级）：（1）屋面漏水、彩钢瓦固定不符合规范要求，需维修及固定；（2）天棚及墙面有裂缝、脱皮现象，需铲除抹灰及装饰层重新施工；4.油罐基础（D级）：基础材质不符合合同约定、有沉降现象，需拆除重新施工；5.混凝土、地坪：（1）库房内陆坪：有起砂、脱皮、麻面、裂纹现象，混凝土强度及厚度不符合合同要求，需返工；（2）厂区地坪有起砂、脱皮、麻面、裂纹现象；需部分拆除重新施工。注：A级—结构承载力能满足正常使用要求，未发现危险点，房屋结构安全；B级—为结构承载力基本能满足正常使用要求，个别结构件处于危险状态，但不影响主体结构，基本满足正常使用要求；C级—为部分承重结构承载力已不能满足正常使用要求，局部出现险情，构成局部危房；D级—为承载结构承载力已不能满足正常使用要求，房屋整体出现险情，构成整幢危房。二、修复价值评估：1093543.64元。东海公司因此产生鉴定费94388元。王某某向该院申请委托对其实际施工工程量及工程总价款进行鉴定，经该院依法委托，新疆方夏建设工程项目管理有限公司于2013年8月26日作出奇台县东海油脂有限公司项目王某某实际已完工程工程造价鉴定意见书，鉴定结论为：1.以合同约定单价为主计算的工程总造价为：2661586.90元（不包含隐蔽工程）；2.以定额计价为主计算的工程总造价为2948048.39元（不包含隐蔽工程）；3.隐蔽工程总价为191496.40元；4.钢筋工程：对于设备基础、油罐基础、大门造型、化验台等项目按照申请2013年7月31日提供的钢筋资料进行了单独计算，总价为24307.60元；因此产生鉴定费6万元。
新疆中远工程检测有限公司鉴定书载明，东海公司办公楼、宿舍食堂建筑物无正规图纸，无现场监理。
裁判原文节选
一审【案号：昌吉回族自治州市中级人民法院（2013）昌中民一初字第14号】王某某作为未取得建筑施工企业资质的承包人与东海公司于2010年4月30日签订的建设工程施工合同，虽系双方当事人的真实意思表示，但违反法律规定，故属无效合同。
（一）关于王某某本诉主张能否支持的问题。对于实际完工工程总造价的数额问题，经原告申请该院依法委托新疆方夏建设工程项目管理有限公司对本案诉争工程已完工程量及工程总造价进行鉴定，该鉴定意见书出具后，该院依法向双方当事人进行了送达，双方当事人对该鉴定意见书均无异议，但原告认为其实际完工的工程总造价应按照该鉴定结论第2、3、4项数额累计相加所得3163852.39元（2948048.39元＋191496.40元＋24307.60元）予以确定；东海公司却认为王某某实际完工工程总造价应按照该鉴定结论第1、3、4项数额累计相加所得2877120.90元（2661586.90元＋191496.40元＋24307.60元）予以确定；因双方当事人签订的建设工程施工合同属无效合同，双方当事人对工程价款意见不一致，部分工程图纸及隐蔽资料不齐全，故王某某的意见应予以支持；院该确认王某某已完工工程总造价为3163852.39元，扣减东海公司已付工程款233.6万元，尚欠工程款827852.39元应由东海公司支付。王某某主张东海公司退还质保金30万元的请求，东海公司并无异议，该院予以支持。王某某主张东海公司承担违约金189394.48元，因双方当事人签订的建设工程施工合同属无效合同，王某某依据合同约定主张违约金没有法律依据，不予支持。王某某虽没有针对欠付工程款的利息提出明确主张，但其基于合同有效并根据合同约定主张逾期付款违约金，这就表明王某某的本意并不是放弃本金的利息，因利息具有本金法定孳息的性质，东海公司应在189394.48元范围内承担欠付工程款部分相应利息的支付义务；根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条“当事人对欠付工程价款利息给付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”及第十八条第（一）项“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日”的规定，王某某于2010年11月份退出施工现场，东海公司对办公楼、宿舍食堂进行了使用，故东海公司应自2010年12月1日至2013年11月30日止在欠付工程款827852.39元范围内按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率6.15％计算逾期付款利息152738.7元（827852.39元×6.15％×3年）；王某某主张东海公司承担索款损失8万元，因其未提交有效证据予以证实，该院不予支持；鉴定费6万元系合理支出费用，应由东海公司承担。
（二）关于东海公司反诉主张能否支持的问题。东海公司依据该院依法委托新疆中远工程检测有限公司后其作出建筑工程质量司法鉴定书证实本案诉争工程存在质量问题并产生修复费用1093543.64元，主张上述费用均由王某某承担；王某某虽对鉴定书持有异议，但未提交有效证据证实其异议主张成立，故该院对该鉴定书予以采信；鉴于本案诉争工程尚未办理竣工验收手续，王某某施工的工程确实存在质量问题，王某某应承担相应的民事责任；由于东海公司在本案诉争工程尚未竣工验收时擅自使用了办公楼、宿舍食堂，因此办公楼、宿舍食堂工程中王某某仅对地基基础和主体结构存在质量问题承担民事责任，上述修复费用共计282049.5元（214110元＋46939.50元＋3000元＋18000元）；东海公司并未使用磅房、油罐基础、库房内陆坪和厂区地坪，该部分工程存在质量问题产生修复费用801514.14元（1500元＋4200元＋22800元＋216214.40元＋556800元）亦应由王某某承担；综上，王某某应向东海公司支付修复费用共计1083563.64元（282049.50元＋801514.14元）；东海公司产生鉴定费94388元，应由王某某承担。遂判决：一、东海公司于本判决书生效之日起十日内向王某某支付剩余工程款827852.39元；二、东海公司于本判决书生效之日起十日内向王某某支付欠付工程款利息152738.70元；三、东海公司于本判决书生效之日起十日内向王某某退还质保金30万元；四、东海公司于本判决书生效之日起十日内向王某某支付鉴定费6万元；五、王某某于本判决书生效之日起十日内向油脂公司支付修复费用1083563.64元；六、王某某于本判决书生效之日起十日内向东海公司支付鉴定费94388元；七、驳回王某某的其他诉讼请求；八、驳回东海公司的其他反诉请求。
二审【案号：新疆维吾尔自治区高级人民法院（2014）新民一终字第88号】本案的争议焦点为，原审法院在司法鉴定过程中是否违反了鉴定程序导致鉴定结论不能采信；2.本案办公楼、厂房及附属设施等工程的修复责任应由谁来承担，如何承担。
（一）原审法院在司法鉴定过程中是否违反了鉴定程序导致鉴定结论不能采信的问题。新疆中远工程检测有限公司系在原审法院入册，具有相应评估资质的专业鉴定机构。鉴定人向原审法院提交鉴定报告后，原审法院要求双方当事人在指定的期限内对鉴定结论提出书面异议，并由鉴定人通过书面方式对异议方进行了答复。因此，原审法院的鉴定程序合法。王某某虽就鉴定结论提出了异议，但没有足以反驳的相反证据和理由，尚不足以否定该鉴定结论作为涉案工程质量及修复费用评估证据所具备的合法性、真实性和关联性，故原审对该鉴定结论作为有效证据予以采信，并无不当。
（二）本案办公楼、厂房及附属设施等工程的修复责任应由谁来承担，如何承担。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十二条规定：“发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：（一）提供的设计有缺陷；（二）提供或者指定购买的建筑材料，建筑构配件、设备不符合强制性标准；（三）直接指定分包人分包专业工程。承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任”。本案中，东海公司未按照国家有关规定向王某某提供设计文件和经过相关职能部门审定的施工图纸，以及将涉案工程交由无施工资质的王某某施工，造成涉案工程的质量问题，其自身的过错是明显的，故其责任相对较大，王某某明知东海公司未提供设计文件和正规图纸，而没有及时提出意见和建议，按照东海公司的指示继续施工亦有过错，应承担相应的责任。涉案合同因王某某不具有相应的资质等级而被确认无效，本案所涉质量问题需由专门技术能力的单位来修复，故双方当事人在本案中的责任应表现在对修复费用的承担上。综合本案的具体情况，本院认为王某某、东海公司对修复费用1093543.64元的承担，分别按20%、80%的比例承担为宜。
综上，原判认定的基本事实清楚，适用法律正确，唯在认定当事人的责任比例上存在不当，本院予以纠正。依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十二条，《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项之规定，判决如下：
一、维持昌吉回族自治州中级人民法院（2013）昌中民一初字第14号民事判决第一项、第二项、第三项、第四项、第七项，即：“一、奇台县东海油脂有限公司于本判决书生效之日起十日内向王某某支付剩余工程款827852.39元”、“奇台县东海油脂有限公司于本判决书生效之日起十日内向王某某支付欠付工程款利息152738.70元”、“奇台县东海油脂有限公司于本判决书生效之日起十日内向王某某退还质保金30万元”、“奇台县东海油脂有限公司于本判决书生效之日起十日内向王某某支付鉴定费6万元”、“驳回王某某的其他诉讼请求”；
二、撤销昌吉回族自治州中级人民法院（2013）昌中民一初字第14号民事判决第八项，即“驳回奇台县东海油脂有限公司的其他反诉请求”；
三、变更昌吉回族自治州中级人民法院（2013）昌中民一初字第14号民事判决第五项为王某某于本判决书生效之日起十日内向奇台县东海油脂有限公司支付修复费218708.73元（1093543.64元×20%）；
四、变更昌吉回族自治州中级人民法院（2013）昌中民一初字第14号民事判决第六项为王某某于本判决书生效之日起十日内向奇台县东海油脂有限公司支付鉴定费18877.60元；
五、驳回奇台县东海油脂有限公司的其他反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审本诉案件受理费22970.27元，由王某某负担11970.27元，由奇台县东海油脂有限公司负担11000元；反诉案件受理费7745.69元，由王某某负担1549.14元，由奇台县东海油脂有限公司6196.55元。二审案件受理费15404.56元，由王某某负担3080.91元，由奇台县东海油脂有限公司负担12323.65元。
本判决为终审判决。
