耕作层变浅。
在长期不深耕深松和机械耕作碾压、践踏条件下，耕地土壤耕作层由过去的20～30公分变为15公分左右，加之降雨、灌水沉实，“犁底层”位置上移并加厚，成为坚硬深厚的阻隔层，阻碍土壤水分、养分和空气的上下运行，阻碍作物根系下扎延伸，土壤蓄水减少，抗旱性能下降，土壤养分有效性和作物营养状况恶化。
土壤有机质减少。
一是长期不施或少施农家肥，缺少秸秆还田，不种植绿肥，土壤有机质得不到补充；二是超量施用化学氮肥，以及超出土壤负荷的高产，频繁的表土耕翻，则加剧了土壤碳的耗竭，致使土壤有机质含量减少。土壤有机质减少会引发土壤结构破坏和土壤板结，土壤肥力下降，土壤理化和生物性质恶化，土壤酸化和次生盐碱化，土传病害加剧，土壤净化能力减退等。
土壤板结。
由于耕地土壤有机质缺乏，以及不合理的耕作和灌溉，大量施用化肥，土壤酸化，土壤次生盐碱化，破坏了土壤团粒结，致使土壤板结。土壤板结直接导致土壤-植物系统缺氧、缺水、缺肥，影响到土壤植-物系统的物质转化和能量交换，甚至某些生理活动和生命代谢不能正常进行，或者终止，或者向有害方向转化。
土壤酸化。
由于长期过量使用生理酸性肥料和化学氮肥，土壤中的酸性物质不断增加并积累，土壤中的钙镁等碱性物质被作物吸收利用或淋洗而减少，缺乏必要的补充调节，使土壤出现酸化现象。土壤酸化会加速土壤贫瘠化，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，土传病害严重发生。
土壤次生盐碱化。
由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累更甚。这些盐分随土壤水分上行聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，土壤结构破坏，理化生物性质恶化，轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，重则造成植物生理干旱，营养障碍、盐害、死亡。甚至失去农业利用价值。
土壤营养失调。
在日常生产中不按农作物所需营养元素比例施肥，不搞测土配方施肥，盲目过量施用氮磷化肥，不施或少施有机肥和中微量元素肥料，造成土壤中氮磷富集，土壤中的钾和硅及中微量元素耗竭，导致氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素之间的营养比例失调，有益元素缺失，并导致土壤营养元素拮抗，有肥而无用。
土壤污染。
由于农业系统外的“三废”污染，农业系统内的过量使用化肥、农药、农膜的残留污染，未经处理的有机肥污染，以及有害病原物污染，时常会进入耕地土壤。当这些污染物残留累积超出土壤自净化能力后就会“溢出”，直接造成耕地土壤的重金属、有机化合物和致病生物污染。耕地土壤被污染后，就会破坏土壤生态平衡，使土壤有益生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降，土壤功能变差，严重污染者会使土壤丧失生产能力，失去农业利用价值。
土壤侵蚀。
耕地土壤侵蚀主要表现有水蚀、风蚀和耕蚀。主要是坡地土壤垦殖过度，尤其是坡度大于15度以上的坡地，频繁地表土耕作扰动，使水土流失。其次是垦后缺乏如坡改梯、水平沟耕作、植物篱等保护性耕作措施，而是随意挖地耕翻，既造成耕蚀，又加剧了风蚀、水蚀。长期水土流失,导致土壤沙化,土层变薄，养分流失，保水保肥能力降低，土壤贫瘠化，耕地面积减少。
土壤--植物系统病。
由于连续在同一块耕地上种植同一种或同科作物，因作物根系分泌物和残留物及某些病原生物在土壤中大量积累，使这块耕地土壤成为有病土壤。加之该作物所需要的营养元素因连续被吸收而缺乏，不需要的营养元素在土壤中累积，致使土壤营养失衡。再是土壤微生物生态群落被破坏，土壤对“有害微生物”的净化能力或抑制作用下降，有害微生物增多，有益微生物减少，生物性质恶化。“土壤-植物系统病”的根源在土壤，表现在作物，当有病的土壤遇到免疫力差的植物，即会以植物病的形式表现出来，生产上常叫做重茬病、连作障碍、再植障碍。
设施土壤综合症。
在全年或季节封闭的高温高湿环境下，加之高度集约化、高复种指数、高强度利用、高频度人为干扰，过量施肥，过量用药，过量灌水，过度耕作与践踏等强烈的干扰和巨大压力下，设施土壤健康急剧恶化。一般种植2-3年，就出现土壤结构破坏，土壤营养失衡，土壤酸化，土壤次生盐碱化，土壤有害物质积累，土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病。4-5年时极为严重，病虫害猖獗，生产成本增加，管理难度增大，农作物产量品质下降，甚至减产绝收，无法继续进行设施种植，被迫放弃、换土或移棚。