常见Q&A
1.细胞通讯分析对细胞数的要求是什么？
答：每种细胞类型建议细胞数不少于50个，如果是细胞数过少，可能找不到我们关注的配体受体，或者是我们关注的信号通路。
2.细胞通讯分析只能分析配体受体嘛，一氧化氮这种信号有没有细胞通讯分析？
答：细胞通讯分析只能分析配体受体，一氧化氮这种是没有的，因为一氧化氮并不是有mRNA编码的，因此单细胞测序检测不到，然后配体受体也就没法分析。
3.请问单细胞和空间转录组联合整合现在主流的是用什么软件？
答：主流的是MIA以及spotlight或者RCTD。
4.如果想找两个蛋白，是否存在配体受体关系能从单细胞测序数据找规律吗？
答：单细胞测序看的是mRNA的表达水平，可以依据RNA去推测配体受体的表达，如果两个蛋白并不是配体受体，那其实也是找不到的。
5.如果做共病研究，是不是可以将两个器官的数据结合在一起分析呢？
答：如果是把两个器官的数据全部放在一起的话，那实际上做出来的配体受体并不一定能够反映真实情况。所以在分组上咱们可以考虑把两个器官分成两组，然后分别去比较两个器官，在配体受体或者说细胞通讯上存在什么差异。
6.互作强度是所有关系的基因表达加和吗？
答：互作强度在cellchat里面是指的是所有细胞之间配体受体表达概率的累加值，但是不同的分析方法所代表的意思可能不一样。
7.很多细胞通讯方法应该怎么选呀？
答：是取决于老师想要获得什么样的数据，例如cellchat里面可以做两组之间的比较，NicheNet可以看下游靶基因的一个变化等等；如果老师没有特定要求的话多个分析方法都是可以做的，我们可以通过使用多种方法，然后再看哪种分析方法出来的数据结果比较好。
8.细胞通讯能预测上下游关系吗？
答：细胞通讯分析，可以做配体受体对应的靶基因以及下游信号通路，但是像上游的转录因子的变化，或者说下游的蛋白代谢物的变化，细胞通讯是没法分析的。
9.有没有植物领域做细胞通讯分析？
答：目前基于五个模式物种大量高置信度的配体受体互作对的数据库和软件包已经有文献发表，公司在测试是可行的，后续流程上线之后可以与销售或技术支持同事进行咨询。
10.如何确定数据库中包含关注的受配体关系对？
答：我们可以根据分析软件的官方网站去查看它的数据库内容，网站支持筛选查找，可以去查看数据库中是否包含我们关注的受配体关系对。也可以在分析时提取并查看背景数据库内容。
11.做细胞通讯分析细胞类型有要求吗？比如就2类或者3类 。
答：对于细胞通讯网络推断分析来说，对细胞类型的多少没有具体要求，但是在可视化时细胞类型较多可能会出现难以分辨的结果。就需要进行指定受配体关系对或者细胞类型互作对来进行可视化。
12.请问如何理解通讯的weights或strength呢？
答：在cellchat分析结果中，weights和strength是用来量化细胞之间通讯强度，是根据细胞群在每个受配体关系对中的通讯概率进行汇总整合后得到的结果。
13.想问下多组比较是要怎么比较呢？是只能比较两个分组吗？
答：对于cellchat软件进行多组比较，其实是可以不只限于两个分组，我们可以创建多个cellchat对象的list集合,之后进行mergeCellchat合并分析，通过指定我需要对比的分组去进行可视化。
14. 细胞通讯数据库中有鸡的吗？没有的话用鼠类的去分析鸡，能发文章吗 ？
答：目前动物的数据库物种大多为人和小鼠这类模式物种，鸡、猴、猪等物种与人的基因同源性较高，是可以同源转换为人的基因之后进行细胞通讯分析的。
15.细胞数过多怎么处理 ？
答：细胞数目过多时可以根据我们的需求，针对挑选某些细胞类型进行互作分析，或者根据每类细胞群的细胞数按比例进行降采样处理。
以上就是我们对于各位老师问题答疑的文字版，供大家参考，再次感谢各位老师的支持。如果还有其他问题的话，可以联系您的销售提问，我们也会给出解答。
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